Был опыт первых церквей. Иерусалим, Антиох и Александрия вспоминали времена первых апостолов. Восточные патриархи быстро привыкли к священным ритуалам, отвергая превосходство Рима и Константинополя, возбуждая идеи сепаратизма и национализма. Эти вопросы были вечны. Они касались природы Христа, кого он воплощал: человека или Бога; природы матери, земной или священной. Мог простой смертный спасти всё человечество? Могла смертная женщина быть Богородицей? Распространялось ли спасение на язычников, которые едва понимали истину? Могла ли одна вера спасти душу?
Сколько людей последовало, а после оставило тех, кто отвечал на эти вопросы, но по-разному: Нестора, Ария, Августина, Оригена, Василия и Кирилла? Каждое поколение было свидетелем новых перепутий, и каждый раз народ требовал у своих вождей новой правды. Юстиниан вспоминал крики людей: «Святый, святый! Троица восторжествовала. Мы православные братья с единой верой и единой душой. Православная вера победила».
Так приветствовали его дядю Юстина. Об этом так написал Григорий Нисский: «Повсюду торговцы тканями, менялы и зеленщики спорят о вопросах, на которые нет ответа. Если вы спросите человека, сколько оболов должны ему, он начнёт распространяться о том, был ли Спаситель рождён человеком или нет. Если я спрошу о цене хлеба, пекарь ответит, что Отец могущественнее Сына. Если вы захотите узнать, готова ли ваша ванна, вам скажут, что Сын был создан из ничего».
Четвёртый вселенский собор встретился в Халкидоне и принял решение по подобным вопросам. Вероисповедание Халкидона объявило о существовании двух начал, объединённых в Христе, и стало православным. Вместо успокоения умов собрание Халкидона усилило противоборство. Восточные патриархи строго придерживались своей веры о едином начале Христа и выступали против «тех, кто разделяет и смущает». Иногда казалось, что если бы вся энергия и мысли людей направились бы вовнутрь, то пошли бы на спасение душ. Отшельники уходили из городов. Монахи прятались в монастырях и собственноручно трудились, не обращая внимания на требования уличной толпы. От пустынь Ливии до монастырей Эдессы восточные священники, верившие в единую природу Христа, монофиситы, как их называли, восставали против решения, принятого в Халкидоне. Их горячая вера произвела раскол в империи, и они стали противниками православных. Цирковые фракции разделились, возникла угроза гражданской войны. В империи стали появляться идеологические формирования, поскольку Египет придерживался веры Александрии, а Сирия — веры Антиоха, Феодоры.
Юстиниан не мог спорить с Феодорой, хотя и понимал всю разницу их мнений. «Я всего лишь женщина и не понимаю этих противоречий». Вера Феодоры была поистине слепа. Но Августин сказал: «Понимание — вознаграждение, даваемое верой».
Феодора не читала книг. Она говорила, пусть церкви останутся прежними, там, где они были всегда. Если что-то менять, то можно погубить их.
Нельзя было дальше терпеть раскол. Он, словно василиск, наблюдал за Юстинианом, беспокоил Виталиана в те первые годы. Заставлял православных объявлять восстания, ещё больше сплачивал ариан, формируя железный обруч вокруг Средиземного моря. Юстин ведь также пытался примириться с Римом, когда Белизарий отправился туда, православие, казалось, триумфально вступило в город, однако о примирении патриархов запада и востока не могло идти и речи.
Нельзя было допустить, чтобы православная и монофиситская церкви противостояли друг другу. Юстиниан пытался принудить их пойти на уступки, говоря папе Агапету: «Я заставлю тебя согласиться с нами или отправлю тебя в ссылку». Но вместо этого, по принуждению Агапета, он сослал Анфимия.
Юстиниан пытался примирить церкви, указывая на недостатки в трёх главах канонов Халкидона, надеясь удовлетворить восточных священников осуждением западных устоев. Его нападки на три главы вызвали новый взрыв негодования в Африке, Египте и Сирии. Казалось, что епископы восточных приходов предпочитали не менять ничего в канонах Халкидона, не важно, верны они или нет.
