Вместе с накоплением археологических материалов были сделаны первые шаги по их историческому осмыслению. Так, на основе материалов, полученных при раскопках, профессор Тартуского университета К. Гревингк делает попытку членения погребений на типы и определения дат археологических находок. Им была разработана первая периодизация древней истории Прибалтики. Этот исследователь занимал и правильную позицию в этнической атрибуции средневековых памятников Эстонии, полагая, что они принадлежат эстам (Grewingk С., 1874–1877; 1887, s. 153–177).
Заметный вклад в изучение средневековых древностей Эстонии внес Р. Гаусманн. В его трудах археологические материалы Прибалтики получили научную систематизацию, могильные памятники подразделены на типы, при этом были подмечены различия между ранними и поздними каменными могильниками эстов (Hausmann R., 1896а; 1896б; 1910). В историографии археологии Прибалтики нельзя не назвать и работ немецкого исследователя М. Эберта, в которых широко стал применяться типологический метод анализа (Ebert М., 1913, s. 498–559).
В 1920-1940-е годы были заложены основы эстонской национальной археологии. Организационным центром эстонской археологии становится университет в Тарту, при котором в 1920 г. основывается кафедра археологии, а в следующем году и кабинет археологии, реорганизованные позднее в Институт с музеем. Первым руководителем кафедры в 1920–1923 гг. стал финский археолог А.М. Тальгрен. В это время были подготовлены молодые кадры эстонских археологов.
В обобщающем труде по археологии Эстонии А.М. Тальгреном (Tallgren А.М., 1925) систематизированы и исторически осмыслены материалы, накопленные к тому времени. Было обращено внимание на топографию памятников и их связь с природными условиями. Вещевой материал из памятников средневековья подвергся хронологическому анализу. Древности эпохи средневековья в результате были дифференцированы на два периода — средний железный век (V–VIII вв.) и поздний железный век (IX–XIII вв.).
В буржуазный период в Эстонии была проведена большая организационная работа по регистрации и учету памятников археологии, что создало предпосылки для дальнейших более углубленных изысканий. На основе собранных материалов написана обзорная публикация о городищах (Laid Е., 1923).
В 20-30-х годах на ряде могильников были произведены растопочные работы, в основном небольшие. В 20-х годах полевые исследования велись еще несколько поверхностно, детали строения памятников и обрядности не получали отражения в отчетной документации. В 30-х годах методика раскопок заметно совершенствуется, а отчетность по ним становится точнее и детальнее. Раскопки могильников в 20-30-х годах вели Х.А. Моора, А. Фриденталь (Friedental А., 1938, s. 147–160), А. Вассар, Р. Индреко, Е. Саадре и М. Шмидехельм.
В 30-х годах проведены были и раскопки на городищах Варбола, (Laid Е., 1939, lk. 183–215), Лыхавере (Moora H., Saadre О., 1939, lk. 139–182), Иру (Vassar A., 1939, lk. 53-100), Керикмяги в Пеэду (Muistse Eesti, 1939, lk. 101–138).
Эстонскими археологами были продолжены историко-культурные и хронологические штудии постоянно пополняемых археологических материалов. В 1932 г. была опубликована сводная работа по археологии Эстонии Х.А. Моора, написанная для широкого круга читателей (Moora H., 1932). Эстонская археология от простого вещеведения стремилась перейти к историческим обобщениям. В первом томе «Истории Эстонии» (Eesti ajalugu, 1935), охватывающем период от эпохи камня до XIII в. н. э., такая попытка сделана. При этом наряду с археологическими материалами привлечены данные геологии, лингвистики, фольклора и письменных источников.
Наиболее значительные результаты в археологии остов получены после второй мировой войны, когда Эстония вошла в состав нашей страны. Начинается систематическое изучение памятников археологии, постепенно совершенствуются техника и методика археологических раскопок.
В последние десятилетия много внимания уделяется изучению средневековых городищ эстов. В самом конце 40-х годов возобновляются раскопочные работы на городищах, активно ведущиеся и в 50-е годы. Раскопки велись в Варбола, Отепя, Лыхавере, Иру, Наану, недалеко от Вильянди и др. Материалы этих исследований обширны, и только краткая, предварительная информация о них опубликована Х.А. Моора (Moora H., 1955, lk. 73–87).
С целью выяснения характера и облика древнего города впервые были произведены раскопки в Таллине (Moora H., 1953, lk. 167–180; Тараканова С.А., Саадре О.В., 1955, с. 31–45).