Впоследствии он подвергается преследованиям орденской инквизиции, которая дважды привлекает его к суду и сурово наказывает. В монастыре Бруно пишет первый труд – «Ноев ковчег», сатирическую поэму, в алллегориях разоблачающую многочисленные споры между разными теориями, догмами и верованиями внутри института церкви.
В период пребывания в монастыре, в 1571 году, он посещает Рим и папский двор, где перед его святейшеством римским папой Пием V излагает свое учение об искусстве памяти.
В 1575 году он получает ученую степень доктора теологии и защищает докторскую диссертацию, ссылаясь в многочисленных своих беседах и диспутах на многих философов древнего мира, вдохновляющих его мировоззрение и являющихся его предшественниками. Он упоминает жрецов Египта и Тота-Гермеса Трисмегиста, магов Халдеи и Ассирии, учения Зороастра, «гимнософистов» Индии, Орфея, Пифагора, Платона, Плотина, неоплатоников, кардинала Кузанского, Коперника, Парацельса и многих других.
1576 год: в Риме на него поступает серьезный донос, в котором его обвиняют в эклектизме и в еретических мыслях и высказываниях и настаивают на необходимости вмешательства инквизиции. Чтобы не попасть в ее когти и избежать тюрьмы, Джордано Бруно тайно покидает Рим. Окончательно оставив монастырь и духовный сан, он становится отступником, преследуемым всеми.
Дальнейшая его жизнь продолжается в вечных скитаниях по Европе. Его отважные учения, огненная, темпераментная натура непримиримого врага любой фальши, его прямые, яркие и острые высказывания, попадающие прямо в точку, врожденные честность, благородство и искренность, – все это приводит в бешенство представителей самых разнообразных официальных кругов, религиозных, научных и философских, навлекая на Джордано Бруно жгучую ненависть и преследование многих, даже тех, кто в отношениях между собой проявлял вражду и нетерпимость.
На Джордано Бруно буквально охотились со всех сторон, поэтому он вынужден был покидать все города, в которых временно останавливался.
В своей жизни, сам того не желая, он воплощал образ настоящего Дон Кихота, одинокого странствующего рыцаря без страха и упрека, не имеющего ничего своего – ни дома, ни уголка, ни семьи, ни возлюбленной, но имеющего зато свои Идеи и очень много учеников и единомышленников по всей Европе, которых ему удалось вдохновить и зажечь.
1576–1579 годы: скитания по Италии. Венеция, Падуя, Савона, Турин, Милан, Генуя – лекции, беседы, диспуты, доносы на него.
1579–1580 годы: Женева, Швейцария. Работает помощником в типографии и параллельно проводит факультативные занятия в Женевском университете. Публично защищает Парацельса и сражается за новое видение медицины. Публично разоблачает проповедников богословия и официальных врачей-шарлатанов. За еретические высказывания и за «оскорбление святой реформации» предан двойному суду: городского совета и кальвинистской инквизиции. Благодаря помощи друзей бежит во Францию.
1580–1583 годы: Франция. Читает лекции перед десятитысячной аудиторией в университете города Тулузы. Часть профессуры и студентов, возмущенная его смелыми взглядами, доносит на него. Бруно вынужден покинуть город.
1581 год: Париж. Перед королем Генрихом III Бруно излагает свою теорию памяти. Пишет книгу на эту тему – «О тенях Идеи» – и посвящает ее королю. Назначается неординарным профессором Сорбоннского университета. Издает свои первые труды. На лекциях и занятиях, помимо остальных тем, публично защищает знаменитого философа и мистика Корнелия Агриппу и пишет «Трактат о магии» как продолжение учения Агриппы. На него доносят. Во избежание тюрем инквизиции вынужден покинуть Париж и бежать в Англию.
1583–1585 годы: Англия, Лондон. Бруно живет при дворе французского посла и имеет свободный доступ ко двору королевы Елизаветы, где в дворянских, научных, философских кругах встречается с выдающимися представителями своей эпохи. Здесь происходит его встреча с Шекспиром, который цитирует некоторые высказывания Бруно в своем «Гамлете» и выводит его в одном из персонажей «Ромео и Джульетты».
В Лондоне Бруно издает самые известные свои труды: «Пир на пепле», «О бесконечности, вселенной и мирах», «О причине, начале и едином», «О героическом энтузиазме», «Изгнание торжествующего зверя».
Страшный скандал начинается после очередных выступлений в Оксфорде – цитадели пуританства и богословия, где перед теологами и схоластами Бруно публично встает на защиту нового миропонимания и представляет учение о бесконечности и бесчисленности миров. Так как без инквизиции дело не обошлось, Бруно вынужден покинуть Англию и бежать во Францию.