Защищая автономию церкви и «чистоту» православия, Яворский выступает против Феофана с рядом полемических произведений. Так, в ответ на «Духовный регламент» и сочинение Феофана, доказывающее необходимость изъять упоминание имени патриархов из церковных молитв, он пишет «Апологию». Наиболее развернутая критика взглядов Феофана и его единомышленников дана в сочинении Яворского «Камень веры». Направленное на защиту автономии церкви, чистоты православия и древнерусского благочестия, это произведение, противоречащее духу петровских преобразований в области отношения церкви и государства, не было напечатано при жизни его автора. Просмотрев «Камень веры» и ознакомившись с отзывом о нем Феофана, Петр I отрицательно отнесся к возможности его публикации. Оно было издано единомышленниками Яворского уже после смерти Петра и сразу же стало использоваться как идейная опора церковно-боярскими кругами, мечтавшими о реставрации старины, в том числе и власти патриарха.
В 1726 г., уже после смерти Петра I, на основании доноса и материалов, представленных Маркеллом Родышевским, в тайной канцелярии разбиралось дело по обвинению Феофана в еретизме. Маркелл, который, по словам И. Чистовича, «преследовал и мучил Феофана с изумительной настойчивостью, с самоотвержением почти фантастическим» (127, 155), готовил против него новый донос. За спиной Маркелла стоял Георгий Дашков, один из претендентов в патриархи. Его поддерживали Д. М. Голицын и другие представители родовой аристократии. Последние добивались устранения Прокоповича с политической арены. Против Феофана при их поддержке сочиняются пасквили, подметные письма, в том числе и подложное письмо, написанное будто бы римским папой Бенедиктом (см. 111). Об этом же свидетельствует и такой документ, как «Критические замечания на печатные переводы и сочинения архиепископов Гавриила Бужинского и Феофана Прокоповича» (95), который предшествовал преданию церковному суду Бужинского и новому туру слушания дела о еретизме Прокоповича в тайной канцелярии.
Защищая петровские реформы, направленные на подчинение церкви государству, искоренение монашества, секуляризацию монастырских имений, Прокопович пишет ряд произведений, а также развивает эту тему в своих «Словах». Отражая обвинения в еретизме, он выдвигает против своих противников из церковного лагеря более страшное обвинение в подрыве мощи государства, в посягательстве на царскую власть, в организации антиправительственных фракций и заговоров. Последними он буквально запугивает монархов и их министров и благодаря этому держит их под своим влиянием. Одновременно он ведет борьбу против восстановления патриаршества. В этой борьбе наряду с разными политическими ходами он использует и такое оружие, как сатиру. Среди найденных нами неопубликованных латинских стихотворений Феофана Прокоповича две эпиграммы и сатира посвящены острому осмеянию претендента в патриархи Георгия Дашкова, который надеялся получить это место, раздаривая коней из своего завода. По тонкости, остроумию, глубине и язвительности нападок на представителя духовенства эта сатира заслуживает быть причисленной к лучшим антиклерикальным произведениям начала XVIII в. Напомним, что «добрым пастырем стада кобыл» Дашков называется и в другом произведении того времени — «Молотке на „Камень веры“», эта же тема используется для осмеяния Дашкова и в сатирах Кантемира.
Естественно, что в период господства верховников Прокопович в силу своего положения не мог открыто выступить против «Камня веры». Поэтому он избирает для его критики другие средства. С одной стороны, внутри страны он ведет анонимную критику, выступая от лица проживающего в России протестанта. Так написан и памфлет «Молоток на „Камень веры“» (61), и «Отяготительные обряды римской и греческой церкви» (30). С другой стороны, он переносит полемику против «Камня веры» за границу. Об оперативности его действий свидетельствует то, что уже в майском номере «Лейпцигских ученых актов» за 1729 г. появляется разбор этого сочинения Яворского, изданного в 1728 г. К концу этого же года в Йене выходит книга, посвященная критике «Камня веры», написанная И. Ф. Буддеем в форме письма к другу, проживающему в Москве (130). Никто не сомневался в том, что «другом, проживающим в Москве», был Феофан.