Ведь арагонский конфликт затягивался. Перемирие, заключенное в июле 1286 года, не соблюдалось. Арагонские отряды Роджера де Лориа опустошали побережье Лангедока, и все еще ожидалось избрание нового Папы, согласие которого было необходимо для реализации мирного договора, подготовленного по инициативе Эдуарда I. 22 февраля 1288 года конклав наконец достиг соглашения: кардинал-епископ Палестрины Джироламо Марси д'Арколи стал Папой Николаем IV. Он был францисканцем и генералом своего ордена. Скромный и миролюбивый, он был не в состоянии контролировать соперничество между знатными римскими семьями, а возмутительно благоволя к семье Колонна, он только усугубил ситуацию. Более того, следуя по стопам своего предшественника, он поддержал Анжуйский дом в сицилийском конфликте и продолжал непримиримо враждовать с Альфонсо Арагонским. 15 марта 1288 года он отверг проект договора подготовленного в Олорон-Сент-Мари, обязал Альфонсо немедленно освободить Карла Хромого и приказал Хайме и сицилийцам подчиниться его власти.
Все нужно было начинать сначала. В течение лета происходили интенсивные дипломатические переговоры, в которых Филипп участвовал очень мало и скорее как простой зритель. Главную роль всегда играл Эдуард I, всегда движимый яростным желанием примирить анжуйцев и арагонцев в интересах своей семьи и с целью, возможно, возглавить будущий крестовый поход. В конце сентября он встретился с Альфонсо в Арагоне, в Канфранке (Кампо Франко), и 4 октября был подписан договор, предусматривающий освобождение Карла Хромого в обмен на выплату 30.000 марок и предоставление в качестве гарантии 76 английских и гасконских заложников, включая таких высокопоставленных лиц, как Гастон де Беарн, Отто де Грансон, Жан де Веси и Уильям Латимер. В обмен Карл Хромой обязался отказаться от Сицилии, получить от Франции и Папы Римского отказ от любого предприятия против Альфонсо и Хайме и оставить трех своих младших сыновей в качестве заложников.
Только что освобожденный, Карл Хромой отправился во Францию, где встретился с Филиппом, который одобрил договор, а затем вернулся в Италию, чтобы занять Неаполитанское королевство и обсудить ситуацию с Николаем IV. Последний, однако, вовсе не желал признавать условия Канфранкского договора. Он встретил Карла Хромого в Риеци, где находился из-за возникших проблем в Риме. Там, 29 марта 1289 года, он короновал его королем Неаполя и Сицилии в нарушение Канфранкского договора: Карл Хромой, ставший Карлом II Сицилийским, был освобожден от всех обязательств, связанных с этим договором, и признал себя вассалом Святого Престола, которому он выплачивал ежегодный налог в размере 8.000 унций золота. Папа подтвердил отлучение от церкви Альфонсо и его брата Хайме и предоставил Филиппу IV Французскому новые децимы для возобновления крестового похода против Арагона и утверждения Карла Валуа в качестве его короля. Ситуация вновь зашла в тупик благодаря упрямству Папы в пользу анжуйцев.
1288: Первые стычки между Филиппом IV и Папой Римским
До этого момента Филипп IV играл лишь весьма второстепенную роль в решении арагонского вопроса, что отчасти можно объяснить его молодостью и неопытностью. Король Англии и Папа Римский выступали с мирными инициативами, но в противоположных направлениях, что делало их неэффективными. Однако король Франции быстро учился и проявил ясность, благоразумие, а значит, и реализм. У него не было желания возобновлять войну с Арагоном, но он высоко ценил доходы от сбора децима, которые предназначались для финансирования этой войны. Отсюда его колеблющаяся политика, можно даже сказать, нерешительная, избегающая слишком сильной приверженности к той или другой стороне. С одной стороны, он должен был избежать усиления позиций своего грозного вассала, короля Англии, чье пребывание в Аквитании затянулось настолько, что стало подозрительным, а с другой стороны, он не хотел раболепствовать перед Папой, от которого начал отдаляться. Уже в 1286 году, в самом начале правления, возникли первые трения по поводу соответствующей юрисдикции королевской власти и церкви в королевстве. В поздравительных письмах по случаю избрания Гонория IV король жаловался на некоторые злоупотребления: как то, необоснованные посвящения в сан, полученные некоторыми клириками, чтобы освободиться от церковных судов и избежать кровавых наказаний; существование женатых клириков, претендующих на церковные привилегии и церковные суды, которые имели тенденцию рассматривать дела, не требуя доказательств церковного статуса обвиняемого. В 1287 году королевская власть заявила о своих правах в нескольких епархиях: епископ Вивье, который с XII века пользовался неопределенностью своего статуса между Империей и королевством Франция, был вынужден присягнуть королю, и область Виваре перешла под королевский контроль. В епархии Альби король занял место графа Тулузы и епископа в сборе местного налога, причитающегося с владельцем скота, — пезаде, который стал реальным, личным и постоянным налогом. Конечно, это были незначительные вопросы, но тон был задан: новый король намеревался быть хозяином в своем доме и не хотел терпеть посягательств церковной юрисдикции. Семена потенциальной конфронтации с Папой Римским были посеяны. Все зависело от того, кто займет престол Святого Петра.