Вся творческая жизнь Ф. Н. Чернышева была связана с Ф. Б. Шмидтом и с А. П. Карпинским. Оба выдающихся геолога были учителями Ф. Н. Чернышева в Горном институте, в Геологическом комитете и в Академии наук, и они оказали на Ф. Н. Чернышева глубокое влияние. Историю отношений Ф. Б. Шмидта и Ф. Н. Чернышева характеризуют авторы библиографического указателя: «Совместная работа начинается с момента основания Геологического комитета в 1882 г., Ф. Б. Шмидта как члена Присутствия комитета, Ф. Н. Чернышева как младшего геолога. Представительство обоих на IV и У сессиях Международного геологического конгресса уравнивает их в глазах европейских ученых; на Вашингтонской сессии (1891 г.) оба избираются вице-президентами конгресса. В 1897 г. Ф. Б. Шмидт содействует избранию Ф. Н. Чернышева адъюнктом Академии наук; в 1900 г. он передает ему руководство Геологическим музеем. В 1902 г. Ф. Н. Чернышев организует сбор капитала имени Ф. Б. Шмидта в ознаменование 70-летия со дня его рождения. Цель сбора — создать стипендию для работ по геологическому изучению Сибири и Прибалтийского края — основных областей исследований Шмидта. В 1903 г. к 50- летней годовщине научной деятельности Шмидта Ф. Н. Чернышев (в это время председатель Отделения физической географии в Русском географическом обществе) способствует получению Ф. Б. Шмидтом высшей почетной награды Географического общества — Константиновской медали. В 1904—1906 гг. Ф. Н. Чернышев помогает осуществлению заветной мечты Ф. Б. Шмидта — организации экспедиции в неисследованные области Северной Сибири (Хатангская экспедиция И. П. Толмачева). В 1908 г. Ф. Н. Чернышев вместе с А. П. Карпинским входит в состав комиссии по распоряжению капиталом имени ЧФ. Б. Шмидта и в этом же году наследует ставшую вакантной после смерти Ф. Б. Шмидта кафедру геогнозии и палеонтологии в качестве ординарного академика» [4].
Деятельность Ф. Н. Чернышева в Академии наук протекала на рубеже XIX и XX вв. Этот период развития основного научного учреждения России характеризуется ростом социальных противоречий в стране, развитием революционного движения, что наложило свой отпечаток на становление русской культуры и науки. В этот период наметилась тенденция к сближению науки с экономическими потребностями страны.
Несмотря на ускорение темпов экономического развития в эпоху империализма, царская Россия оставалась экономически отсталой страной. Русские ученые болезненно переживали этот факт и мечтали об освобождении творческих сил народа. Характерной чертой развития науки в России было то, что «русские естествоиспытатели того времени не связывали свою деятельность непосредственно с капиталистическими предприятиями. Среди русской прогрессивной интеллигенции был традиционно сильным дух теоретических поисков истины не ради меркантильных соображений, а во имя самого познания и вместе о тем ради содействия экономическому развитию своей страны. Это было связано с желанием ученых отдать свои силы служению народу, его просвещению, повышению общей культуры» [5].
Экономическая и политическая отсталость России неблагоприятно сказывалась на условиях развития самой науки, хотя по многим направлениям русские ученые находились в авангарде мировой науки. Так, на сессии МГК в Петербурге в 1897 г. отмечалось, что русская геологическая наука поднялась вровень с наукой Западной Европы и Америки. Однако высокие творческие потенции отечественной науки тормозились устаревшей политической организацией общества. Как писал В. И. Вернадский, русские ученые «совершали свою научную работу вопреки государственной организации, при отсутствии самых элементарных условий общественной безопасности. Они стали при этом рядом, как равные по силе, со своими товарищами Запада и за океаном, которые совершали эту работу или при помощи государства, или при государственной организации, обеспечивающей им возможность спокойной научной работы» [6].
Царское правительство всячески сдерживало процессы демократизации науки. Вузы продолжали жить по устаревшим уставам, связанным с реакционной реформой образования графа Д. А. Толстого. Академия наук также руководствовалась уставом 1836 г., и все попытки заменить его в 90-х годах прошлого века ни к чему не привели. Царская администрация, сознавая необходимость большего использования научных достижений, пошла по линии насаждения науки в государственных учреждениях: в ряде министерств и ведомств были созданы ученые комитеты, например в Горном департаменте, членом которого был Ф. Н. Чернышев. Значительной заслугой Академии наук в конце прошлого века было то, что ее члены, учитывая эту тенденцию, приняли в свои ряды таких двух лидеров геологической науки, как А. П. Карпинский и Ф. Н. Чернышев.