Столь же важную роль в процессе развития познания, подготавливавшем формирование зрелой науки, играет математика. Фундаментальная роль математического познания в процессе становления классической науки состоит, прежде всего, в том, что исторически математика послужила важнейшим средством придания научному методу, всей его процедуре необходимой строгости и точности. Ведь математический подход, сосредотачиваясь на количественных, формальных, структурных зависимостях, отношениях, в определенном смысле упрощает и, соответственно, делает более эффективным исследование и доказательство. Кроме того, применение математического аппарата дает возможность получать точные, легко проверяемые результаты. А точность, проверяемость и общезначимость являются отличительной чертой научного метода. Именно в процессе развития математики приобретается опыт строгого исследования и доказательства, который и становится впоследствии необходимой характеристикой метода классической науки.
Необходимо подчеркнуть особую роль философии в процессе генезиса классической науки. Во-первых, известно, что к началу XVII столетия все знание о действительности и все проблемы относительно нее были систематизированы в философии. Поэтому становящаяся наука Нового времени в процессе своего формирования опирается на совокупность знания, содержащегося в натурфилософских системах. Причем большое значение для этого формирования имел набор проблем, поставленных в натурфилософии еще в античности и переданных через средние века в Новое время. Среди них наряду с чисто философскими находились собственно естественнонаучные, большей частью частные проблемы (механики, оптики), которые пытались решить еще ученые древности, а также естественнонаучные проблемы, поставленные и решенные в рамках натурфилософии. Во-вторых, без философского, теоретического обоснования вообще был бы невозможен тот грандиозный переворот в мировоззрении, который произошел в XVII столетии. Именно в острой борьбе философских концепций была окончательно разрушена средневековая спекулятивно-схоластическая методология и утверждена новая картина мира. В свою очередь, без коренной ломки, перестройки фундаментальных философских оснований было бы невозможным создание нового метода, а значит, новой системы познания действительности. Надо иметь в виду сложность и противоречивость этого процесса. Не всем даже крупным мыслителям удалось сразу и безоговорочно встать на новые философско-методологические позиции.
Пережитки старого мировоззрения можно обнаружить, например, у Декарта, исходившего, по сути, из натурфилософской установки - стремления найти умозрительно основополагающие принципы, из которых чисто дедуктивно вывести все знание, и критиковавшего поэтому Галилея за то, что последний не ставил своей целью отыскание первых начал и поэтому, по мнению Декарта, "строил без фундамента". И только с утверждением новой философской методологии окончательно оформился метод классической науки. Нарождающаяся классическая наука опровергает спекулятивно-теологический способ теоретизирования, опирающийся на традиционные философские построения. Важный вклад в выполнение этой задачи вносит Галилей, который, сохраняя некоторые философские положения античности, решительно перестраивает традиционный подход к познанию, сам метод исследования. Так, Галилей стремится разграничить компетенцию веры и научного познания, т.е. хочет отстоять независимость от веры и правомерность самостоятельного исследования природы наукой. Природа сотворена Богом, который создал законы движения природных процессов; эти законы вполне могут быть познаны с помощью человеческого разума, и не дело религии вмешиваться в процесс научного познания. Поэтому тот, кто хочет найти истину, должен искать ее, задавая вопросы природе, а не сличая тексты священного писания.