Оба они подвергались резкой критике. Вана Хельмонта инквизиция не раз вызывала на допрос, обвиняя в занятии оккультизмом. В первый раз его допрашивали о двух трактатах, которые он написал. Один был о «невольнике орудия» (наследие Парацельса — использование крови из раны от меча для лечения болезни симпатически). Второй трактат был о свойствах минеральной воды.
После первого ареста он раскаялся в своих ошибках и его освободили и разрешили продолжить работу. Прошло некоторое время, и он снова был арестован. В этот раз на все его бумаги и книги наложили арест. Ему было выдвинуто обвинение церковным судом в том, что он отступил от подлинной философии, поддерживает идолопоклонство, магию и дьявольское искусство. Его обвинили также в том, что он был последователем Парацельса, проповедуя его «химическую философию», т. е. ересь, распространяя таким образом «киммерийскую тьму» по всему миру. Затем его посадили под домашний арест на два года.
«Химическая философская ересь» — это формулировка церкви периода контрреформации. Уже был сожжен за это Сервет. С этих пор алхимия была объявлена ересью. «Киммерийская тьма» — образ кромешной тьмы в умах людей, связанный с киммерийцами, народом из «Одиссеи» Гомера, жившим на самом крайнем западе и, следовательно, никогда не видевшим солнца.
Позднее ван Хельмонт все же получил церковную санкцию на издание своих работ — Febrium Doctrina Inaudita и Opuscula Inaudita. Они были посвящены лихорадкам, камню и чуме.
Когда ван Хельмонт заболел плевритом и понял, что его смерть близка, он попросил сына собрать все его работы. Его сын Франсиск Меркурий ван Хельмонт, философ и медик, выполнил просьбу отца и издал его труды. По мнению историков медицины, эти работы оказались среди самых значительных. Они пользовались огромной популярностью, переводились на многие языки и многократно издавались.
Архей лекарства
Ван Хельмонт, как и Парацельс, был убежден, что болезнь напрямую связана с археем. Под археем ван Хельмонт понимал жизненную основу организма. Он считал селезенку вместилищем архея и предполагал, что она контролирует физиологические процессы в организме человека. Архей для него был тем же, чем для Парацельса, — жизненной силой, психическим аспектом живого организма. С археем ван Хельмонт связывал происхождение болезни, состоящей из бесчисленных семян или semina, духовных и невидимых по своей природе. Термин semina с его сложной психофизической идеей ван Хельмонт хотел ввести в медицину, противопоставив его традиционным терминам соков Галена.
Механизмы возникновения болезни ван Хельмонт понимал так. Семена болезни становятся активными и всходят из-за того, что в архее внутри организма возникает патологический образ, что-то вроде идеи болезни, которая эту болезнь порождает, ван Хельмонт полагал, что внешний фактор вызывает болезнь не из-за того, что сделан из частиц постороннего вещества, а потому, что его архей может неблагоприятно воздействовать на архей организма человека. Высказываясь об архее как об образе или идее болезни, ван Хельмонт писал: «В архее образуются ошибочные образы, которые влияют как яд, становятся семенами болезни и созревают в самых сокровенных уголках организма. Каждая болезнь вызывается яростным нападением идей, задуманных археем, по чьей вине живое тело, а не труп страдает от болезни».,
Хельмонт считал болезнь уникальным явлением у каждого пациента и пользовался названием болезни только для удобства: «Я не знаю эпилепсии, лепры, апоплексии — я знаю только индивидуумов, больных эпилепсией, больных лепрой, больных апоплексией, потому что болезнь существует как модификация жизни. Болезней нет, есть больные люди». А вот как интересно он понимал роль страха в возникновении болезни: «Страх чумы вызывает чуму. Неожиданное чувство страха смерти часто уничтожало подагру. Если страх из-за потери почета или даже боязни его утраты длится в течение одного дня, возникает иногда болезнь, выражающаяся в эпилепсии».
Ван Хельмонт был убежден, что ни одна болезнь не может развиться там, где нет симпатической связи между чуждым археем и археем хозяина. «Однако и мы можем влиять на архей болезни аналогичным образом».