Ф. Н. Чернышеву посчастливилось также прослушать в институте курсы исторической геологии, петрографии, рудных месторождений, читавшиеся тогда молодым профессором А. П. Карпинским, который в 1877 г. сменил на посту руководителя кафедры геологии, геогнозии и рудных месторождений умершего Н. IL Барбота де Марни. Деятельность А. П. Карпинского в институте, в котором он преподавал более 30 лет, оставила глубокий. след. Среди его учеников были ученые, составившие цвет русской геологии: И. В. Мушкетов, А. А. Краснопольский, А. О. Михальский, Ф. Н. Чернышев, Е. С. Федоров, К. И. Богданович, В. А. Обручев, Л. И. Лутугин, А. П. Герасимов, Н. Н. Яковлев, А. А. Борисяк, В. Н. Вебер, А. Г. Ржонсницкий, Н. Н. Миклухо-Маклай, А. Н. Рябинин, В. А. Соколов, Н. Ф. Погребов и многие другие. Предложенная А. П. Карпинским схема сочетания теоретических и практических занятий, учебных практик и дипломного проектирования оказалась весьма эффективной для формирования специалистов-геологов и фактически лежит в основе современного учебного процесса [10].
Его лекции были чрезвычайно емкими и содержательными. Академик В. А. Обручев вспоминал: «Его лекции носили характер как бы спокойной деловой беседы, всегда поясняемой демонстрацией геологических карт, разрезов, таблиц с изображением ископаемых фаун и флор, планов и разрезов рудных месторождений, и на лекциях по петрографии — характерных шлифов минералов и горных пород, которые студенты по очереди смотрели под микроскопом, получая пояснения» [11]. А. П. Карпинский стал одним из самых близких соратников Ф. Н. Чернышева как по Геологическому комитету, так и по Академии наук, в которую он рекомендовал своего младшего товарища.
С 1877 г. лекции по общей и динамической геологии начал читать молодой профессор И. В. Мушкетов, вскоре завоевавший большую популярность не только в институте, но и на Бестужевских курсах. Академик П.‘ И. Степанов вспоминал впоследствии: «И. В. Мушкетов читал нам курс общей геологии, в которую входили физическая геология и стратиграфия... Я слушал лекции. И. В. Мушкетова не один год и старался их вновь прослушать — вне, так сказать, расписания. Программа его лекций поражала строгой разработанностью. Курс по общей геологии И. В. Мушкетова был прекрасно составлен и издан и долгий период времени служил настольной книгой для каждого геолога»[12].
И. В. Мушкетов был крупным ученым, знатоком геологии Средней Азии. Позднее, уже будучи соратником Ф. Н. Чернышева по Геологическому комитету, он занимался геологической съемкой в Калмыцких степях, Астраханской губернии и Закаспии; совместно они работали над составлением 139-го листа Общей геологической карты Европейской России и отчасти 94-го листа. Ф. Н. Чернышев заместил умершего И. В. Мушкетова на посту председателя Отделения физической географии Географического общества.
Кафедрой горного и маркшейдерского дела руководил выдающийся русский геолог-разведчик Г. Д. Романовский, впервые в России применивший бурение при разведочных работах. Г. Д. Романовский — автор более 150 научных работ по различным вопросам геологии, палеонтологии, рудных месторождений, разведке и разработке месторождений полезных ископаемых — был широко известен научно-прикладными трудами, посвященными структуре Подмосковного угольного бассейна, ряда нефтяных и рудных месторождений, а также геологической картой Туркестана, составленной вместе с И. В. Мушкетовым. Г. Д. Романовский впоследствии рецензировал первые монографии Ф. Н. Чернышева по девонской фауне, оба участвовали в изучении месторождений в Нагольном кряже, по его предложению Ф. Н. Чернышев был избран членом Минералогического общества, а незадолго до смерти Г. Д. Романовского он, уже как секретарь Минералогического общества, принял личную библиотеку профессора, завещанную в дар обществу.