Первая из них осталась чуждой Прокоповичу, так как он считает, что материя, как таковая, непосредственно не дается человеческим ощущениям. «Материя, — пишет он, — есть во всех телах. Следовательно, возникает потребность исследовать, что она есть, и старательно рассмотреть ее природу. Сделать это тем тяжелей, что мы не можем постичь ее ни одним из ощущений, так как она существует в разнообразных акциденциях скрыто и тайно» (61, 68 л.). Физик судит о природе материи только на основании изучения природных тел, т. е. опосредствованно.
Более близкой для Прокоповича, как и других профессоров киевской академии, оказывается вторая тенденция. «Материя же всякая, — пишет Прокопович, — в рассуждении своего существа постигаемая бывает нами, яко всячески протяженная, сиречь имеющая широту, долготу, глубину, высоту и прочая фигуры» (38, 22). Нельзя не видеть близости этого определения к декартовскому пониманию материи, согласно которому природа материи, то есть тела, состоит не в том, что оно есть «вещь твердая, весомая, окрашенная или каким-либо иным образом возбуждающая наши чувства, но лишь в том, что оно есть субстанция, протяженная в длину, широту, глубину» (80, 446). При сопоставлении мыслей, высказанных Прокоповичем, и данного определения материи Декарта видно, что линия сходства между ними проходит через такие пункты: 1) оба мыслителя под субстанцией понимают тело, 2) оба они возражают против сведения материи к чувственно воспринимаемым качествам, 3) и тот и другой видят ее основное свойство в геометрически измеримой протяженности, постигаемой посредством рассудка и разума. Это же сопоставление дает основание для вывода о наличии в их взглядах не только сходства, но и существенного различия, которое состоит прежде всего в том, что для Декарта тело есть материя, а для Прокоповича оно есть соединение материи и формы.
Ни материя, ни форма, взятые отдельно, по Прокоповичу, не являются телом, или субстанцией. Лишь соединяясь, они образуют тело, представляющее собой их единство, завершенность. Реально они существуют лишь в этом единстве, а их разделение возможно только в абстракции. Отдельно они были бы неполным, незавершенным телом.
При рассмотрении соотношения материи и формы в сочинениях Прокоповича можно найти немало и такого, что роднит его не только с Аристотелем, но и со схоластикой, теологизировавшей и догматизировавшей учение Стагирита. Сохранению элементов схоластики во взглядах Прокоповича весьма способствовала неразвитость в философии того времени учения о самодвижении материи, о ее внутренней активности, разработка которого не могла в достаточной мере стимулироваться естествознанием, основывающимся на механике. Вследствие этого активность переносилась на форму. При соотношении материи и формы у Прокоповича также нередко оказывается, что материя выступает как нечто пассивное, как потенция, возможность, а форма — как носитель активности, действительности, акта. Однако подобные высказывания последовательно им не проводились.
Так, Прокопович решительно возражает против принятого в схоластике первенствующего значения формы в соотношении материи и формы и склоняется к мысли, что основанием, причиной в этом соотношении является материя. Он не соглашается с допускаемым схоластикой отрывом формы от материи и ее гипостазированием, так как, по его мнению, из положения о единстве материи и формы в природном теле закономерно вытекает мысль, что форма не может существовать вне материи. Подвергая критике взгляды Платона, Аристотеля, Фомы Аквинского, мыслитель возражает против превращения отделенных от материи форм в онтологизированные платоновские идеи, против понимания бога как чистой формы, чистого бытия, акта, формы форм и признания непрерывного творения им форм природных тел. «Мысли Платона — дивная сказка, — пишет Феофан. — Он учит, что форма из идей ее самой, как из источника, вливается в материю, как в какое-то хранилище. Ничто не выливается из того, что есть ничем, разве что пустые сновиденья, какими являются идеи Платона» (61, 71 л). Рассматривая далее мысль Аристотеля, согласно которой «формы существуют до возникновения какой бы то ни было вещи», он вынужден признать: «…выслушав Аристотеля и других, думающих так же, скажу, что я по-иному понимаю все, относящееся к этому вопросу» (там же, 71 об.).
В отличие от Фомы Аквинского, который теологизировал аристотелевскую форму, обозначающую природную сущность вещей, Прокопович выполняет противоположную процедуру, он снимает эту теологизацию, пытаясь показать, что формы не сверхъестественны, а естественны. Однако эта попытка носит еще ограниченный характер. Довольствуясь деистическим признанием первичного творения материи и формы богом, Прокопович отрицает их дальнейшее непрерывное творение, на котором настаивали не только последователи Аквината, но и многие мыслители XVII в., в том числе и Декарт. Однако он не распространяет это отрицание на разумные души, каждая из которых, по его мнению, творится в отдельности и соединяется с зарождающимся телом человека. «Формы, — говорит мыслитель, — выводятся из чего-то, а не из ничего. Ибо в противном случае они создавались бы, а не рождались. Но мы только что убедились, что ничто не создается, кроме формы человеческого тела, которая создается при рождении человека» (61, 71 л.).