Среди апостериорных доказательств бытия бога, которые приводит Прокопович, космологическое доказательство не является главным. На первый план у него выдвигается так называемое физико-телеологическое доказательство. От целесообразности, гармонии, закономерности, господствующих в природе, он приходит к наличию разума, устроившего этот мир и его сохраняющего. Это доказательство можно найти уже в одном из ранних произведений мыслителя — «Владимире»:
Нельзя не увидеть здесь тенденции сближения бога с закономерностью природы.
В свои рассуждения о необходимости бытия бога Прокопович вводит моральные мотивы. Отметим, что в то время даже многие философы-вольнодумцы считали необходимым сохранить веру в бога по «государственным соображениям». По их мнению, было бы нежелательным освободить простонародье от религиозных представлений, так как атеизм ему не по плечу и может привести к бунтам, к социальному хаосу. Вольтер, как известно, даже говорил, что «если бы бога не было, то его нужно было бы выдумать» (77, 27). Подобными морально-политическими соображениями руководствовался и Прокопович, когда писал, что даже некоторые атеисты советуют проповедовать веру в бога среди простого народа для того, чтобы он повиновался государственной власти. Эти взгляды мыслителя отражены, в частности, в его сочинении «Рассуждение о безбожии» (1730). По сравнению с философским курсом это сочинение явилось шагом назад. Как справедливо замечали исследователи (см. 52), это произведение направлено против безбожия, в защиту идеи бога. Однако обратим внимание на некоторые обстоятельства, которые до сих пор оставались вне поля зрения исследователей. Это произведение было написано Прокоповичем, когда он вместе с Кантемиром, Татищевым и другими прогрессивными русскими мыслителями и общественными деятелями вел тяжелую борьбу в защиту петровских преобразований от попыток их ликвидации со стороны правящей аристократической олигархии — верховников и поддерживающего ее духовенства. Естественно, что, выступая против восстановления привилегий церкви и духовенства, Прокопович хотел иметь какое-то официальное прикрытие для своих далеко не ортодоксальных взглядов. Это прикрытие было тем более нужно ему, что его старые противники использовали обострение идеологической борьбы для новых доносов и обвинений, в результате которых начался второй тур слушания дела о «еретике Феофане Прокоповиче» в тайной канцелярии.
Но не в этом главное. А главное состоит в том, что в этом произведении, направленном против безбожия, впервые в России довольно развернуто излагается сущность атеистических взглядов и дается их классификация. Неприятие Феофаном безбожия не мешает ему говорить об атеистах весьма уважительно. «Атеисты… множайшие были из людей высокого разума и учения, обычным любомудрия наречием называемых философы. А именно: Кратилес, Платон, академики, Аристотель, Стратон Лампсацкий, перипатетики, Теодор Киринейский, по прозванию атеист, и Бион, стоики и циники» (38, 4).