В период европейского научного Возрождения вместе со вторым историческим "отделением" знания от нефилософского мировоззрения (от религии) понятие философии получает значение тотального объединителя научного знания. Она - не просто представитель научного знания или какая-то его часть, а все (или почти все) это знание.
Творец "Великого Восстановления Наук" Ф.Бэкон (1561 - 1626) делит все науки на три больших раздела в зависимости от свойств человеческой "души": памяти соответствует наука история, разуму - философская наука, воображению - поэзия. Философия делится у него на естественную теологию, естественную философию и учение о человеке. Естественная философия включает в себя физику и метафизику, философия человека - науки, изучающие тело и дух (в равной мере логика, медицина, косметика). Другой родоначальник философии развивающегося капитализма Р.Декарт (1596 - 1650) писал: "Вся философия подобна как бы дереву, корни которого - метафизика, ствол физика, а ветви, исходящие из этого ствола, - все прочие науки, сводящиеся к трем главным: медицине, механике и этике" (Избранные произв. М., 1950. С. 421). И у Ф.Бэкона и у Р.Декарта понятие "философии", таким образом, охватывало все теоретическое и эмпирическое знание, в первую очередь естественные теоретические науки.
В соответствии с этим в XVII - XVIII вв. и даже в начале XIX в. философией называли теоретическую механику, биологию и другие науки. Сочинение И. Ньютона по механике озаглавлено "Математические начала натуральной философии" (1687), книга К.Линнея по основам ботаники "Философия ботаники" (1751), сочинение Ж. Б. Ламарка по биологии "Философия зоологии" (1809), один из капитальных трудов П. С. Лапласа назывался "Опыт философии теории вероятностей" (1814).
"Староантичное", наиболее распространенное в науке того времени и в обыденном сознании, понимание философии представляло в сущности вовсе не философию в близком к нам значении. Это исторически первое понятие философии было тождественно научному знанию вообще, его целесообразно квалифицировать как "протознание" ("прана-ука", "преднаука"). Предмет "протознания" был тогда интегрированным (вернее - нерасчлененным или слабо расчлененным) предметом всех наук, т.е. это была вся действительность. Именно из этого "протознания" (а не из философии) и выделялись отдельные науки.
Наука в целом как социальный институт, общепризнанный фактор культуры сформировалась в период с середины XV в. до конца XVTI в. Вторая половина XVII в. была завершающей фазой этого процесса. Обрели самостоятельность механика, астрономия и математика, хотя первые намеки на возможность их отпочкования обнаружились еще в послеклассический (эллинистический) период древности. Процесс превращения химии в науку происходил с начала второй половины XVII в. до последней четверти XVIII в. Отделение геологии произошло в конце XVIII - начале XIX в.; наука биология была создана в XIX в. В самостоятельную науку с середины XIX в. стала превращаться антропология. Формирование общественно-экономических наук завершается во второй половине XIX в. В XX в. стали также самостоятельными некоторые дисциплины, связанные с изучением мышления (например, психология). Таким образом, сначала отделялись от "протознания" естественные науки, затем общественные, наконец, науки о мышлении. Возникновение некоторых гуманитарных наук раньше естественных и некоторых естественных после общественных наук говорит о сложности данного процесса, но не меняет его общей тенденции.
В исторически первых философских школах формировалось первоначальное стихийное представление о специфическом предмете философского знания, о законах объективных отношений. Таковым было, например, гераклитовское представление о противоречии как источнике (законе) всякого движения. Это и ему подобные положения созревали в недрах "протознания". Объект философии начинал очерчиваться и изучаться на уровне "живого созерцания". Философия в своей первоначальной, античной форме сделала первый шаг к своему предметному самоопределению.
Его дальнейшее осознание было связано с отмежеванием общего (всеобщего) знания от частного, локального в пределах совокупного научного знания - "протознания". И в той мере, в какой прикладное знание входило в состав "протознания", под "частным" знанием подразумевалась кроме естественнонаучного знания также и информация прикладного характера. Само "общее" понималось как "теоретическое", а "частное" - как "эмпирическое". В течение многих веков понятие "теоретическое знание" отождествлялось с понятием "философское знание". Вследствие нерасчлененности теоретического на философско-теоретическое и частнотеоретическое сама философия в тот период выступала натурфилософией. Частные естественные науки в течение длительного времени не имели в своей структуре теоретического уровня знания. "Теоретическое", "умозрительное" относилось к философии как учению об общем. Становление теоретического естествознания проходило поэтому стадию "философского" осмысления. Понимание философии как учения о всеобщем (теоретическом) встречается уже у Аристотеля. Всеобщие характеристики бытия, всеобщая связь должны быть выделены, по Аристотелю, внутри "философии" ("протознания") в особую дисциплину, которую он назвал "первой философией". У Аристотеля, как видим, два значения термина "философия". Если первое ("протознание") противопоставлялось мифологии, было направлено на отграничение знания от мифологии, религии, то второе преследовало цель отграничения от "частного" (от прикладных и эмпирических наук).
Тем самым было обозначено появление в истории науки проблемы "философия и наука". Оно выразилось тогда в установлении определенной субординации между "первой философией" и частными науками. Наука о первых началах, указывал Аристотель - "это безраздельно господствующая и руководящая наука, наука, которой все другие, как рабыни, не вправе сказать и слова против" (Аристотель. "Метафизика". М. - Л., 1934. С. 45). В этом положении сформулирована задача философии как "науки наук", противостоящей всем другим наукам.