В 1783 г. издатели «Методической энциклопедии» (Encyclopedic methodique) предложили Ламарку писать статьи по ботаническому разделу (Dictionnaire de botanique). В этом же году Ламарк вместе с ботаником Пуаре (Jean-Fouis-Marie Poiret, 1755-1834), в честь которого был назван род Poiretia (из бобовых), подготовили «Введение» к т. 1(1). Второй выпуск первого тома был опубликован Ламарком в 1785 г. В 1786 г. появились его статьи о классах в первом выпуске т. 2, через два года – статьи о родах (т. 2(2)). После некоторого перерыва в 1792 г. появился второй выпуск тома 3 со статьями о лишайниках (совместно с Пуаре). В этой энциклопедии Ламарком было описано 2000 родов. В 1791 г. Ламарк начал издавать иллюстрации растений, описанных в энциклопедии. Эта работа, включавшая 900 таблиц, была закончена лишь в 1800 г. В 1792 г. Ламарк вместе с энтомологом Оливье (Guil-laume-Antoine Olivier, 1756-1814), минерологом Гаюи, врачом и малакологом Брюгьером (Jean Guillaume Bruguiere, 1749(или1750)-1798) и Пеллетье (Pelletier) издает «Журнал естественной истории» (Journal d’histoire naturelle). Вышло два тома, для которых Ламарк написал 23 статьи.
В 1789 г. благодаря протекции Биллардера, ставшего интендантом Королевского сада после смерти Бюффона, Ламарк был назначен хранителем гербариев. Но произошла Великая Французская революция, которая несла с собой глубокие преобразования всей общественной жизни. Поначалу реформы не затронули Королевский сад. Судьба самого Ламарка чуть было не оказалась под вопросом, когда Биллардер под давлением Комитета финансов Национальной ассамблеи попытался сократить ламарковскую ставку хранителя гербария, а также место, занимаемое геологом Сенфондом (Bartelemy Faujas de Saint-Fond, 1741-1819). Ламарк написал полемическое послание, в котором высказал идею о необходимости коренной реорганизации Королевского сада в плане его большей доступности и возможности удовлетворять новым социальным запросам. В этом послании Ламарк использует название Jardin des plantes вместо Jardin du Roi, которое и было впоследствии принято. В результате обе ставки не были сокращены. Более того, Ассамблея в духе демократических времен предложила подготовить Ботаническому саду собственную программу реорганизации.
В 1792 г. Лаканаль (Joseph Lakanal, 1762-1845), возглавлявший в Учредительном собрании (Конвенте) Комитет народного просвещения, предложил основать Музей естественной истории. Постановлением Конвента от 10 июня 1793 г. Королевский сад был преобразован в Музей естественной истории. В структуру музея входили библиотека и 12 кафедр. Три ботанические кафедры были замещены Дефонтеном (Rene Louiche Desfontaines, 1750-1833), Антуаном-Лораном Жюссье (Antoine-Laurent de Jussieu, 1748-1836) и (по кафедре агрономии и садоводства) Туэном (Andre Thouin, 1746-1824), который был крестным отцом Andre – сына Ламарка. Все они и до этого занимали ключевые должности в Королевском саду. Поэтому Ламарку не нашлось места ботаника. К этому надо добавить, что в понимании системы растений Ламарк был противником обоих Жюссье. Последние исходили из системы Турнефора (Joseph Pitton de Tournefort, 1656-1708), тогда как Ламарк придерживался линнеевской системы, которую он частично переработал, сообразуясь с собственными представлениями о связях растений. Ламарку была предложена одна из зоологических кафедр – впервые учрежденная кафедра насекомых и червей. Ламарк дал согласие, но испросил год на подготовку. В то революционное время в таком повороте судьбы не было ничего удивительного. Такое же радикальное изменение имело место в карьере Этьена Жоффруа Сент-Илера (Etienne Geoffroy Saint-Hilaire, 1772-1844), занимавшегося минералогией и назначенного профессором по кафедре высших позвоночных (млекопитающих и птиц). В то же время престарелого зоолога Добантона назначили профессором минералогии. Третью зоологическую кафедру, специализировавшуюся на изучении рыб и рептилий, возглавил протеже Бюффона и друг Ламарка зоолог Ласепед (Bernard-Gernain-Etienne de Lacepede, 1756-1825). Кювье (Leopold-Chretien-Frederic-Dagobert (Georges) Cuvier, 1769-1832) стал профессором сравнительной анатомии в музее позже, в 1802 г., после смерти Мертруда (Jean-Claude Mertrud, 1728-1802).
С первых шагов Французской революции Ламарк встал на ее сторону. О себе он писал, что «являлся решительным другом свободы, равенства и республики» (цит. по Landrieu, 1909, р. 55; см. также Поляков, 1962, с. 143).
1.3. Теплород и близкие концепции в трудах Ламарка
В 50 лет Ламарку пришлось входить в круг зоологических проблем и начинать с наименее изученных на то время групп животных. Но интересы Ламарка не ограничивались зоологией. Он активно работает в физике и химии. В 1797 г. Ламарк выпустил «Мемуары по физике и естественной истории». По мнению многих комментаторов, в этом сочинении Ламарк придерживался уже устаревших на то время воззрений, в частности, по вопросу о флогистоне, вступив тем самым в научное противостояние со школой Лавуазье (Antuan Laurent Lovoisier, 1743-1794). Уже после казни Лавуазье (1974 г.) Ламарк издал сочинение Réfutation de la théorie pneumatique, ou de la nouvelle doctrine des chimistes modernes, Paris: chez Г Auteur, Agasse, 1796 (Опровержение пневматической теории, или новой доктрины современной химии), в котором критически рассмотрел Philosophic chimique (1792) – книгу графа Фуркруа (Antoine-Frangois, Comte de Fourcroy, 1755-1809), ученика Лавуазье, известного химика и энтомолога, работавшего по второй специальности вместе со знатоком жуков Этьеном Жоффруа (Etienne Louis Geoffroy, 1725-1810). Для получения более полной информации по теории флогистона мы отсылаем читателя к довоенной (1937 г.) книге известного химика и историка химии Бориса Николаевича Меншуткина (1874-1938).