И все же самые смелые мнения нашли способ свободно выразить себя благодаря практике disputatio (излагать) и quodlibet (все и вся). Эти упражнения являлись настоящими ораторскими поединками, которые оттачивали интеллектуальную ловкость участников, в духе полной свободы, напоминающей акробатику греческих софистов. Диспут был более структурирован: его организовывал преподаватель, который заранее объявлял, что в такой-то и такой-то день в такое-то и такое-то время под его руководством будет обсуждаться такой-то вопрос. Все студенты и бакалавры соответствующего факультета обязаны были присутствовать, но диспут являлся публичным, открытым для всех, и на нем могли присутствовать многие священнослужители и прелаты. После изложения темы преподавателем, бакалавры, затем студенты представляют свои возражения; в disputatio in studio sollempni (официальном обсуждении) каждый мог попросить слова, и обмен мнениями иногда бывал очень оживленным. Устав 1339 года гласил, что для того, чтобы положить конец невежливости и агрессивности, необходимо попросить слова, прежде чем высказаться, и что те, кто отказывается покинуть зал по требованию председателя, будут наказаны. В конце преподаватель собирал все аргументы и подводил итог, это и было определением, которое, по сути, являлось изложением доктрины, защищаемой преподавателем. Конечно, это была очень ортодоксальная доктрина, но во время дебатов можно было услышать мнения, которые были гораздо менее ортодоксальными.
Свободный диспут по каким-угодно вопросам заходил еще дальше. Это было похоже на интеллектуальный поединок, эквивалент рыцарского: дважды в год преподаватель мог объявить, что в такой-то и такой-то день в таком-то и таком-то месте он будет разбирать проблему, "поставленную любым человеком по любому вопросу" (de quodlibet ad voluntatem cujuslibet). Это было опасным занятием, которое мсье Глорье в своей работе La Littérature quodlibétique (Литература свободного диспута) описывает следующим образом: "В свободном диспуте каждый может поднять любую проблему. И в этом заключается большая опасность для преподавателя, который его ведет. Вопросы и возражения могут поступать со всех сторон, враждебные, любопытные или злобные — неважно. Его могут спрашивать из лучших побуждений, чтобы узнать его мнение; но его могут попытаться заставить противоречить самому себе или вынудить высказать свое мнение на скользкие темы, которые он предпочел бы не обсуждать. Иногда это будет любопытный незнакомец или беспокойный ум; иногда это будет ревнивый соперник или коллега, который попытается поставить его в неловкое положение. Иногда проблемы будут ясными и интересными, иногда вопросы будут неоднозначными, и преподавателю будет трудно уловить их точный объем и истинный смысл. Некоторые откровенно ограничатся чисто интеллектуальной сферой; другие будут преследовать в основном политические или порочащие скрытые мотивы… Поэтому от человека, желающего вести свободный диспут, требуется необычное присутствие духа и почти универсальная компетентность". Именно так можно было обсуждать такие смелые вопросы, как существование Бога, вечность мира, бессмертие души или девственность Девы Марии, отголоски которых можно найти в высказываниях, приписываемых Бонифацию VIII. Диалектическая ловкость преподавателя должна была позволять ему рассматривать все вопросы в ортодоксальной манере, но несомненно, что эти дебаты стимулировали критическое мышление и бросали вызов официальным доктринам.
И именно это произошло во времена Филиппа Красивого, когда теологические и научные основы прекрасного XIII века были сильно подорваны. Университет в то время переживал большой и плодотворный интеллектуальный подъем, и мы не можем согласиться с негативным суждением Жана Фавье, по словам которого: "Университет во времена Филиппа Красивого едва ли готовил что-то кроме посредственных теологов и плохих логиков". Интеллектуальный прогресс требует критики, вопросов и методичного сомнения, и именно это происходило в Университете в период с 1280 по 1315 год.