Отношения между сыном и отцом не ладятся и вовсе не потому, что царевич был ярым ретроградом. Получив воспитание в Петербурге у царевны Натальи и Меншикова, он вырос волне европейски образованным. Он изучал геометрию и основы фортификации, говорил по-французски, брал уроки танцев, ездил для завершения образования в Дрезден. Но, вероятно, темперамент Алексея был ближе к меланхолическому, что выводило из себя холерика-Петра. Да и отпрыску Лопухиных он не мог доверять. Тем более, что новая жена, Марта Скавронская, уже родила ему другого сына — маленького Петра, которого родители ласково называли «Шишечкой».
В 1714 году у Шарлотты родилась дочь Наталия, а в 1715 году — сын, будущий российский император Петр II, через несколько дней после рождения которого Шарлотта умерла. В день смерти кронпринцессы Петр, до которого дошли рассказы о пьянстве Алексея и его связи с бывшей крепостной Евфросиньей, письменно потребовал от царевича, чтобы он или исправился, или ушел в монахи.
Алексей, опасаясь гнева царя, бежал за границу. Этот поступок еще сильнее убедил Петра, что сын замышляет недоброе. Алексея хитростью заставили вернуться в Россию и отдали под суд. Одновременно начался так называемый «Суздальский розыск» об участии Евдокии в «заговоре» сына.
В Петропавловскую крепость попала даже Мария Алексеевна Романова, единокровная сестра Петра, которая еще в Москве сдружилась с Евдокией и не скрывала симпатии к ней и после опалы царицы. Стало известно, что еще во время бегства царевича за границу, по пути из Риги в Либаву, Алексей встретил Марию, возвращавшуюся из Карлсбада после лечения. Мария просила его написать письмо матери и, видя колебания царевича, сказала: «Хоть бы тебе и пострадать, ведь за мать, никого иного». Впрочем, следствие по ее делу было коротким. Скоро ей вынесли приговор — царевну посадили в Шлиссельбургскую крепость.
Шлиссельбургская крепость. Современное фото
Тогда же вскрылась связь Евдокии с Глебовым. Интересно, что в материалах «Суздальского розыска» царевич даже не упомянут. Об этом писал еще в середине XIX в. русский историк М. П. Погодин: «Между тем во всем этом деле, заметим мимоходом, во всем розыске, нет ни слова о царевиче Алексее Петровиче и об отношениях к нему казненных преступников. Выбраны для осуждения их совсем другие вины — оставление монашеского платья, поминание на ектениях, связь с Глебовым. Все эти вины такого рода, что не могли влечь за собою подобного уголовного наказания. Все эти вины, вероятно, известны были прежде и оставлялись без внимания, тем более что противная сторона не отличалась же слишком строгою непорочностью. Предать их теперь суду, счесть их достойными такого страшного наказания было действием другого расчета и вместе совершенного произвола, новое разительное доказательство искусственности, недобросовестности процесса».
Глебова пытали кнутом, раскаленным железом, горящими угольями, на трое суток привязали к столбу на доске с деревянными гвоздями, и он сознался, что «сошелся я с нею в любовь через старицу Каптелину и жил с нею блудно». Старицы Мартемьяна и Каптелина показали, что своего любовника «инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон». У Глебова также были найдены 9 писем к нему царицы.
15-17 марта 1718 года в Москве прошли публичные казни приговоренных по «Суздальскому» делу, в том числе и Глебова, которого посадили на кол. Легенда гласит, что царицу привезли из Суздаля, чтобы она увидела казнь любовника, и Петр приказал двум солдатам держать Евдокию голову и не давать ей закрывать глаза. Глебов мучился 14 часов.
Царевич умер от пыток в Петропавловской крепости.
Евдокию отправили из Суздаля сначала в Александровский Успенский монастырь, а затем в Ладожский Успенский монастырь, а после смерти Петра — в Шлиссельбург, где Екатерина I держала ее в строго секретном заключении как государственную преступницу под именованием «известной особы». Свободу ей даровали, только когда на престол взошел сын Алексея, Петр II. Она жила в Москве и пользовалась всеобщим уважением. После ранней смерти Петра некоторые из дворян даже планировали посадить ее на трон, но она сама отказалась в пользу Анны Иоанновны, дочери царя Иоанна.
Умерла Евдокия в 1731 году. Легенда гласит, что ее последними словами были: «Бог дал мне познать истинную цену величия и счастья земного».