Многие доски были с металлическими ручками; в процессе раскопок было найдено три разных типа таких ручек.
В двух случаях на досках от гроба были большие пробоины. Ниже досок с пробоинами были обнаружены большие камни, а под ними — выбитые части досок. Это может свидетельствовать только об одном: камни с силой бросали в яму, когда в ней уже лежали сброшенные человеческие останки и доски от гробов. Всего в яме было найдено 14–15 таких камней, из них по крайней мере 3–4 камня весом не менее 100 кг — четверо сильных мужчин еле-еле подняли их наверх.
В толще мусорного слоя на разной глубине было обнаружено два разбитых черепа, причем осколки одного из них позднее были найдены на самом дне ямы. В восточной части ямы на самом дне оказался череп с хорошо сохранившимися на затылочной части волосами, который еще до расчистки был идентифицирован как принадлежавший митрополиту Филарету. Впоследствии это полностью подтвердилось.
В западной части яма частично заходила под теплоцентраль, но с соблюдением всех мер предосторожности и этот участок был расчищен.
Дно ямы оказалось песчаным, три стенки — восточная, северная и западная — земляными, а южная — кирпичной, но это не стена могилы, а кирпичный фундамент Филаретовской церкви. В верхней части яма имеет размеры 2,25 х 1,6 м, книзу сужается, и размеры ее по дну значительно меньше верхних. Глубина ямы от современной поверхности составляет около полутора метров.
Разборка нижней части раскопа, где было обнаружено большинство человеческих останков, досок и епископских облачений, пришлась на вторую половину дня 12 октября 1994 года. Братия Лавры и учащиеся Духовных школ все время находились рядом. Особенно много народу собралось к вечеру того дня, когда количество находок стало увеличиваться. После окончания вечерней службы к братии и учащимся присоединились еще и богомольцы, так что общее число пассивных участников раскопок достигало порядка 200 человек.
Все находимые в яме доски и части архиерейских облачений (последние иногда вместе с комьями земли, от которых их подчас было трудно отделить) переносились в Духовскую церковь. Там все это раскладывалось в строгом порядке по определенным местам. Что же касается человеческих останков, то, вынув из мусорного заполнения ямы, их клали на разостланную у края ямы чистую простынь; в храм уносили только мелкие кости.
По мере углубления и нахождения все большего количества мощей становилось ясно, что обнаружена значительная часть трех человеческих скелетов, являющихся святыми мощами святителя Иннокентия и мощами митрополита Филарета и архимандрита Антония. На это указывало и наличие архиерейских облачений, и ряд других признаков. В частности, глава митрополита Филарета была как бы завернута и неотделима от одежды фиолетового цвета, которая во время раскопок была принята за архиерейскую мантию, а впоследствии оказалась подрясником.
Когда стало ясно, кому могут принадлежать обнаруженные мощи, началось непрерывное совершение заупокойных служб — литий и панихид. Службы совершались попеременно духовенством Лавры и Академии. Богослужение продолжалось все последние два часа раскопок. Во время кратких перерывов пел народ.
После того как показалась глава митрополита Филарета, я попросил принести блюдо, покрытое воздухом, и, после соответствующей расчистки, глава была вынута и на приготовленном блюде передана братии Лавры. Это была последняя находка. Затем инспектор Московской Духовной академии архимандрит Сергий (Соколов) с хором воспитанников и всем собравшимся народом совершил последнюю литию перед лежащими на краю ямы только что обретенными мощами.
По окончании литии мощи были подняты и, сопровождаемые всенародным радостным пением «Святый Боже», перенесены в Духовскую церковь, где и были положены в центре на заранее приготовленный щит, покрытый покрывалом.
Одновременно с раскопками могил вне Духовской церкви были проведены раскопки внутри ее, у южной стены, в том месте, где находилась беломраморная плита с надписью, посвященной митрополиту Филарету. Целью этих раскопок было выяснить, была ли плита в свое время установлена на данном месте произвольно, просто, чтобы увековечить память приснопамятного святителя, или для этого имелись иные причины.
