Ко времени поступления Ф. Н. Чернышева корпус в связи с общей реформой военно-учебных заведений был переименован в Морское училище. Управлял училищем директор, который одновременно был начальником Морской академии. В училище было шесть классов, три младших назывались общими, три старших — специальными. Для поступления в младший общий класс требовались познания в объеме трех классов реального училища. Поскольку Ф. Н. Чернышев имел почти законченное гимназическое образование, он был принят в последний общий класс. Учащиеся последнего специального класса — гардемарины — после практического плавания производились в мичманы.' Тем из них, которые по состоянию здоровья оказывались непригодными к морской службе, присваивались гражданские чины десятого—двенадцатого классов. Программа и распорядок жизни в училище были очень напряженными. В классах сидели по восемь часов в день.
Благодаря своему открытому, общительному и дружелюбному характеру Ф. Н. Чернышеву удалось преодолеть многие трудности армейской службы. Учился он здесь тоже хорошо, давалась и военная наука. В летние месяцы старшие кадеты отправлялись в учебные плавания на корпусных судах и кораблях Балтийского флота; это было большим испытанием, но Ф. Н. Чернышев выдержал его с честью. К. И. Богданович вспоминал: «В училище юноша прошел хорошую физическую школу; ведь тогда водили на крещенский парад молодых моряков в одних мундирах. Эта тренировка подготовила из юноши впоследствии выносливого путешественника в тундрах Севера и на Шпицбергене. Учебные плавания были праздником для юного моряка; он до конца своих дней с любовью вспоминал начальника учебной эскадры, адмирала Бутакова, которого он называл «беспокойным адмиралом Станюковича». На старом парусном «Варяге» он совершил несколько плаваний; из него готов был выработаться отличный моряк, нежно любящий свою грозную подчас среду, сохранивший до конца дней любовь к кораблю, к старым товарищам, среди которых были такие, как Руднев, Родионов и другие. Море и Морское училище остались для него дорогими по крепким воспоминаниям юношеских лет; впоследствии он совершил плаваний на Шпицберген, Новую Землю, в Белое и Красное моря, в Америку и т. д. больше, чем иной профессиональный моряк; когда можно было выбирать путь морем или по суше, он всегда отдавал предпочтение первому» [6].
Несмотря на успехи в овладении морской службой, Ф. Н. Чернышев решил покинуть училище за год до его окончания. 25 июля 1875 г. его отец Н. А. Чернышев подал прошение на имя начальника училища: «Сын мой Феодосий, воспитанник Морского училища Кой роты, оставался на излечении во время каникул в г. Киеве. Доктора признали, что он более не может продолжать морской службы, а потому покорнейше прошу его, Феодосия Чернышева, уволить по расстроенному здоровью из Морского училища и выдать его документы под его же расписку» [7], на котором поставлена резолюция: «Уволить. Вел себя отлично». Причиной ухода из Морского училища явилось ухудшение зрения и созревшее к этому времени стремление стать геологом.
• 21 августа 1875 г. он подал прошение директору Горного института: «Желая поступить в число студентов первого курса Горного института, имею честь покорнейше просить Ваше превосходительство допустить меня к поверочному испытанию. При сем прилагаю следующие документы: 1) свидетельство, выданное мне из Морского училища, 2) метрическое свидетельство, 3) копию с баллов, полученных мною на экзаменах в Морском училище, 4) копию с формулярного списка отца и 5) копию с документа на право жительства в Петербурге» [8]. Успешно сдав вступительные экзамены, Ф. Н. Чернышев был зачислен студентом Горного института.
Ф. Н. Чернышев — студент Горного института. 1880 г. Публикуется впервые
Горный институт, основанный в 1773 г., являлся старейшим (наряду с Фрейбергской академией и Горной школой в Банской Штявице) горно-техническим учебным заведением в мире. В нем работали крупнейшие русские ученые с мировым именем: математики В. Я. Буняковский, И. И. Сомов, минералоги и геологи Д. И. Соколов, Г. П. Гельмерсен, Н. И. Кокшаров, II. В. Еремеев, А. П. Карпинский; химики М. Ф. Соколов, Г. И. Гесс; физики Р. Э. Ленц, К. Д. Краевич и многие другие. Институт подготовил блестящих ученых и инженеров, прославивших русскую науку, заслуживших мировое признание в геологии, минералогии, кристаллографии, горном деле, химии и металлургии.