В оставшиеся до прихода судна дни изучались разрезы Кармакул и острова Моллеровского залива. «Владимир», задержанный штормами, пришел 9 сентября. 11 сентября экспедиция вышла в море, а 14 благополучно прибыла в Архангельск.
Катастрофа с «Джигитом» помешала побывать в Крестовой губе и на Костином Шаре и до конца решить вопрос о наличии угля на острове. Глыбы бурого угля были встречены на берегах ручьев на Гусиной Земле, но из-за недостатка времени не удалось выяснить их коренное залегание. В рапорте Горного департамента на имя министра земледелия и государственных имуществ, основанном на предварительном отчете Ф. Н. Чернышева, сообщалось: «Во время пребывания экспедиции горного инженера Чернышева на Новой Земле она старалась собрать у местных самоедов и у пришедших на промыслы поморов возможно полные сведения о находках ископаемого горючего и пришла к заключению, что о заносе угля не может быть и речи: уголь, который находили на Новой Земле, местного происхождения и того же юрского возраста, что и угли Печорского края. Подобно тому как и в Печорском крае, юрские угленосные слои сильно размыты, сохранившись лишь отдельными островками под отложениями постплиоценовой почвы. Разыскание таких не размытых островков требовало бы вообще продолжительных разведочных работ и средств, которыми экспедиция не располагала... новоземельский уголь надо причислить к бурым углям лигнитам, т. е. ископаемому топливу среднего достоинства. По теплотворной способности своей он близок к курным углям Подмосковного бассейна и к бурому углю Киевско- Елисаветградского бассейна» [44].
Научное значение экспедиции было, несмотря на это, достаточно велико, поскольку Ф. Н. Чернышев впервые сформировал общее представление о геологическом строении Новой Земли, связав личные наблюдения с результатами предшественников, критически переосмыслив последние. Общая оценка работы экспедиции была дана А. П. Карпинским: «В короткий срок, с начала июня по 10 сентября, экспедиция добыла много любопытных материалов по орографии и геологии страны, дала вполне научные основания для определения возраста пород, слагающих южный и часть северного Новоземельских островов, внесла много разъяснений тектоники нашего Севера и современных физико-географических явлений на Новой Земле. Между прочим, экспедицией доказано отрицательное движение береговой линии Новой Земли и выяснены находящиеся в связи с ними явления оледенения, образования реликтовых озер, речных дельт и пр. ...Исследователи обнаружили обширное развитие в средней части Новоземельского острова артинских отложений, присутствие которых по работам предшественников нельзя было подозревать» [45].
Вслед за предшественниками Ф. Н. Чернышев отмечает резкую разницу в строении северной и южной частей острова. На севере преобладает альпийский ландшафт с высокими горными хребтами и ледниками на многих вершинах. К югу от Безымянной губы расположена область плоской возвышенности, местность поднимается террасами, на которых выступают короткие гряды, вытянутые по простиранию пород и сложенные преимущественно песчаниками; абсолютные отметки невелики, ледников почти нет, зато встречаются обширные фирновые поля. Г. Гофер объяснял эти различия тем, что южная часть Новой Земли сложена исключительно .девонскими породами, а северная поднята по разлому, совпадающему с направлением Маточкина Шара. Все свои построения он делал, основываясь на собственных наблюдениях только вблизи Маточкина Шара и Грибовой губы, с одной стороны, и Костина Шара — с другой. Данные, собранные экспедицией Ф. Н. Чернышева, особенно при пересечении южного острова, показали, что здесь выступают не девонские, а более юные образования — это известковистые песчаники и сланцы артинского возраста, испытавшие интенсивную складчатость, и их простирание резко отличается от постоянного простирания девонских отложений в районе между Маточкиным Шаром и Безымянной губой.