На основании такого подхода делается вывод: наука-де выводит физические явления из бесконечно малых атомов и молекул, из чувственно не воспринимаемого эфира, а также получает возможность формулировать законы природы и тем самым создавать научные теории. Неокантианцы отмечают, что чувственно-вещественное качество становится физическим предметом, когда оно превращается в некоторое, имеющее форму ряда, образование. Из суммы свойств "вещь" становится теперь математической совокупностью значений. Сама материя становится идеей по мере того, как ее содержание все отчетливее сводится к идеальным концепциям, созданным и испытанным математикой. Аналогично в математике осуществляется логическое конструирование предметов, для которых не следует находить эмпирических чувственно воспринимаемых коррелятов; математическое познание создает такие предметы в соответствии с логическими законами мышления. Это образует основу для объяснения эмпирического вещного мира математизированными естественными науками.
Если Марбургская школа неокантианства занималась, прежде всего, логическим обоснованием математики и точных математизированных естественных наук, если для нее научное познание есть последовательное развитие проблем, имеющих логическую природу, то Баденская школа главное внимание уделяла проблемам культуры, методологии исторических наук; неокантианцы Баденской школы являются основоположниками философской теории ценностей. Предметом философии как нормативного учения, согласно Баденской школе, являются ценности. Если частные науки изучают данное, бытие, то философия исследует не то, что есть, а то, что должно быть, т.е. должное, ценности, идеалы. Причем философия рассматривает оценки, утверждающие ценности как норму, должное в абсолютном смысле, и потому ценности не зависят от субъекта, человека, бытия; они не могут быть субъективными, хотя и переживаются, осознаются субъектом, их статус определяется ими самими и не нуждается в каком-либо внешнем определении, наоборот, все остальное, фактическое находит свое основание в них. Соответственно, всякое эмпирическое субъективное сознание также находит свое оправдание в совокупности абсолютных норм и ценностей.
Таким образом, мир состоит из существующей действительности и ценностей, царства трансцендентного смысла. Баденцы утверждали, что наряду с понятием бытия, кроме "нечто" в качестве второго обширного понятия существующего стоит понятие ценности. Ценности нельзя отнести ни к области объектов, ни к области субъектов; они находятся по ту сторону субъекта и объекта, образуя самостоятельное царство, трансцендентное по отношению к бытию. Трансцендентная природа ценностей находит свое выражение также в противостоянии данного царства сфере бытия; это противопоставление действительности и ценности проявляется в противоположности сущего и должного. Если бытие реально существует в виде эмпирических объектов, то ценности как нормы абсолютного долженствования, не существуя в эмпирической форме, имеют значение и придают значение данности, фактам, а также человеческим поступкам, в которых в силу этого проявляется индивидуальная свобода личности. Отсюда важнейшей проблемой философии, по Риккерту, является проблема противоречия между царством бытия и царством ценностей, решить которую не может не только философия, но даже религия. Смысл и бытие, ценность и действительность, трансцендентное и имманентное логически исключают друг друга. Единство обоих царств является фактом, но оно "остается вечной загадкой, чудом, которое выше всякого разумения".
Итак, ценности с точки зрения неокантианцев Баденской школы образуют принцип, основание бытия, познания, человеческой деятельности в целом; царство трансцендентного смысла, долженствования обращено своими императивами и к бытию, и к человеческому познанию. Главным предметом философского исследования являются ценности, утверждают представители Баденской школы. Предметами же специальных наук являются те или иные проблемы бытия, касающиеся только частей действительности. В этом состоит принципиальное различие философии и науки; философия направлена на познание мира как целого, в единстве сущего и должного, а специальные науки имеют в качестве познавательной задачи исследование частей бытия, получающее свое основание в сфере должного. Баденская школа, как и Марбургская, обосновывает невозможность кантовской "вещи в себе", а также утверждает принцип конструирования объектов силой познания так, что объекты, на которые направлен познавательный процесс, есть не что иное, как содержание сознания, результат его творческой деятельности; по словам Риккерта, бытие всякой действительности должно рассматриваться как бытие в сознании.