Филипп покинул Байонну 9 или 10 апреля. 23-го числа он был в Ниоре, а затем вернулся в Иль-де-Франс. Во время его поездки на юго-запад во Францию прибыли два папских легата для изучения арагонского вопроса и вопроса о королевской юрисдикции над церковными землями. Двумя легатами были кардинал Жерар Пармский (Джерардо Бьянки) и Бенедетто Каэтани, шестидесятилетний старик с огненным темпераментом, который был не кем иным, как будущим Папой и врагом Филиппа IV, Бонифацием VIII. В предыдущем году эти два прелата уже предпринимали тщетные попытки примирения с Хайме, королем Сицилии, который осаждал Карла II Хромого в Гаэте. На этот раз им были предоставлены очень широкие полномочия, зафиксированные примерно в сорока письмах, которые позволяли им созывать всех прелатов и капитулы королевства Франции. По пути они остановились в Лионе, чтобы 30 июня разрешить спор между архиепископом и канониками. В июле они провели переговоры в Париже с королем и его советниками. Таким образом, Филипп имел возможность несколько раз встретиться со своим будущим противником, чьи грозные ораторские и юридические способности он смог оценить.
Однако соглашение, необходимое обеим сторонам, было достигнуто довольно быстро и официально заключено в Санлисе 19 августа. Планировались совместные действия по отвоеванию Сицилии для Карла II Хромого. Что касается Арагона, то Папа через своих легатов обязался "продолжать это дело" до тех пор, пока брат Филиппа Карл Валуа не одержит победу. Однако Святой Престол вмешался, чтобы дипломатическим путем добиться подчинения Альфонсо III. Поскольку эти операции требовали денег, Филипп добился полного сбора децима на три года, решение о котором уже было принято в 1289 году, и еще одного децима на два года, если дело затянется, при условии, что он выплатит Папе 200.000 ливров. Таким образом, король обеспечил себе комфортные налоговые поступления до 1293 года за счет французского духовенства.
Другой аспект переговоров касался конфликтов юрисдикции, и дискуссии между юристами Филиппа и легатами оказались очень бурными. Последние, в соответствии с полномочиями, предоставленными им Папой, в ноябре созвали собор прелатов королевства в Париже. Собор проходил с 11 по 29 число в аббатстве Сент-Женевьев. В результате был составлен список просьб, представленный Филиппу IV, который согласился зафиксировать его в ордонансе в конце года. На первый взгляд, он пошел на уступки и отступил по нескольким пунктам: возвращение имущества, изъятого у епископа Пуатье, отмена королевского представительства в Лионе, признание определенного количества судебных привилегий для церковников, которые ставили их вне общего права. Однако в действительности король ни от чего не отказался: мирская юстиция прелатов оставалась подсудной королевскому суду; постриженные клирики, зарабатывающие на жизнь торговлей или ремеслом, облагались королевским налогом, а уступки, сделанные церковникам, были окружены таким количеством оговорок, что в случае необходимости всегда можно было найти способ их обойти. Юристы будут рады найти лазейки. Королевская юрисдикция признается для обычных дел прелатов, а также в вопросах завещания, для реальных исков и прошений о наследовании, и в вопросах приданого, если спор затрагивает феодальный вопрос. Взамен король обязался уважать церковное достояние и не захватывать имущество епископов, за исключением определенных случаев и при определенных условиях. В целом, король получил удовлетворение.
Строптивый легат: Бенедетто Каэтани
Собор в аббатстве Сент-Женевьев также дал возможность легатам разрешить внутренний конфликт в Церкви Франции. Филипп IV не был участником этого дела, но нам кажется полезным сообщить о нем, потому что это была возможность для кардинала Каэтани показать себя во всей красе. Если в переговорах с участием короля он должен был проявлять сдержанность и сдерживать жестокость своего нрава, то в общении с простыми епископами или докторами университета он мог дать волю своему нраву. Его выступление 29 ноября было настолько жестоким и оскорбительным, что Филипп, безусловно, услышал о нем, что дало ему первоначальное представление о характере этого прелата. Причиной вспышки стало старое соперничество между монашеским и обычным духовенством. Булла Мартина IV дала нищенствующим орденам право исповедовать и проповедовать в приходах. Эта конкуренция беспокоила приходское духовенство, которое боялось, что души и особенно пожертвования ускользают от них. Вопрос был вынесен на рассмотрение собора в Сент-Женевьев, где 29 ноября, в присутствии членов Парижского университета и духовенства, епископ Амьенский, защитник обычного духовенства, бросил вызов легату Бенедетто Каэтани: "Сир Бенедетто, почему бы вам не положить конец нашим жалобам, отменив привилегию монахов, так как вы уполномочены Апостольским престолом?"