Тем не менее с большей или меньшей степенью уверенности можно утверждать, что Бодхидхарма наставлял новым для Китая методам созерцания и проповедовал учение «Ланкаватара сутры», текста, сочетавшего философию йогачары с теорией Татхагатагарбхи. На первом этапе своего существования Чань даже называли «школой Ланкаватары».
О ранней истории школы Чань известно немногое. На рубеже VII–VIII веков она пережила раскол на Северную и Южную школы. В основе раскола лежала дискуссия о мгновенном, внезапном (дунь), или постепенном (цзянь) характере пробуждения. Южная школа во главе с учеником шестого патриарха Хуэй-нэна (ум. в 713) Хэцзэ Шэнь-хуэем утверждала, что пробуждение, будучи самой природой сознания, не может быть ничем обусловлено и должно озарить «мирское», обыденное, профаническое сознание последователя Чань подобно вспышке молнии. Северная школа во главе с учеником пятого патриарха Хун-жэня по имени Шэнь-сю, напротив, настаивала на постепенном характере пробуждения, подобном постепенному исчезновению мрака во время рассвета. Существовало и множество переходных смешанных концепций, например теория Цзун-ми о «мгновенном пробуждении и постепенном совершенствовании» (дунь у цзянь сю): солнце восходит внезапно (пробуждение мгновенно), но разгоняет туман и иссушает росу постепенно (совершенствование, приводящее к исчезновению аффектов, заблуждений и их последствий постепенно).
К середине IX века, а возможно, и еще раньше Северная школа, заклейменная последователями Шэнь-хуэя как «оппортунистическая», прекратила свое существование. Южная школа разделилась между тем на пять направлений («домов» – цзя) классического Чань, два из которых существуют и сейчас, определяя лицо современного Чань. Это «дом» Линьцзи (яп. Риндзай), созданный монахом Линьцзи И-сюанем (811?–866), и «дом» Цаодун (яп. Сото), восходящий к двум наставникам того же времени – Цаошань Бэнь-цзи и Дуншань Лян-цзе. Три других «дома» – Гуйян, Юньмэнь и Фаянь – исчезли после XII–XIII веков (направление Гуйян было весьма влиятельно во Вьетнаме в XI–XIII веках). Огромная роль в формировании классического Чань принадлежит монаху VIII века Ма-цзу Дао-и, провозгласившему принцип: «Ум обычного человека и есть ум Дао, речь обычного человека и есть слово Будды».
До середины IX века школа Чань была менее влиятельной, чем Тяньтай или Хуаянь, однако ей удалось без значительных потерь пережить антибуддийские гонения императора У-цзуна (845), вдохновленные его фаворитами-даосами, от которых монарх надеялся получить эликсир бессмертия (во время этих гонений проводились массовые конфискации монастырской собственности и массовое насильственное возвращение монахов к мирской жизни). Гонения «годов Хуэй-чан» привели к кризису и началу упадка таких влиятельных прежде школ, как Тяньтай и Хуаянь. Однако школа Чань почти не понесла ущерба: у чаньских монахов в то время даже почти не было монастырей и они обычно жили в монастырях школы Винаи; кроме того, они занимались производительным трудом (выращивание чая и т. п.), что освобождало чаньских монахов от обвинений в «тунеядстве». В результате в X–XI веках Чань превращается в одну из ведущих школ, создает большие монастыри и духовную иерархию, что дисгармонировало с первоначальным антиавторитарным и антибюрократическим духом раннего Чань. В XI–XII веках процесс институциализации Чань завершается.
Основными принципами школы Чань являются следующие положения: «Смотри в свою природу и станешь Буддой» и «Пробуждение передается особым образом от сердца к сердцу без опоры на письменные знаки».
Первое из этих положений означало, что поскольку каждое живое существо наделено природой Будды, более того, является Буддой, но не знает об этом (ср. высказывание японского наставника школы Сото – Дзэн Догэна: «Если правильным оком посмотреть на жабу и червяка, то окажется, что даже они наделены тридцатью двумя признаками Будды»), то любой человек может усмотреть, непосредственно узреть эту природу в качестве своей собственной сути, своего истинного «я», осознать себя как «пребывающего в мешке из плоти внутреннего человека без ранга» (слова Линьцзи). И для этого вовсе не нужно ни изучать многочисленные и сложные философские тексты, ни в течение многих жизней постепенно восходить по ступеням пути бодхисаттвы. Обретение состояния Будды в этой жизни («в одном теле») – вот цель Чань, роднящая ее с тантрой и тибетским Дзог-чэн.