В протоколе заседания Физико-математического отделения Академии наук от 4 марта 1909 г. значится: «Академик А. П. Карпинский читал печатаемый в приложении к настоящему протоколу и подписанный академиками А. П. Карпинским, Η. Н. Бекетовым, князем Б. Б. Голицыным и М. А. Рыкачевым доклад Комиссии по вопросу о замещении кафедры покойного академика Ф. Б. Шмидта. При атом академик В. И. Вернадский заявил, что он всецело присоединяется к предложению Комиссии относительно желательности избрания Ф. Н. Чернышева в ординарные академики по геогнозии и палеонтологии. Положено назначить заседание выборной комиссии под председательством академика А. С. Фаминцына на среду 18 марта, в 2 часа дня, о чем сообщить повестками гг. членам Отделения» [1]. В представлении комиссии говорилось: «Отдавая должное вполне достойному и энергично работающему на пользу науки нашему сочлену по минералогии ... Комиссия не находит возможным обойти избрание Ф. Н. Чернышева, уже 10-й год состоящего экстраординарным академиком, и, оставляя кандидатуру по минералогии временно свободной, предлагает избрать в ординарные академики Ф. Н. Чернышева, на основании § 34 Устава, дающего двойное основание для его кандидатуры, как приобретшего своими работами общую известность, так и вследствие необходимости сохранить Ф. Н. Чернышева в среде Академии не только потому, что он является выдающимся специалистом, особенно по исторической геологии — стратиграфии и палеонтологии, но по тем особым обязанностям, которые он нес и несет на пользу Академии. Как известно, Ф. Н. Чернышев является главным руководителем русской части экспедиции на острова Шпицбергена, организованной Академиями России и Швеции на средства правительств этих стран, Ф. Н. состоит и директором Геологического музея Академии и организатором его нового устройства, деятельным членом многих академических комиссий и пр. Вообще вряд ли представляется необходимым давать здесь характеристику протекавшей на наших глазах деятельности Ф. Н. Чернышева в Академии» [2].
18 марта 1909 г. Ф. Н. Чернышев был избран единогласно Физико-математическим отделением, а 2 мая (также единогласно) Общим собранием Академии наук на кафедру геогнозии (исторической геологии) и палеонтологии, которая была организована сравнительно недавно. Самой ранней геологической кафедрой в Академии наук была минералогическая, позднее стали замещаться должности академиков по геологии, в XIX в. их последовательно занимали Р. И. Мурчисон (1845-1871) и А. П. Карпинский (1886-1936). Первым академиком по геогнозии и палеонтологии был избран Г. П.
Гельмерсен, после него на этой кафедре работал Ф. Б. Шмидт. Эта специальность была учреждена благодаря успешному развитию геологического картирования территории России.
Г. П. Гельмерсен в середине XIX в. был признанным лидером в области региональной геологии России. Уже упоминались составленная им в 1841 г. геологическая карта Европейской части страны и работы по стратиграфии Урала. Г. П. Гельмерсен впервые в научной литературе применил наименование «пермские» отложения, обозначил на карте границы третичных отложений. В области палеонтологии он работал меньше. Значительный вклад в биостратиграфию сделали член-корреспондент Академии наук Э. И. Эйхвальд и академик X. И. Пандер, избранные на кафедру зоологии. Э. И. Эйхвальдом был издан фундаментальный трехтомный труд «Палеонтология России».
А. П. Карпинский
Непосредственным предшественником и наставником Ф. Н. Чернышева в работе на кафедре геогнозии и палеонтологии был академик Ф. Б. Шмидт — специалист по стратиграфии и палеонтологии силура Прибалтики, которым он занимался в течение полувека. Предложенное им расчленение этих отложений до сих пор является образцом стратиграфических исследований. Работы Ф. Б. Шмидта сопровождались составлением монографических описаний трилобитов, послойно собранных автором. Всего им было выделено около 120 новых видов и подвидов этих ископаемых. Именно Ф. Б. Шмидт (а также Э. И. Эйхвальд и Г. В. Абих) стал одним из родоначальников того направления палеонтологии, которое прямо было связано с задачами геологического картирования и получило название стратиграфической палеонтологии. С этой областью науки связал себя и Ф. Н. Чернышев. Его многочисленные монографические описания палеозойской фауны также были тесно сопряжены с задачами стратиграфии и стратиграфической корреляции: «Ф. Н. Чернышев показал, что многие формы, считавшиеся до того времени свойственными только американскому или азиатскому верхнему палеозою, распространены и в Уральско-Тиманском регионе. Он подчеркнул также, что тип позднепалеозойской фауны России распространен повсюду, где сохранились осадки этого возраста, а наблюдаемые отдельные отклонения зависят главным образом от фациальных причин. Монографии Ф. Н. Чернышева по фауне девонских и каменноугольных отложений стали впоследствии общепризнанным справочным пособием при всех исследованиях брахиопод» [3].