Историк науки и философ Б. М. Кедров отмечал следующие изменения, происшедшие в естествознании XX столетия. Исторически в самом естествознании долгое время существовало более или менее полное обособление его отдельных отраслей между собой. Это стало возможным в силу длительного господства аналитического метода. По этой причине между предметом изучения и методом исследования, присущим определенной науке, сложилось и прочно удерживалось строго однозначное соотношение: один предмет - один метод. Однако, начиная с середины прошлого столетия, это соотношение стало нарушаться и коренным образом изменилось в XX в.: строгая однозначность сменилась многозначностью отношений, когда один и тот же предмет изучается с разных сторон сразу несколькими методами или один и тот же метод применяется к исследованию разных предметов. Преобладающим стало соотношение: один предмет - несколько методов, несколько разных предметов один метод. Прогресс познания привел к устранению резких граней между науками, что выразилось, например, в возникновении пограничных наук, в "предметно-методологическом" вхождении одной науки в другие (физики и химии - в биологию, химии - в физику и т.п.). Возникли астрофизика, геохимия, биофизика, экспериментальная морфология, эволюционная генетика, экология и другие дисциплины, внешне будто нарушавшие положение о соответствии метода своему предмету. Но это было мнимым нарушением, так как сама возможность выхода метода за традиционные рамки своего предметного применения (например, методов физики и химии в отношении объектов биологического познания) обусловливалась предметной общностью этих наук. Вследствие обнаружения общих уровней структурной организации между традиционно разными объектами стало возможно применение уже испытанных в смежных областях науки методов познания. Здесь они также доказывали свою научную эффективность. Положение о соответствии метода своему предмету, таким образом, не отменяется, но реализуется применительно к прогрессирующему процессу детализации представлений о предмете, к его различным сторонам и уровням структурной организации, многосложным связям с предметами других наук.
Потребность в координации частных методов возникает на фоне значительно усложнившихся соотношений предмета и метода в силу, прежде всего, необходимости иметь противовес негативным факторам, связанным с углубляющейся специализацией ученых. Такая специализация ведет к тому, что происходит разделение между учеными по методам и методикам работы; отдельные исследователи оказываются неизбежно ограниченными в реализации методологических возможностей науки. В результате возникает опасность забвения познавательной силы ряда методов, преувеличения одних и недооценки других.
Противопоставление методов имело место в недавнем прошлом в биологии, когда отдельные агробиологи, всемерно подчеркивая специфичность историко-биологического метода, считали его едва ли не единственным, способным доставлять достоверную информацию о специфике биологического объекта; при этом игнорировалось значение методов физики, химии, математики, моделирования в раскрытии сущности процессов жизни. Специалисты-философы отмечают, что наряду с этим есть другая крайность абсолютизация познавательных возможностей физических и химических методов, особенно в связи с переходом биологии на молекулярный уровень, где действительно трудно уловить отличие живого от неживого. Молекулярная биология широко использует методы органической химии, молекулярной физики, физической химии полимерных соединений, рентгеноструктурного анализа, кибернетики и т.п. Столь широкое объединение многих небиологических и биологических научных дисциплин и их методов на одном участке общего фронта биологического познания оказалось необычайно эффективным; однако здесь отчетливо вырисовываются не только новые возможности научного познания, но и реальная опасность механистического переупрошения биологических проблем, утраты качественной специфики жизни в исследованиях на этом структурном уровне; иначе говоря, перед современным биологическим исследованием, может быть, с большей, чем когда-либо ранее, силой встает вопрос о пределах "сводимости" живых систем и, следовательно, эффективности новых, развивающихся методов. Опасность "механистического переупрощения" подстерегает не только в области молекулярной биологии, генетики, эволюционной теории, но и в других областях.
Стоит также проблема исторической, генетической взаимосвязи "старых" и "новых" методов, соответствия "классики" и "современности", разработки принципа соответствия в отношении методов частно-научного исследования. Необходимо исследовать, в какой мере этот принцип применим к данному случаю, в какой конкретной форме он проявляется в естествознании в целом и по отдельным широким отраслям знания. Эта задача может стать одной из главных проблем, разрабатываемых всеобщей и отраслевой методологиями. Свой вклад в ее решение должна внести и философская методология.
В структурно-логическом плане координация (и субординация) методов научного познания также базируется на философских принципах. Среди них важнейшее место занимают принцип взаимной дополнительности и принцип доминирования. Первый из них представляет собой модификацию философского принципа всеобщей связи и всесторонности рассмотрения, второй конкретности истины.
Любой метод науки имеет свои теоретико-познавательные и логические возможности, за пределами которых его эффективность снижается или элиминируется вовсе. Вследствие этого для изучения сколько-нибудь сложных объектов требуются комплексы методов, способные компенсировать неполноту познавательных возможностей отдельных методов. Взаимная дополнительность становится, таким образом, главным условием, позволяющим избежать односторонности при выборе методов и их оперировании. Такого рода комплексирование неизбежно не только на уровне отдельной научной дисциплины, но и при решении многих проблем внутри той или иной области познания. При этом получение одинаковой информации из разных источников, т.е. в ходе применения разных методов, не всегда будет расцениваться как ненужное дублирование, ставящее под сомнение целесообразность использования методов-дублеров. Сказанное не означает также, что исследователь должен стремиться к привлечению максимального количества методов независимо от эффективности уже имеющихся в науке. В этом случае может сложиться методологический релятивизм. В определенных ситуациях бывает достаточно одного метода. И не всякий старый метод, каким бы авторитетом он ни был освящен, следует сохранять, если его "разрешающая способность" оказалась менее высокой в сравнении с недавно разработанным методом. Состав того или иного комплекса методов определяется по объективному критерию: сколь эффективно при этом решается конкретная познавательная задача. Принцип доминирования устанавливает неравнозначность методов в решении проблем и целесообразность их подчинения главному, ведущему в данной системе (или нескольким основным методам). Он нацеливает исследователя на то, чтобы внутри каждого комплекса методов была установлена субординация с ведущей ролью одного или нескольких из них, позволяющая максимально точно и полно познать объект в его целостности и специфичности.