В год вступления Ф. Н. Чернышева в Академию наук произошел ряд положительных изменений. Со смертью министра народного просвещения и одновременно президента Академии наук Д. А. Толстого сменилось все ее руководство и произошли изменения в личном составе Академии в сторону омоложения. За короткий срок из нее по разным причинам выбыло около 40 академиков и свыше 68 было избрано вновь. Наряду с Ф. Н. Чернышевым в 90-е годы были избраны академиками ботаник С. И. Коржинский, геофизик Б. Б. Голицын, филолог А. А. Шахматов, историк А. С. Лапно-Данилевский, ориенталист С. Ф. Ольденбург и др. Эта группа молодых ученых, завоевавших своими трудами известность в России и за рубежом, характеризовалась высокими гражданскими и патриотическими чувствами, что позволило им осуществить ряд демократических реформ в русской науке.
1905 год — год всеобщего возмущения расстрелом рабочих 9 января и резко возросшей политической активности самых различных слоев народа — многое значил и для Академии наук. К 150-летнему юбилею Московского университета (юбилей в тогдашней политической обстановке был отменен) было подготовлено программное заявление ученых «Записка о нуждах просвещения», опубликованная 19 января 1905 г. в газете «Наши дни». Ее подписали 342 крупнейших ученых и деятелей просвещения и культуры, в том числе и члены Академии наук — Ф. Ф. Бейльштейн, Η. Н. Бекетов, И. П. Бородин, В. А. Беклемишев, А. Н. Веселовский, В. В. Заленский, К. И. Залеман, В. О. Ключевский, А. М. Ляпунов, А. С. Лаппо-Данилевский, A. А. Марков, С. Ф. Ольденбург, И. П. Павлов, B. В. Радлов, А. С. Фаминцын, Ф. Н. Чернышев, А. А. Шахматов, И. И. Янжул, а также многие крупные геологи — Н. И. Андрусов, Д. С. Белянкин, К. И. Богданович, В. И. Бауман, Л. С. Берг, А. П. Герасимов, Л. И. Лутугин, Ф. Ю. Левинсон-Лессинг, Η. Ф. Погребов, Η. Н. Яковлев и др.
Академический жилой дом на Васильевском острове, где с 1904 по 1914 г. жил Ф. Н. Чернышев
Содержание и значение этого документа многократно освещалось в научной литературе[7], в том числе в книге В. Р. Лейкиной-Свирской: «Записка содержала критику всей правительственной политики просвещения как тормоза в развитии народа: средние школы «убивают любовь к знанию и уменье мыслить»; высшие учебные заведения находятся в состоянии полного разложения, начала академической автономии совершенно подавлены; студенческие волнения, «вызываются всей совокупностью условий нашей государственной жизни»; преподаватели высших школ низводятся на степень чиновников, «долженствующих слепо исполнять приказания начальства» и т. д. «Академическая свобода несовместима с современным государственным строем России», необходимо «полное и коренное его преобразование», заявляли ученые, присоединяясь к конституционной программе. В тогдашней обстановке эта записка была смелым обличением политики царизма со стороны наиболее авторитетной группы интеллигенции» [8].
Президент Академии наук великий князь К. К. Романов в недопустимо барском стиле сделал внушение академикам в специальном циркуляре: «Не отвлекаясь рассуждениями о необходимости начала политической свободы, деятелям ученых и высших учебных учреждений должно бы сперва освободиться от казенного содержания, коим пользуются от порицаемого ими правительства» [9].
Многие академики ответили царственной особе гневными протестами. Ф. Н. Чернышев также послал ему письмо, свидетельствующее о его высоких гражданских и патриотических чувствах.
«Записка о нуждах просвещения» явилась важнейшей политической вехой на пути сплочения работников науки. Весной 1905 г. был организован Академический союз, членами которого стали все подписавшие записку. Целью союза было объединение «для достижения нормального устройства академического быта на началах академической свободы и автономии». Было выставлено требование самостоятельности учебных заведений в их управлении, но политическая программа оставалась на уровне конституционно-демократических требований. Многие члены Академического союза стали впоследствии членами кадетской партии, трудовиками и т. д.