Далее Сергей Алексеевич Беляев более подробно рассказывает: «Раскопки начались 10 октября 1994 года и продолжались до 14 октября. За это время были произведены земляные работы и первоначальная разработка обнаруженных материалов; работа над облачениями и их фотофиксация продолжалась еще две недели. Исходя из имеющихся данных были выбраны три места раскопок, соответствующие могилам святителя Иннокентия, митрополита Филарета и архимандрита Антония, естественно, с некоторым допуском. Могилы действительно оказались в границах намеченных участков, и расширения площади раскопок не потребовалось.
11 октября духовник Лавры архимандрит Кирилл (Павлов) отслужил в Духовской церкви литию по погребенным. Во время раскопок литии и панихиды совершались регулярно по нескольку раз в день братией Лавры и священнослужителями Духовной академии и семинарии. Утром 11 октября по старой лаврской традиции в Духовской церкви началось непрестанное чтение Псалтири (до закрытия Лавры неусыпная Псалтирь читалась именно в Духовской церкви), и это чтение не прекращалось до окончания работ.
Земляные работы велись одновременно на четырех участках — в предполагаемых местах расположения трех могил с наружной стороны южной стены Духовской церкви и внутри Духовской церкви, около ее южной стены, — там, где находится гробница митрополита Филарета.
Первой была обнаружена могила архимандрита Антония — именно там, где и ожидалось, исходя из известных литературных источников. Были также раскрыты фундаменты стен притвора Филаретовской церкви и самого храма. Кроме того, чтобы исключить малейшую ошибку, была раскопана дополнительная площадь к югу от могилы, где не было никаких фундаментов. На этой площади никаких могильных сооружений не найдено — только земляная насыпь. Северо-восточный край могилы отстоит от пилястра Духовской церкви всего на 25 см, а верхний край кирпичной кладки склепа — всего на 20 см ниже современной поверхности. Перекрывающая могилу прослойка толщиной 20 см состоит из чистого песка и щебня.
Стены склепа архимандрита Антония, выложенные из большемерного кирпича толщиной в один кирпич, довольно хорошо сохранились. Три стены — восточная, северная и западная — по-видимому, сохранились в полную высоту (1,3 м) и состоят из 12 рядов кирпича, и только часть южной стены немного разрушена в центре (высотой на 1–2 кирпича). Размер могилы (по внутренним параметрам): длина (по линии восток — запад) — 2,5 м, ширина (по линии север — юг) — 1 м, высота — 1,3 м. Дно могилы песчаное, возможно, оно также было выложено кирпичом, но при разграблении могилы он был удален. Перекрытие полностью отсутствует. Обычно в монастырских могилах такого типа перекрытие делается в виде кирпичного свода, в могиле же митрополита Филарета оно состоит из плит. Надо полагать, что в могиле архимандрита Антония перекрытие тоже было либо плитовое, либо сводчатое.
Могила архимандрита Антония оказалась на всю высоту засыпана строительным мусором, однородным по плотности и составу. Грунт засыпи — земля темно-коричневого цвета, возможно, с незначительной примесью глины. Гроба в могиле не нашли, только на самом дне были обнаружены фрагменты гробовых досок, два из них — с металлическими ручками. При расчистке дна могилы в западной части найден деревянный параманный крест.
Никаких сомнений в том, что обнаружено захоронение именно архимандрита Антония, нет, причем совершенно очевидно, что оно было осквернено и разграблено. Однако ничего, что хотя бы косвенно указывало на время разграбления, — обрывков газет, монет или каких-либо иных предметов — найдено не было.
Могила святителя Иннокентия, вернее то, что от нее осталось, была обнаружена в месте, которое полностью соответствует указаниям в имеющихся описаниях. По конструкции она полностью совпадает с могилой архимандрита Антония. На ее плохую сохранность могли повлиять два обстоятельства. Во-первых, то, что она расположена ближе к современной поверхности, и, во-вторых, то, что она оказалась рядом с вновь построенным южным крыльцом Духовской церкви и даже частично под ним. А это означает, что при восстановлении крыльца кирпичные стены могилы могли оказаться помехой и были разобраны.
От могилы святителя Иннокентия сохранились части западной торцовой и южной продольной стен, а также кирпичная кладка около южного фундамента Духовской церкви — возможно, часть северной стены могилы, хотя не исключено, что это просто остатки фундамента Филаретовской церкви, вплотную примыкавшего к фундаменту Духовской церкви. Видимая длина могилы — 2 м, причем захоронение частично уходит под южное крыльцо Духовской церкви, которое разбирать не стали, поскольку ничего принципиально нового это не дало бы. На глубине 0,86 м от современной поверхности в центральной части могилы сохранилась кирпичная вымостка; ее длина — 1,35 м (по линии восток — запад), ширина (по линии север — юг) — 1 м. По-видимому, это остатки дна склепа.
Могила на всю высоту была засыпана строительным мусором. Никаких останков в ней не оказалось.
С захоронением митрополита Филарета все оказалось сложнее. Раскопки, как и в двух предыдущих случаях, начались на том месте, которое было определено по описаниям и плану, предоставленному В. В. Балдиным. Однако при первых же ударах лопаты выяснилось, что в западной части этого участка проходит современная теплоцентраль; впоследствии удалось установить, что она была сооружена в 1956–1957 годах.
Доведя раскопки до глубины около 0,3–0,4 м, мы поняли, что никаких остатков погребального сооружения найти не удастся — могила была полностью уничтожена.
Примерно на этом же уровне стали выявляться контуры ямы. Ее границы довольно четко прослеживались по характеру заполнения: раскапываемая площадь была заполнена строительным мусором, включающим битый кирпич, куски асфальта, отески камней, куски извести и другие строительные материалы, а грунт вокруг состоял из довольно чистой земли темного цвета с небольшой примесью глины. Отличались эти грунты и по плотности: грунт в яме был относительно рыхлый, а вокруг нее — плотный, слежавшийся, с примесью глины и без каких-либо включений.
Примерно на глубине 0,4–0,5 м стали попадаться человеческие кости, доски от гробов, а также куски облачений. Это продолжалось до самого дна ямы. Человеческие останки находили в виде отдельных костей и небольших групп костей. В одном случае удалось зафиксировать кисть руки с правильным расположением всех малых костей, сохранивших не только правильное анатомическое положение, но и идеально выдержанный порядок взаимного расположения, к тому же эта кисть находилась почти в строго вертикальном положении. Совершенно ясно, что человек так расположить кости не мог. Объяснить этот факт можно только тем, что кисть была сброшена в яму нетленной.