Определение природных тел как независимых и существующих самих по себе субстанций отражало в курсе Прокоповича и других профессоров киевской академии метафизическую разорванность и неизменность природы. Вместе с тем понимание их как субстанций отсекало необходимость вмешательства бога в дела природы и превращало его лишь в гаранта ее неизменности. Оно не могло не накладывать на всемогущество бога весьма серьезные ограничения. Действительно, если сущность природных тел субстанциальна, то «сущность одной вещи не может придаваться другой даже при помощи абсолютного могущества бога… Это правильно, так как сущность субстанции не есть ее существование самой по себе любым способом, а только согласным с природой, то есть ее бытие требует существования в соответствии с ее собственной природой» (133, 179).
В произведениях Прокоповича так же, как и у Спинозы, неоднократно говорится о природе как о принципе и причине движения. Однако трактовка этого принципа у Прокоповича совсем другая. Природа выступает в качестве такого принципа по отношению к отдельным природным телам, что вполне соответствовало механическому пониманию причинности, согласно которому причина, источник движения находится не в том, что движется, а вне его, в толкающем теле. Но вследствие того что субстанцией у Прокоповича является не природа, а отдельное природное тело, возникает вопрос, как объяснить его самобытие так, чтобы не нарушить и принцип механической причинности. Его решение связывается Феофаном с признанием внутренней неоднородности субстанции. Хотя на первый взгляд эта мысль кажется весьма диалектичной, поскольку она переносит причину движения внутрь субстанции и связывает ее с внутренней неоднородностью, различием, противоречивостью, на деле же она обосновывает механицизм. Ибо, как рассуждает Прокопович, если субстанция не однородна, а внутренне расчленена, то один ее компонент или часть может рассматриваться как нечто внешнее по отношению к другому, причиняющему как его движение, так и субстанцию в целом. «Ничто, взятое как целое, — говорит он, — не может быть причиной самого себя (causa sui), но когда оно берется в значении одной из своих частей, то может быть само для себя внутренней причиной» (61, 77 л.). Самопричинение не является существенной определенностью субстанции у Прокоповича.
Субстанция, т. е. природное тело, базируется на двух принципах, или началах, — материи и форме. «Принципы, — говорит Феофан, — есть то, что не происходит ни из чего другого, ни из себя самого, но все происходит из них» (там же, 65 л.).
Вполне понятно, что для той области объектов, по отношению к которым нечто является принципом или основанием, согласно определению, не правомерен вопрос о происхождении или выведении самих принципов. Напротив, в этой области все должно происходить или выводиться из принципов. Поэтому отнесение материи к принципам природных тел давало возможность Прокоповичу сосредоточить внимание не на том, откуда берется или как происходит материя, а на том, как из материи происходят все природные тела. Вместе с тем различение материи и формы позволяло объяснить многообразие тел при признании их единым субстратом — материей. Сведение материи к субстрату природных тел выражало ее основную определенность в этой концепции принципов.
Такое понимание принципов, или оснований, было традиционным в XII–XVII вв. (см. 143, 719 и 132, 80–83). Оно восходит от Аристотеля через схоластику к философии Возрождения, с которой связано начало его изменения. Хотя вплоть до первой половины XVIII в. основная линия в определении материи шла через ее соотнесение не с сознанием, а с формой, фиксируя ее субстратность, уже в эпоху Возрождения вместе с началом опытного естествознания наметилось разложение аристотелевского понятия абстрактной бескачественной материи. Оно проходило в двух направлениях. С одной стороны, возникала тенденция к отождествлению материи с ее наблюдаемыми в опыте чувственно-воспринимаемыми качествами — теплым, желтым, шероховатым и т. д., которая таила в себе опасность ее субъективации (учение о формах и природах у Бэкона и путь от него к Беркли). С другой стороны, с развитием механики и появлением механистического материализма возникла тенденция к сведению материи к основным, первичным, неизменным свойствам, общим для всех материальных тел, таким, как протяженность, тяжесть, фигура и др., определяемым строго геометрически или физически. Обе эти тенденции были шагом вперед по сравнению с пониманием материи только как абстрактного субстрата природных тел.