Весьма близкие взгляды на соотношение бога и природы можно найти и у других профессоров киевской академии. Так, Гизель выдвигает далеко не тривиальное для христианских взглядов определение творца, исходя из которого он говорит, что «существуют три творца — бог, природа, искусство» (133, 383 об.). Наличие пантеистических взглядов или их элементов в трудах отечественных и зарубежных мыслителей отражало существенные изменения в сфере идеологии, касавшиеся соотношения науки, и прежде всего естествознания, и теологии. Уже в эпоху Возрождения центр тяжести в этом соотношении перемещается на естествознание. Так же, как и человек, природа становится важным объектом гуманистической философии, литературы, изобразительного искусства.
Уже в XV–XVII столетиях зарождается опытное, экспериментальное естествознание, успехи которого отражаются в исследованиях Парацельса, Гарвея, Везалия, Сервета, Бургаве, Бойля, Торричелли и др. Появляется математическое естествознание. Основываясь на нем, Пурбах и Региомонтан уточняют фактический материал астрономии, вносят поправки в вычисления, благодаря чему облегчают для Коперника создание гелиоцентрической теории, нанесшей сильнейший удар по теологическому мировоззрению, еще более усиленный работами Галилея и Кеплера.
Все эти изменения в сфере соотношения естествознания и теологии в той или иной мере находят отражение в «Натурфилософии» Прокоповича. Феофан, исходя из теории двойственной истины, стремится не только разграничить область веры и знания, но и сблизить философию и естествознание. Более того, он пытается ввести критерий опыта и разума в саму теологию. Богословский силлогизм, по его мнению, должен включать одну посылку от Библии, а другую от естественного разума.
Прокопович стремится сблизить философию с естествознанием, а естествознание базировать на опыте, эксперименте, разуме. В его натурфилософии мы находим ссылки на множество наблюдений, опытов, экспериментов из области оптики, механики, гидродинамики, горного, артиллерийского, инженерного дела и т. п. Немало наблюдений и опытов предлагает он проделать своим слушателям, например, при изучении минералогии, атмосферного давления, размножения простейших организмов. У Феофана есть микроскопы, армилярные сферы по системе Коперника и другие астрономические инструменты, которые он использует для проведения наблюдений. Своего друга Марковича Феофан учит делать простейшие барометры, этому же, как свидетельствует его курс натурфилософии, он обучает и своих слушателей.
Поскольку экспериментальной базы в киевской академии не было, Прокопович стремится широко использовать результаты, полученные математиками и естествоиспытателями. Он ссылается на Евклида, Архимеда, Пифагора, Аполлония, Прокла, Витрувия, Галена, Плиния, на Авиценну, Аверроэса, Альфонса XIII, Кардано, Порту, Бойля, Герике, Борелли, Коперника, Галилея, Везалия, Бургаве и многих других. Одновременно в его курсе дана критика магии, алхимии, астрологии, схоластических вымыслов, которыми были заполнены пробелы в познании природы, обусловленные низким уровнем развития производства, науки, коммуникаций. Эта критика является не только отрицанием, но и удержанием положительного. Прокопович показывает, что занятие магией, алхимией, астрологией развило наблюдательность ученых, увеличило стремление человека проникнуть в тайны природы, развило эксперимент и тем самым подготовило появление опытно-экспериментального естествознания. Антисхоластическое направление как натурфилософии, так и всего философского курса Прокоповича не вызывает сомнения. Идеи Возрождения переплетаются здесь с идеями Реформации и раннего Просвещения.
Вполне в духе этих идей Прокопович значительно увеличивает объем курса натурфилософии по сравнению с другими прочитанными им курсами. Натурфилософия не только наибольший, но и основной курс в системе преподаваемых им философских дисциплин. Если при этом учесть, что в курс рациональной философии им была введена математика за счет исключения метафизики, то мысль о переориентации его философии на связь с естествознанием станет еще более очевидной.
Эта переориентация вызвала не только изменение способов философского доказательства, но и осознание его необходимости. Прокопович не считает ссылку на Библию аргументом в философском доказательстве. «Не следовало бы, — говорит он, — философу рассуждения свои доказывать историею и священного писания доводом» (39). Он критикует своих идейных противников за то, что они вместо ссылок на наблюдение, опыт, эксперимент, рациональное доказательство обращаются к теологии: «Противоборцы наши… оставив философию, прибегают к богословию с историею» (там же, 63).