Согласно директиве Ставки 2-я ударная армия вскоре вошла в Группу советских оккупационных войск в Германии со штаб-квартирой в Шверине. Этот город в Ближней Померании был построен на месте древней славянской крепости Зверин. С острова Рюген войска передислоцировались западнее. В состав 2-й ударной армии вошли: 116-й стрелковый корпус (86, 326 и 321-я стрелковые дивизии); 108-й стрелковый корпус (372, 90, 46-я стрелковые дивизии); 40-й гвардейский стрелковый корпус (101-я, 102-я гвардейские и 272-я стрелковая дивизии).
В группе шла постоянная реорганизация. В 1946 году управление 2-й ударной армии было подключено к созданию Архангельского военного округа. Первоначально округ был создан в 1940 году и просуществовал до 1944 года. И вот теперь его воссоздавали вновь. В округ входили Архангельская, Вологодская области и Коми АССР. В годы войны войска округа обоспечивали оборону побережья Белого моря и безопасность морских караванов на подходах к местам выгрузки и в портах.
Командующим войсками вновь созданного Архангельского военного округа назначили генерал-полковника Федюнинского, и он вместе со своим штабом перебрался в Архангельск. В марте 1947 года он сдал дела округа и был направлен на учебу на курсы при Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова. В послевоенное время академия вернулась к двухлетнему курсу обучения и готовила руководителей высшего звена управления вооруженными силами. После окончания учебы был назначен на должность командующего 7-й гвардейской общевойсковой армией Закавказского военного округа. Штаб армии дислоцировался в Ереване. Дел у командующего было всегда много. Расквартирование войск. Благоустройство военных городков и полигонов. Шло постоянное перевооружение войск. Поступала новая боевая техника. Винтовки системы Мосина заменил самозарядный карабин Симонова, а автоматы ППШ и Судаева — надежный и практичный, безотказный в любых климатических условиях автомат Калашникова.
С ноября 1951 года по апрель 1954 года Федюнинский был заместителем и первым заместителем главнокомандующего Группой советских войск в Германии (ГСВГ). Это были непростые, переломные годы для страны. Умер Сталин. Арестован, осужден как виновник репрессий и расстрелян министр внутренних дел СССР Берия. У власти Хрущев. Правительство вдвое сокращает расходы на военные нужды. Сворачиваются многие программы. Япония и США заключают договор, по которому американцы размещают на японских островах свои военные базы. США испытывают водородную бомбу. СССР строит первые атомные подводные лодки. Генерал Эйзенхауэр подает в отставку с поста главнокомандующего вооруженными силами НАТО в Европе и становится президентом США от республиканской партии. В Бонне без участия СССР подписан Общий договор между ФРГ и бывшими союзными державами — США, Великобританией и Францией. Договор отменил оккупационный режим в Западной Германии, при этом существенно ограничивая суверенитет ФРГ в пользу США. Полностью игнорируется позиция одного из главных союзников антигитлеровской коалиции — СССР. В ГСВГ танки почти не покидают полигонов. Войска находятся в режиме постоянной боевой готовности.
В 1954 году Федюнинский возвратился в СССР и до 1957 года командовал Закавказским военным округом со штабом в Тбилиси. На этой должности его сменил маршал Рокоссовский. США начали подталкивать Турцию к вооруженному столкновению с соседней Сирией, и Хрущев послал к турецкой границе одного из грозных своих маршалов. Турецкая армия вынуждена была отвести войска от сирийской границы.
Федюнинского между тем направили командовать соседним Туркестанским военным округом. Назначение состоялось в декабре 1957 года. Штаб округа располагался в Ташкенте. В августе 1955 года ему было присвоено очередное воинское звание «генерал армии».
В начале 60-х годов Иван Иванович засел за воспоминания. В 1960 году в Воениздате в серии «Военные мемуары» вышла его книга «Поднятые по тревоге». Книга очень быстро была раскуплена в книжных магазинах страны и спустя четыре года вышла вторым изданием тиражом 65 тысяч экземпляров. Написал генерал книгу и о службе в Забайкалье и Монголии, о боевых действиях на КВЖД и на Халхин-Голе. Она названа «На востоке» и вышла уже после ухода ее героя и автора — в 1985 году.
В 1965 году в возрасте шестидесяти пяти лет Федюнинский вернулся в Москву и до самой кончины 17 октября 1977 года продолжал работать в Группе генеральных инспекторов Министерства обороны СССР.
Кстати, в Туркестанском округе дела у него принимал его бывший бравый командир дивизии Н. Г. Лященко, к тому времени генерал-полковник. Дела в войсках он передал в надежные руки и уезжал в Москву со спокойной душой.