Сущность атеизма, по мнению Прокоповича, состоит в отрицании бытия бога или сомнении в его существовании, в признании первичности материи, природы, атомов, в сопряжении бога и природы необходимой связью и их отождествлении. «Что бо есть иное материи первой существенно нужное и богу собезначальное причитати бытие?., или с тоюжде материею, существенным и неразрывным союзом бога связати?.. или из случайного атомов стечения всего мира составление производити… ежели не самое лютое божества опровержение?» (там же, 4). Феофан называет атеистическими взгляды, которые в той или иной мере высказывались и им самим в его философских произведениях.
Прокопович выделяет шесть разновидностей атеизма, располагая их в исторической последовательности: 1) скептический, 2) догматический, 3) атеизм Аристотеля, 4) стоиков, 5) Эпикура и 6) «Венедикта Спинозы атеизма основание есть исповедание единой только во всем мире субстанции, или существа, или натуры, прочего же всего разных оныя натуры аффектаций или модификаций, то есть качеств или деланий признание» (там же, 5).
В начале XVIII в. общественное сознание в России, обусловленное уровнем развития производительных сил, науки, общественно-исторической практики, еще не было готово для непосредственного восприятия атеистических идей.
Вольнодумцы и атеисты подвергались гонениям. Сказать о ком-нибудь, что он атеист, значило восстановить против него общественное мнение. Поэтому Прокопович в этой работе и избегает говорить о Копернике, Бруно, Галилее, а в других работах пытается показать, что их бог и их мир являются истинными, а бог и мир папы и церковников — ложными. Обращаясь же к наследию Спинозы, Феофан не только подчеркивает его ученость и то, что он «не в последнем был от прочих у своих учеников и подражателей почтении», но и то, что он «божества ясными терминами не отвергает», хотя и сложил такую систему, в которой «едину только субстанцию, или существо, или натуру во всем мире признал, и той самый мир, то есть всех вещей собрание, божеством нарек» (38, 11).
Конечно, в произведениях Прокоповича, в том числе и в его философском курсе, много говорится о боге. Он выступает и как творец природы, и как гарант ее сохранения, и как первопричина ее движения. Теология еще в очень большой мере проникает философские сочинения Прокоповича. Вместе с тем по сравнению с его предшественниками у него значительно усиливается тенденция к самостоятельности философии как определенной области знания. В лекционном курсе Прокоповича теология структурно отделена от философии. Последняя отличается от теологии и своим объектом, и принципами, и методом. Если теология имеет своим объектом откровение, то рациональная философия — логические операции, натуральная — природное тело, моральная — нравственность и общественную жизнь людей. Метафизика, рассматривающая бога как сущность бытия, которая в киевской и московской академиях традиционно следовала после натурфилософии или физики, отсутствует в лекционном курсе Прокоповича. Вместо метафизики он читает курс математики. Объективный мир, природа, человек начинают приобретать у Прокоповича всевозрастающую самостоятельную ценность. Но теология при этом еще отнюдь не устраняется, речь идет только о начавшемся размежевании философии и теологии соответственно принципу двойственной истины. Это размежевание есть лишь процесс, а не готовый результат. Процесс еще не завершен, он продолжается. О том, что бог еще не устранен из философии окончательно, свидетельствует и то, что в натурфилософии Прокоповича он выступает как одно из многих определений природы. «Под природой, — говорит Феофан, — понимают самого бога» (61, 77 об.). Оказывается, что бог и материя — это та же природа, взятая с разных сторон, ибо ей присуща и духовность, и телесность, протяженность. Линия сближения идет от бога к материи через природу. «Полное определение природы, — пишет Феофан, — совпадает с богом относительно природных вещей, в которых он с необходимостью существует и которые он движет. Отсюда следует, что это определение не только природы… но оно, очевидно, относится к материи и форме» (там же, 78 л.).
В связи с вопросом о сближении бога и природы в философском курсе Прокоповича отметим, что элементы деизма и пантеизма в нем часто не только переплетались, но и противоречили друг другу. Действительно, деизм допускает творение мира богом, а пантеизм его исключает. Ибо если бог существует в вещах, если он сливается с природой и есть вездесущий, то без природы, без вещей нет и бога. Но эти противоречия были противоречиями перехода от теологических систем к материалистическим.