В монастыре меж тем уже собрано тайное ополчение, к которому присоединились солдаты и некоторые стрельцы.
29 августа царевна решилась отправиться в Троицкий монастырь к разгневанному брату Петру. Она снова обходит кремлевские церкви, молится в Чудове монастыре, на Троицком подворье и в приходской церкви Вознесения на Никитской, откуда берет чудотворный образ Казанской Богородицы. Ее сопровождают бояре, окольничие, думные дворяне, стольники и стряпчие. Но послы Петра встретили ее и потребовали, чтобы она повернула обратно, угрожая, в противном случае, вернуть ее силой. Дорога от Воздвиженского, где остановилась Софья, до Троицы находилась под огнем монастырских пушек; царевне оставалось только подчиниться.
Меж тем Петр пишет своему брату Иоанну: «…Сестра наша царевна Софья Алексеевна государством нашим начала владеть своею волею, и в том владении, что явилось особам нашим противное и народу тягость и наше терпение, о том тебе, государь, известно. А ныне злодеи наши Федька Шакловитый с товарищи… умышляли о убивстве над нашим и матери нашей здоровьем… А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двемя мужескими особами в титлах и в расправе дел быти не изволяем; на тоб и твояб, государя, моего брата, воля склонилася, потому что учала она в дела вступать и в титлах писаться собою без нашего изволения: к тому же еще и царским венцом, для конечной нашей обиды, хотела венчаться. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас!». Иоанн переходит на его сторону.
Теперь власть царевны лишилась своей главной опоры.
Сторонники Петра смело явились в Москву, требуя, чтобы им выдали приближенных Софьи. Особенную их ненависть вызывал Федор Шакловитый. Того же требовали у царевны и пока еще верные ей стрельцы, говоря о том, что пора прекратить смуту. Царевна отказалась выдать верного своего слугу и одного из лучших друзей, убеждая их, что злые люди хотят рассорить ее с братом и обвиняют Шакловитого из зависти к его безупречной службе. Она напомнила им, что управляла государством семь лет, приняв правление в смутное время, восстановила мир, поддерживала христианскую веру, защищала и укрепляла границы. Она поила их вином и водкой и умоляла остаться верными ей. Но стрельцы стали грозить ей мятежом. Обливаясь слезами, царевна поспешила приготовить Шакловитого к смерти; его причастили, и Софья своими руками отдала его стрельцам. Его отвезли к Петру, допрашивали, пытали, а позже отрубили голову.
Эта жертва ничем не помогла Софье, 7 сентября 1689 года издан указ об исключении имени царевны Софии из титула. Молодые цари заточили бывшую регентшу в Новодевичий монастырь, казнив ее приближенных, Голицына отправили в ссылку, где он и умер.
Кровавый эндшпиль
Поначалу Софья не была пострижена в монахини, а жила в монастыре мирянкой. Ее посещали сестры, она вела с ними беседы. Но вот политические события в стране снова выдвинули ее на сцену.
Придя к власти, Петр начал активно продвигать свои новые идеи, во многом порожденные политикой отца, старшего брата и сестры, но идущие гораздо дальше.
В 1697 году он отправился в Великое посольство — заграничную поездку с дипломатическим корпусом. Путь посольства проходил через Австрию, Саксонию, Бранденбург, Голландию, Англию, Венецию и Рим, где намечалась аудиенция у папы Римского.
Пока Петр изучал кораблестроение в Саардаме и любовался садами Версаля, по Москве пошли слухи, что царевна говорила, будто Петр I не является ее братом, что в Европе его подменили. Выведенные из терпения действительно тяжелыми условиями службы, четыре стрелецких полка на пути из Азова к западной границе возмутились, подстрекаемые сподвижниками Софьи.
Услышав об этом бунте Петр бросил все и примчался на родину.
Мятежников разгромили под Воскресенским монастырем. Царь прибыл в столицу 25 августа и начал допросы. Они происходили в Преображенском под руководством князя Федора Юрьевича Ромодановского, заведовавшего Преображенским приказом. Под пытками стрельцы сознались, что у них было намерение поручить правление царевне Софье и истребить немцев, но никто из них не показывал, что инициатор — сама царевна. Тогда Петр велел ужесточить пытки, и стрельцы сознались, что видели привезенное из Москвы письмо от имени Софьи с красной царской печатью, получивши его через какую-то нищую, и его потом читали стрелецким на Двине. Однако никакой «грамоты с красной печатью» найдено не было ни тогда, ни сейчас.