После удаления мемориальной плиты, плиток пола и слоя песка было обнаружено находящееся в грунте сооружение прямоугольной формы, вытянутое по оси храма (длиной около 1 м, шириной около 0,7 м), сложенное из современного кирпича.
После необходимой фиксации были разобраны кирпичное перекрытие и западная торцовая стенка, за которыми оказался фанерный ящик примерно вдвое больше стандартного посылочного ящика, обитый парчой с нашитым на верхней крышке крестом из галуна. Снова была проведена фиксация, теперь уже местоположения ящика.
После совершения литии ящик вынули с большими предосторожностями, поскольку фанера была очень ветхой и буквально рассыпалась.
Затем была снята крышка, под ней обнаружили черную мантию с малиновыми скрижалями, в которую были завернуты две большие кости ног (от колен до стопы) и деревянная панагия с изображением на лицевой стороне Богоматери «Знамение» и Креста с орудиями страстей — на тыльной. Панагия хорошо сохранилась, утрачено только ушко. Мантия, хоть и ветхая, оказалась по большей части сохранной: уцелели две нижние скрижали, галуны от верхних и довольно большой фрагмент ткани.
Тот факт, что мощи были завернуты в мантию архимандрита, дал основания предположить, что они принадлежат архимандриту Антонию, что впоследствии и подтвердилось (хотя узнать, на каком основании, не удалось).
Во время извлечения ящика и разборки его содержимого высказывались различные предположения относительно времени, способа и обстоятельств появления этого тайника и его содержимого, однако действительно обоснованное объяснение можно было дать только по окончании раскопок ямы с основными мощами.
Когда яма была расчищена до дна и выяснилось, что в ней находились честные мощи, ранее покоившиеся в Филаретовской церкви, стало совершенно очевидно, что при прокладке теплоцентрали в Духовскую церковь на захоронение наткнулись и затронули его верхний слой. Что при этом обнаружили рабочие, в настоящее время с определенностью сказать невозможно. Проводить какие-либо поиски или исследования в то время было невозможно. Тогда, по-видимому, и были вынуты обнаруженные человеческие останки и сооружен тайник в Духовской церкви, куда поместили честные мощи. А о том, что все это было сделано втайне, свидетельствует то, что ни старожилы Лавры, ни старожилы музея ничего не знали ни о находке, ни о каких-либо работах в Духовской церкви.
Удалось установить и время, когда это могло быть сделано, — не позже октября 1957 года, когда состоялась епископская хиротония наместника Лавры, будущего патриарха, архимандрита Пимена (Извекова).
13 октября 1994 года после литии архимандритом Наумом (Байбородиным) и иеромонахом Викентием (Мазуром), ризничим Лавры, был совершен чин омовения мощей.
В Духовскую церковь были приглашены те насельники Лавры и воспитанники Духовных школ, которые имели медицинское образование. Особенно следует отметить монаха Гавриила (Богачихина) и воспитанника Семинарии Сергея Забелича, которые внесли существенный вклад в дело определения и идентификации мощей; ими же впоследствии было составлено описание мощей.
К этому времени из Патриарших покоев в Духовскую церковь были принесены портреты всех трех лиц, похороненных в Филаретовской церкви.
После омовения мощей приступили к их отождествлению с конкретными лицами. Начали с черепов. Череп митрополита Филарета был уже идентифицирован до этого. С Божией помощью удалось правильно определить и другие.
Следующим этапом было отождествление останков. Здесь все оказалось сложнее. Быстрее и легче других были идентифицированы мощи митрополита Филарета, поскольку он, как известно, был маленького роста, и это, естественно, сказалось на размерах костей. Сложнее оказалось определить святые мощи святителя Иннокентия и мощи архимандрита Антония. Нойс этим, слава Богу, справились.
К концу дня эта часть трудов была закончена. Отождествленные мощи клались на тот же расположенный посередине храма на возвышении и покрытый пеленой щит, на который их поместили после внесения в храм и с которого потом сняли для омовения.