По мере того как политическое руководство Финляндии стало терять интерес к Восточной Карелии, разработкой карельской идеи стали заниматься различные племенные организации. Несмотря на то, что результаты их деятельности остались незначительными, эта работа, возможно, создавала благоприятную духовную среду для развития идеи Великой Финляндии и за пределами племенных организаций. Карельское академическое общество (КАО), объединявшее 2-3 тысячи человек, уже исходя из качественного состава своих членов, оказывало исключительно большое влияние на умонастроения в стране.
Весной 1941 г. интерес к карельской идее вновь проснулся как в политических, так и в военных кругах. В ожидании военного похода Германии на восток и помня уроки Зимней войны начали составляться новые варианты прохождения границы на случай, если сложится ситуация, благоприятная для присоединения новых территорий. Предварительные разработки, составленные Главной ставкой финляндской армии в мае 1941 г., предусматривали как достижение более ограниченных целей с захватом территории к западу от Мурманской железной дороги, так и выход на линию трех перешейков, в зависимости от развития ситуации в Советском Союзе. В докладе, составленном по поручению президента Финляндии Ристо Рюти профессором Ялмари Яаккола, подчеркивалось значение национальных факторов, а сфера влияния финляндского государства расширялась до линии, проходившей к юго-востоку от Беломорско-Балтийского водного пути.
Поскольку немцы не выступили с возражениями, а военные действия развивались успешно, достижение линии Свирь-Онежское озеро-Белое море с обеспечением достаточного по территории военного предполья стало целью как Главной ставки, так и большей части политической элиты, хотя это и не было официально зафиксировано. Некоторые племенные круги желали пойти и того дальше.
Спустя неполных три недели, прошедших с начала войны между Германией и Советским Союзом, 10 июля 1941 г., началось наступление в Карелии. Для его успешного исхода имелись все предпосылки.
В зоне ответственности финляндской армии соотношение сил, рассчитанное по количеству соединений, было два к одному в пользу наступающей стороны, а в Северном Приладожье превосходство было почти трехкратным. Территории, утраченные по мирному договору 1940 г., были отвоеваны стремительными темпами: в направлении главного удара границу, определенную Тартуским мирным договором, перешли влечение неполных двух недель, а к 27 июля войска достигли реки Тулокса, где временно остановились. Севернее войска вышли в район деревни Хюрсюля, выдвинувшись оттуда к восточному берегу Сямозера.
В Карелии, как и по всему Советскому Союзу, всеобщую мобилизацию объявили только в первый день войны, 22 июня. Поскольку военное руководство считало данный театр военных действий второстепенным, из резерва туда направляли самые минимальные подкрепления, и основные усилия по обороне северо-западной части СССР сосредоточили к югу и юго-западу от Ленинграда. Регулярную армию пополняли, формируя из местного населения войска ополчения и небольшие войсковые части — истребительные батальоны и партизанские отряды. Например, в Петрозаводске создали отряд «Красный Онежец» под командованием директора Онежского завода, в нем насчитывалось около 100 рабочих завода. Известно, что всего на территории города было организовано четыре партизанских отряда или их подразделений. Два истребительных батальона, сформированные из горожан, насчитывали в сентябре около 350 человек. Для защиты от воздушных налетов приступили к строительству бомбоубежищ и укреплению противопожарной обороны. В зданиях университета, филармонии и некоторых школ были организованы госпитали.
Эвакуация в Карелии началась в июле. Первыми были эвакуированы детские учреждения и семьи с детьми. Из Петрозаводска, согласно отчету, датированному 19 июля, на восточный берег Онежского озера и в южные районы Южной Карелии успели к этому времени эвакуировать уже более 4 500 женщин и детей. Одновременно приступили к демонтажу оборудования теплоэлектростанции лесозавода в Соломенном и городской гидроэлектростанции, а ненужные склады вывозились в безопасные районы. Онежский завод эвакуировали в сибирский город Красноярск, находившийся на расстоянии в пять с половиной тысяч километров, где он стал выпускать продукцию уже в октябре 1941 г. Лыжную фабрику перевели в населенный пункт Шала, расположенный на противоположном берегу Онежского озера. Университет эвакуировали в Сыктывкар (Коми АССР).