Не меняй того, что прошло, умоляла Феодора Юстиниана. Он хорошо помнил её слова, поскольку это был единственный раз, когда она по-настоящему умоляла его. Пусть люди верят в то, во что хотят, пусть каждый придерживается своей веры. Он знал, что она просит за своих друзей на востоке, но не мог отказать, потому что она была больна, в то время когда священники отправились на дальний арабский берег, а миссионеры — к гуннским племенам, куда не могла дойти армия. Его вынудили ослабить военные силы, заплатить за миссии, поэтому Яков шагал по сорок миль в день, чтобы избежать встречи со стражниками, а монахи из Дома Феодоры опередили послов Юстиниана на Кавказ и к берегам Нила.
Чтобы прекратить раскол, Юстиниан изучал доктрины восточной церкви, Василия Великого из Кесарии и Григория Нисского, пытаясь найти в их писаниях что-то общее со своими взглядами. Он пытался признать веру, согласиться с учениями: «...когда мы говорим, что Христос — Бог, мы не отрицаем того, что он был человеком, а когда мы говорим, что он человек, мы не отрицаем того, что он также и Бог...»
Эти тщательно выверенные слова не убеждали церковников. Феодора просила претора привезти папу Вигилия из Рима в Константинополь для последнего разговора. Вигилий согласился, что взаимопонимания можно достичь, и произнёс свой вердикт, поддерживающий нападки Юстиниана на три главы Халкидона.
Тогда казалось, что император победил и раскола больше не будет.
После смерти Феодоры споры возобновились. В присутствии Юстиниана епископы и дьяконы соглашались с его аргументами, когда же покидали его, то начинали говорить другое. Сам Вигилий уже не соглашался и отказывался подтвердить свой вердикт. Разгневанный правитель принялся язвительно обличать римлянина, который не мог покинуть Константинополь. Борьба между ними приняла письменную форму, и Юстиниан требовал, чтобы его пленник подписал согласие с приговором, вынесенным трём главам Халкидона, а Вигилий отвечал, что решения Халкидона абсолютно безошибочны. Ни император, ни папа не могли прийти к единому мнению.
От этой борьбы остались ужасные воспоминания: как измотанный Вигилий запёрся в своём дворце, а затем, спасаясь от угроз Юстиниана, скрывающегося в святилище, поспешил мимо Дома Феодоры к алтарю Святого Петра в прилегающей церкви Двух Апостолов. Претор, которому приказали арестовать папу, вошёл в церковь с солдатами и толпой; солдаты стали выгонять римских дьяконов из-за колонн, а могущественный Вигилий обхватил алтарь и держался за него, пока солдаты не схватили его за бороду и волосы. Тогда тонкие колонны подались, крыша упала, и её подхватили испуганные священники. Затем заревела толпа, выкрикивая проклятия и богохульства, обескураженному претору оставалось только убраться со своими солдатами, оставив Вигилия в покое. Последний ночью перебрался через стену к ждущей его лодке и скрылся в новом святилище, в церкви Святой Юфимии, в Халкидоне. Белизарий послал за ним людей убедить папу вернуться, но Вигилий отказался, описав историю своей борьбы, пока Юстиниан наконец не сдался и не пообещал ему дипломатическую неприкосновенность.
Правитель принял это решение, чтобы показать свою безграничную власть. Он созвал совет для соединения разрозненных церквей. Пятый вселенский собор, послушный его велению, должен был собраться в Константинополе.
Весной прелаты из дальних концов света послушались письменных предупреждений императора, сидя в переходах Великой церкви. Пелагий, который встречался с Тотилой, пришёл говорить с западными братьями, Яков хотел говорить с восточными. Вигилий отказался присутствовать и соглашаться со своим императором. Юстиниан цитировал Священное Писание и требовал, чтобы собор принял единство, но без Вигилия.
В конце концов чувство поражения овладело всеми. Юстиниан позволил папе вернуться на родину со специальным указом для Италии, затем узнал о смерти немощного старца и предложил Пелагию стать его преемником. Нарсес написал из Рима, что латинское духовенство никогда не изменит своих взглядов, а он подозревает Пелагия в том, что тот поддался угрозам императора и греков. Наконец Пелагий встретился с Юстинианом у алтаря Святого Петра, поднял над головой Писание и поклялся, что будет чтить то, что считается святыней на западе. Нарсес признал, что в Риме восточных священников называли империалистами и не допускали к православной вере. «Могущественный император, поверь твоему слуге, когда он заявляет, что народ здесь никогда не допустит, чтобы папой командовал император или патриарх с востока. Водное пространство между нами не так велико, как раскол между нашей и их верой». Нарсес использовал греческое слово «humanoia» (что в переводе означает «человечество») для обозначения тех людей.