Такое же бессилие было проявлено в отношении моральной реформы клириков, канонов и римского двора. Сетования на бродяжничество монахов, невежество, рассеянность, накопительство, симонию, разврат многих клириков привели лишь к благочестивым пожеланиям. "Моральный уровень духовенства упал очень низко, — отмечает Гийом Ле Мэр, — до такой степени, что во многих местах священники считаются мирянами даже более мерзкими и презренными, чем евреи". Это говорит о многом! Были приняты постановления, регламентирующие одежду клириков на службах (Gravi nimirum turbatio), размер, покрой и цвет их облачений (Quoniam), запрещающие им заниматься ремеслами мясника и трактирщика (Diocesanis locorum) и осуждающие доктринальные ошибки, приписываемые нищенствующим орденам (Ad nostrum), которые склонны были считать, что, достигнув определенного уровня духовности, можно позволять себе все. Проблема освобождения от религиозных орденов вызвала оживленные дебаты. Это был застарелый вопрос, который периодически возникал на протяжении всей истории Церкви: епископы не могли терпеть, когда религиозные организации в их епархиях выходили из-под их контроля и позволяли себе бросать вызов властям, защищая отлученных от церкви, допуская тайные браки, узурпируя права и десятину. Гийом ле Мэр, епископ Анжера, и Эгидий Римский, архиепископ Буржа, возглавляли борьбу против этих "независимых", которых энергично защищал Жак де Терен, цистерцианский аббат Шаалиса.
Однако некоторые внутренние проблемы были все же решены, например, разногласия между францисканцами: булла Exivi de paradisio была попыткой примирения между духовным течением, которое, следуя трудам лангедокца Пьера Жана Оливи, умершего в 1298 году в Нарбонне, выступало за абсолютную бедность, и остальными членами ордена. Булла Fidei catholicae, со своей стороны, разрешила вопрос доктрины, который разделял богословов в течение тридцати лет, подтвердив, что рациональная и интеллектуальная душа действительно является "формой", в схоластическом смысле этого слова, тела: "Всякий, кто отныне осмелится утверждать, защищать или упорно утверждать, что рациональная и интеллектуальная душа не является сама по себе и по существу формой тела, должен считаться еретиком".
6 марта 1312 года состоялось торжественное закрытие собора. Король к тому времени уже две недели как уехал. В соборе, после мессы, Папа подвел итоги, суммировал указы и вскользь затронул вопрос, который не поднимался в публичных дебатах: посмертный суд над Бонифацием VIII. Вероятно, именно во время тайных переговоров, которые он вел с королем за кулисами собора, они договорились закрыть этот вопрос. Для проформы Климент V в последний раз зачитал эдикт, приглашая тех, у кого есть показания по этому делу, так или иначе, явиться в апостольский трибунал. Поскольку никто являться не собирался, дело было закрыто. После прочтения Te Deum и Sanctus, благословения и объявления новой индульгенции на тридцать лет, собор закончил свою работу. Все моли разъезжаться по домам.
Анализируя результаты семимесячных обсуждений, можно сказать, что гора родила мышь, очень маленькую мышь, поскольку единственное конкретное решение, которое действительно было применено, было известно еще до открытия: упразднение ордена тамплиеров и передача его имущества госпитальерам. Епископы лишь ратифицировали, правда проявив определенный норов, волю папы и короля. Все остальные решения остались мертвой буквой. Вьеннский собор в конечном итоге был собором Филиппа Красивого: именно он инициировал его, руководил им и добился того, чего хотел. Все, что от него для этого потребовалось, — краткое появление на соборе: он пришел, он увидел, он победил. По мнению историка собора, иезуита Жозефа Леклерка, "Филипп Красивый не созывал Вьеннский собор, как это делали римские христианские императоры в древности. Но все говорит о том, что он, путем ряда маневров, навязал эту идею Клименту V. Даже если ему не удалось таким образом осуществить все свои планы по делу Бонифация VIII и тамплиеров, его личное вмешательство серьезно нарушило свободу дискуссий и решений собора. В этом вопросе Вьеннский собор не являлся преемником предыдущих вселенских соборов. Не будучи отрицаемым теоретически, примат Папы и независимость епископального органа сдерживались намеренными действиями короля Франции".