Наиболее сильные стороны в учении Прокоповича о материи связаны с развитием современного ему естествознания. К ним нужно отнести: 1) признание мыслителем единства и однородности материи во всех природных телах; 2) его утверждение о том, что материя не возникает и не уничтожается, а остается количественно неизменной при всех ее превращениях.
Материя понималась в киевской академии как обладающая многообразными определениями. К числу этих определений относится и то, что материя является субстратом, тем, из чего состоят все физические тела. Этот субстрат, по мнению Прокоповича, одинаков во всех телах. «Всем вещам, — пишет он, — присуща та же самая материя» (61, 71 об.). «Материя общая и одинаковая во всех телах, хотя формы и различны» (124, 204 л.). Он подчеркивает единство материи не только во всех телах неживой природы, но и во всех телах живой природы. |«Нет необходимости, — заявляет Феофан, — считать материю льва отличной от материи камня на том основании, что тот живет, а этот нет» (там же, 167 об.). Это относится и к самому человеку. «Хотя человек более знаменит, чем само небо, однако и он из той же, что все прочее, материи состоит» (там же, 166 об.). Возрождение этих взглядов античных мыслителей роднит Прокоповича с Бернардино Телезио, Николаем Кузанским, Джордано Бруно, Галилео Галилеем, пришедшими к выводу о физической однородности материи в мире.
Материя, по мнению Прокоповича, выступает основанием единства природных тел не только тогда, когда она рассматривается как их субстрат, но и тогда, когда она рассматривается как субъект всех изменений. Под субъектом в данном случае понимается то, что подвергается изменениям, переходит от одного изменяющегося тела к другому.
Рассматривая материю как общий субъект всех изменений, Прокопович высказывает глубоко диалектическую мысль о «взаимном переходе подлунных тел». Уже пример, которым она иллюстрируется, содержит в себе догадку о круговороте веществ в природе: из земли возникает растение, из растения плод, из плода пища, из пищи тело человека, из тела человека труп, из трупа червяк, из червяка земля. Эта догадка была высказана еще античными авторами и доказана естествознанием XIX в., но то, что из обширного наследия прошлого она отбирается Прокоповичем (как, впрочем, и другими профессорами киевской академии, она повторяется почти в каждом курсе), свидетельствует об определенной философской направленности его взглядов. Ведь каждый мыслитель выбирает из анналов истории философии прежде всего то, что так или иначе близко его воззрениям, перекликается с ними, подтверждает и обосновывает их.