Церковь фланкирована двумя симметричными двухэтажными пристройками. Одна из них, северная, сооружена в позднее время на месте прежних каменных келий, часть стен которых включена в ее нижний этаж. Вторая пристройка, древняя в основе, тоже сильно переделана, а ее стена со стороны монастыря вообще новая. Сейчас в ней устроена лестница, ведущая в церковь. Прежде наверх поднимались по деревянному крыльцу. В годы пребывания в монастыре патриарха Никона церковь Богоявления служила ему домовой церковью. К ней вели деревянные переходы от выстроенных Никоном хором.
Внутри обе церкви, объединенные в одно помещение, очень своеобразны. Иконостасы поставлены вдоль длинной оси здания, оставляя свободным узкое пространство, мало напоминающее внутренность храма. Увенчивающие здание каменные восьмерики с шатрами поставлены над его серединой без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек.
К XVII веку относится также дошедшая до нас монастырская
колокольня. Она занимает место на середине каменного крытого перехода, соединяющего паперти собора и трапезной. Судя по этому ее положению и ориентации, она с самого начала была связана с переходом. Правда, существующий переход вместе с пристроенным к колокольне крыльцом построен не ранее рубежа XVIII-XIX веков, но он точно повторил трассу более раннего, существовавшего уже в XVII столетии. Остатки его сохранились в нижнем этаже.
Ферапонтовская колокольня довольно архаична. Это сказывается не только в простоте декорации, не характерной для колоколен
XVII века, но и в самом ее устройстве. Очень редки квадратный план звона и четырехгранный, выглядящий несколько грубоватым, шатер. Тем не менее некоторые детали, в частности, профилировка карнизов, не позволяют отнести ее постройку к более раннему времени.
Монастырь когда-то имел в своем составе и другие здания - поварню, погреба, кельи. Некоторые из них строились из камня, но большая часть - из дерева. Все они давно уже утрачены. Деревянной была и монастырская ограда с четырьмя башнями по углам. С южной стороны она несколько отступала за пределы Казенной палаты. В целом она же более или менее совпадала с существующей, относящейся ко времени бытования монастырских церквей как приходских. В значительной части она выстроена заново уже в 1870 году. Немногочисленность сохранившихся построек способствует еще большему слиянию ферапонтовских храмов с окружающим пейзажем.
Несмотря на то, что Ферапонтов монастырь имеет несравненно более скромные размеры, чем его могучий сосед, архитектурное значение ансамбля столь же велико. Памятники обоих монастырей создавались в одну историческую эпоху, выражали одни художественные идеи и зачастую принадлежат одним и тем же мастерам. Суровая, величественная крепость Кирилло-Белозерского монастыря и живописный, поэтичный Ферапонтовский ансамбль в равной мере являются замечательными памятниками высокой художественной и строительной культуры древней Руси.
МУЗЕЙ
Музей в Ферапонтове возник в 1918 году как часть Кирилло-Белозерского музея-монастыря. В 1975 году он получил статус филиала и свое современное название - Музей фресок Дионисия. В 1979 году впервые был поставлен вопрос о самостоятельности Музея, но до сих пор он не решен. В 1997 году в составе Кирилловского музея Музей фресок Дионисия включен в свод особо ценных объектов историко-культурного наследия народов Российской Федерации.
К лету 1998 года, когда монастырю исполняется 600 лет, открыты для обозрения экспозиция "История Ферапонтова монастыря", церковь Мартиниана и две выставки под общим названием "Монастырская вотчина".
Экспозиция "История Ферапонтова монастыря" развернута в трапезной палате. История обители представлена на ней не последовательно, но в наиболее важных, узловых ее моментах.
Традиция считает, что преподобный Ферапонт пришел на Бородаевское озеро в 1398 году и прожил здесь 10 лет, дав начало монастырю. С тех давних пор практически ничего не сохранилось. В первой витрине экспозиции помещен антиминс церкви пречистой Богородицы, освященный 8 сентября 1409 года. Он был обнаружен в ходе реставрационных работ 1913 года в престоле собора Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря и с того времени считается происходящим из первой монастырской церкви. Но одна особенность памятника заставляет усомниться в этом. На всех монастырских антиминсах обычно указывалось имя игумена или одного из соборных старцев, заменявших его. Здесь же написан текст, характерный для антиминсов немонастырских церквей: указаны только имена архиепископа, великого и удельного князей. Логично предположить, что преподобный Ферапонт положил начало не общежительному монастырю, а небольшой пустыни, то есть поселению монахов, удалившихся от основного монастыря.
В 1435 году в обитель Ферапонта пришел преподобный Мартиниан, ученик Кирилла Белозерского - человек, положивший начало всероссийской известности обители, установивший здесь общежительный устав. В экспозиции показаны вещи преподобного - его фелонь, подризник и посох. Скромные и ветхие, эти вещи хранят память о святом, основавшем Преображенский Вожеозерский монастырь, около восьми лет стоявшем во главе Троице-Сергиева монастыря и, наконец, обустроившему Ферапонтов монастырь. Рядом с его вещами в трапезной палате стоит деревянная рака преподобного из церкви Мартиниана. Она - единственный сохранившийся древний памятник такого рода в стране. Сооружена рака была во второй половине XVI века,
а в 1646 году лицевая сторона заменена новой. На боковых стенках в круглых медальонах вырезаны тексты из Жития святого, рассказывающие об обретении его мощей в 1513 году при погребении Иоасафа Оболенского и чудесах исцеления.
Некрополь монастыря не сохранился за исключением двух надгробий, экспонируемых в трапезной палате.
Сравнительно недавно близ южной стены церкви Мартиниана была найдена белокаменная плита с изображением посоха и надписью: "Зде[сь] лежат мощи Ивши Ободаева". Ею было обозначено захоронение ярославского князя Ивана Ивановича Жирового-Засекина, из Рюриковичей, видимо, вкладчика Ферапонтова монастыря.