Когда же теологи и ученые-фидеисты вынуждены отвечать на вопрос, как же следует объяснять поведение церкви в деле Дж, Бруно, Галилео Галилея и других мучеников науки — жертв инквизиции, они прибегают к самым различным ухищрениям, выгораживая своих предшественников и обеляя прошлое религии и церкви. Они утверждают, что случаи конфликтов между наукой и религией не свидетельствуют о противоречии между верой и знанием, а говорят лишь о взаимном непонимании «излишне усердных» теологов и «слишком увлекавшихся» деятелей науки. Истинная же церковь, утверждают современные богословы и ученые-фидеисты, не повинна в ошибках и заблуждениях отдельных ее «ретивых» служителей.
Многие богословы и ученые-фидеисты в своих сочинениях, посвященных истории взаимоотношений церкви и науки, даже пытаются вызвать у читателей явное сочувствие к якобы «не вполне справедливо» обвиняемым иерархам. Ведь вина этих «людей церкви» была так понятна и простительна: она состояла лишь в последовательном исполнении их морального долга — защите христианского вероучения, являвшегося тогда выразителем общественных идеалов. Гораздо больше, доказывают авторы этих сочинений, в конфликте церкви и науки виноваты были сами ученые, которые якобы вместо того, чтобы заниматься своими проблемами, посягали на решение вопросов, являвшихся тогда (да и сегодня) прерогативой теологии, были при этом излишне самоуверенны и вдобавок ко всему склонны к монистическим, т. е. материалистическим взглядам.
Именно так, например, они расценивают преследование церковью Галилея, которое католические теологи ныне называют «казусом Галилея». По существу, оказывается, прав был Галилей, но в том, что он подвергся преследованиям инквизиции, виновата не церковь, не религия, не инквизиторы, а виноват... сам Галилей. Слишком уж необдуманно вел себя ученый, пытался заниматься решением выходивших за пределы его исследований вопросов, брался даже за «интерпретацию» Библии, да к тому же так и не сумел доказать своим мучителям истинность пропагандируемого им коперниковско-го учения.
Так, главная причина конфликта между наукой и религией усматривается в том, что излишне «самоуверенная» и «самонадеянная» наука выходила за отведенные ей церковью пределы.
Однако как бы ни старались современные апологеты религии обелить прошлое церкви, тщетны все их усилия спасти ее репутацию в вопросах отношения к науке и ученым. Не отдельные излишне «ретивые и фанатичные» служители церкви были виноваты в преследовании ученых, а сама церковь, вероучение которой проникнуто духом ненависти и непримиримости к знанию и разуму. Представители церкви, преследуя ученых, подавляя свободомыслие, следовали не своим личным пристрастиям, а действовали в соответствии с христианским учением, враждебно относящимся, как и всякая религия, к научному познанию. В этом случае показательна позиция кардинала Беллармина в процессе над Галилеем: как частное лицо он не имел ничего против Галилея и его учения, но как церковный деятель он вынес свой позорный приговор, осуждающий вольнодумца.
Таким образом, переложить ответственность за гонения и преследования церковью ученых и передовых мыслителей на науку и самих жертв гонений возможно только при явном и лицемерном пренебрежении к широко известным фактам истории. Пытаясь выгородить своих предшественников, вписавших в историю человечества позорные страницы обскурантизма и невежества, нетерпимости и жестокости, некоторые апологеты религии доходят, по существу, до глумления и надругательства над памятью мучеников науки — жертв инквизиции. Любые попытки доказать религиозные истоки научного познания и представить историю взаимоотношений науки и религии в виде мирного сосуществования и взаимопонимания являются намеренным искажением и фальсификацией реальных фактов истории человечества и поэтому обречены на неудачу.
Религия и наука никогда не были союзниками, как утверждают современные фидеисты, ибо цели, стоящие перед религией и наукой, различны. Наука, разум — это основное орудие могущества людей, познающих природу и созидающих историю общества, а религия — это прежде всего учение о бессилии человека, призыв к смирению перед непознанными природными и социальными силами. Поэтому следует разоблачать все попытки фидеистов использовать софистические приемы и схоластические «теории» в качестве средств борьбы с коммунистической идеологией. Отмечая эту сторону деятельности буржуазной пропаганды, постановление июньского (1983 г.) Пленума ЦК КПСС «Актуальные вопросы идеологической, массово-политической работы партии» подчеркивает: «Против Советского Союза, стран социализма ведется беспрецедентная по своим масштабам и оголтелости психологическая война. Не гнушаясь ложью и клеветой, буржуазная пропаганда стремится очернить социалистический строй, подорвать социально-политическое и идейное единство нашего общества. Поэтому особую важность сегодня приобретают классовая закалка трудящихся, бескомпромиссная борьба против буржуазной идеологии».