В кружок во время пребывания архимандритом Новоспасского монастыря вошел и Никон. Это дало ему возможность влиять на лиц, непосредственно общавшихся с царем, да и самому часто видеться с Алексеем Михайловичем. Став митрополитом Новгородским, Никон не утратил своего влияния на государя, несмотря на расстояние. Еще будучи архимандритом, он начал вырабатывать будущую концепцию власти, согласно которой власть патриарха выше власти царя. Принятое Земским собором и подписанное царем в январе 1649 года Уложение законов Никон категорически отвергал, так как оно ставило церковь в подчиненное положение по отношению к государству. Между тем, по мысли Никона, церковь должна была повиноваться только законам Божественным да собственным соборным определениям, а государство ей не указ.
Избрание патриархом. «Священство выше царства»
Несмотря на свою позицию, а скорее всего, даже благодаря целостности своих взглядов при ее отстаивании Никон в то время сильно импонировал царю Алексею Михайловичу. Немаловажную роль тут играла и жесткая позиция Никона насчет исправления церковных книг. Никон считал, что это необходимо для душевного спасения всех православных, а Алексей Михайлович ни о чем так сильно не беспокоился, как именно о душевном спасении.
В апреле 1652 года преставился патриарх Иосиф. Кружок «боголюбцев» предлагал Стефану Вонифатьеву выставить свою кандидатуру на замещение вакантного престола. Но царский духовник отказался, отлично понимая, что первенство в сердце царя уже занял митрополит Никон.
Меж тем Никон положил начало культу митрополита Московского Филиппа, убитого, по предположениям исследователей, сподвижником Ивана Грозного Скуратовым. По инициативе Никона мощи святителя Филиппа были доставлены из Соловецкого монастыря, где они покоились с 1591 года, в Москву. Было организовано всенародное почитание мощей святителя. Этот шаг был предпринят Никоном с дальним прицелом. Он должен был символизировать покаяние светской власти за свои преступления перед властью духовной. В грамоте Алексея Михайловича, составленной к этому случаю, виновником гибели митрополита Филиппа был назван сам царь Иван Грозный. Все это должно было облегчить Никону выполнение его планов возвышения патриарха над царем.
На торжествах перезахоронения мощей святителя Филиппа Никон получил предложение царя занять патриарший престол. Собор иерархов санкционировал, по традиции, царское решение. Никон отказывался, но лишь затем, чтобы получить неограниченные полномочия как в деле устройства церкви, так и в плане эксклюзивного влияния на ход государственных дел. Тогда царь в присутствии бояр и народа в Успенском соборе простерся ниц перед Никоном, умоляя его не отвергать соборного избрания. «Будете ли почитать меня как архипастыря и отца и дадите ли устроить церковь?» – вопросил Никон царя и народ. «Будем! Дадим!» – последовал общий одобрительный гул, и Никон милостиво согласился. 25 июля 1652 года он был интронизирован.
Все понимали уже тогда, что избрание Никона – это не просто замена одного патриарха другим, это коренная перемена в отношениях внутри высшей власти. «Никогда такого бесчестья не было, – шептались между собой бояре. – Выдал нас царь митрополитам!» – описывает реакцию приближенных царя историк Сергей Соловьев.
Никон потребовал, чтобы его величали почти таким же массивным титулом, как и самого царя, с перечислением всех уголков Российского государства. Но до поры до времени Алексей Михайлович смирялся перед величием этого неродного ему человека. Возможно, что он в самом деле почитал патриарха как отца: Никон был старше Алексея Михайловича почти на двадцать четыре года.
Заместитель царя. «Чума на Москве»
В 1654 году запорожские казаки, отложившиеся от Речи Посполитой, наконец-то получили согласие царя Алексея Михайловича и утверждение Земского собора на покровительство Московского государства. Это решение должно было привести к очередной большой войне с Речью Посполитой.
Стратегия дистанционного управления войсками, как это было принято в Римской империи или в Золотой орде, стала применяться только ближе к XVIII веку. А до того Московский государь командовал войском, находясь непосредственно при нем, разделяя с ним все опасности и тяготы похода, а не из безопасных и уютных кремлевских палат. Уезжая на фронт, Алексей Михайлович оставил «великого государя и патриарха Никона» гражданским правителем всего Московского государства.