Статус философии и науки, а также их отношения существенно меняются в Новое время - в связи с формированием науки в классическом смысле этого слова, с возникновением такого неизвестного античности и средневековью метода научного познания, как эксперимент. Для классической науки характерно обязательное сочетание опытных, экспериментальных и теоретических способов исследования. В научной практике того времени утверждается следующее важнейшее требование к истинному исследованию: обязательность проверки теоретических положений с помощью эксперимента и применения математических средств, а также средств измерения, которые обеспечивают точность и строгость научного доказательства и исследования. Эффективность модернизированного научного познания была подтверждена выдающимися результатами, полученными Галилеем, Ньютоном, Герике, Гюйгенсом, Бойлем и др. Наука впервые образовала собственную систему познания, утверждая тем самым свою самостоятельность по отношению к теологии и философии, и это произошло благодаря не только развитию точного измерения, эксперимента, но и созданию подтвержденных фактами собственных теорий, прежде всего ньютоновской теоретической механики.
С этого момента начинается интенсивный процесс дифференциации наук, процесс освобождения специальных наук из-под "теоретической власти" философии. Этот процесс протекал в форме борьбы не только против пережитков теологизированной средневековой схоластики, но и против чисто умозрительного, спекулятивного способа философского познания. Такого рода конфронтация между философией и наукой, утверждение теоретической самостоятельности последней продолжалось в XVIII, XIX столетиях. Еще в XIX веке спекулятивные натурфилософские системы, например, Гегеля и Шеллинга занимали довольно прочные позиции; да и в XX веке продолжались попытки, например, А. Уайтхеда и неотомистов создавать умозрительные философские концепции.
И в последующем взаимодействие философии и науки остается напряженным, динамичным, но плодотворным. В настоящее время инициатива, первенство во все большей степени переходит к науке.
Наука убедительно доказывает свою познавательную мощь; результаты научно-технического прогресса оказывают прямое воздействие на развитие национальных государств, которые в конкурентной борьбе вынуждены большую долю национального бюджета тратить на науку, создание новой техники и технологий. В этих условиях философия обязана постоянно сверять свое развитие с наукой, формировать философские концепции с "оглядкой" на научные теории, философские методы соотносить с научными, философские проблемы и результаты соединять с проблемами и результатами науки и т.д. При этом взаимодействие философии и науки практически осуществляется между двумя полюсами. На одном полюсе не прекращаются попытки либо подчинить науку (наряду с признанием определенного ее статуса) философии или философии и теологии, как это свойственно, например, религиозной философии, либо развенчать науку, обосновать более высокий статус философии по отношению к науке и, соответственно, доказать недостаточность науки, как это делает антисциентизм. На противоположном полюсе находит свое выражение сциентистская тенденция возвеличивания, абсолютизации науки и ликвидации философии как фактора, мешающего научному развитию, либо проявляется стремление к реорганизации философии, к превращению последней в одну из специальных наук и тем самым слиянию философии и науки. В то же время существуют промежуточные формы взаимодействия науки и философии; можно отметить также усиливающуюся тенденцию к равноправному партнерству философии и науки, к признанию важности и необходимости как науки, так и философии в качестве важнейших элементов общества и культуры. Ясно при этом, что такие "взвешенные" отношения возможны между наукой и теми философскими системами, которые ориентированы на науку, на рациональный подход к действительности. Партнерские, уважительные отношения науки с антисциентистской философией вряд ли возможны, равно как трудно совместить сциентизм, который пренебрегает гуманитарным аспектом общественной жизни, с философией, преувеличивающей значение ненаучных элементов культуры: искусства, религии, морали и т.д.