В 1620 году царь Михаил Федорович учредил специальный Аптекарский приказ, который ведал сбором трав и всем врачебным делом России. В Аптекарский приказ поступали как местные травы, коренья, так и иноземные. В 1638 году возвращавшемуся из Монголии русскому посланнику Старкову в подарок царю Алтын-ханом было послано «китайское зелье» – 4 пуда чая. Чай использовался как лекарство. В одной из древних летописей сообщалось, что «чай усиливает дух, смягчает сердце, удаляет усталость, пробуждает мысль и не дозволяет поселяться лености, облегчает и освежает тело и проясняет восприимчивость». Чай сравнительно быстро вошел в обиход знати, а затем и простого люда. Россия стала ввозить огромное количество чая через всю Сибирь караванным путем.
В 1654 году в Москве был произведен первый набор учащихся во вновь созданную медицинскую школу, где готовились русские врачи и аптекари, знавшие лекарственные травы и способы приготовления из них лечебных настоев и водок. По-видимому, один из выпускников такой школы, прикомандированный к якутскому воеводе, служилый человек Семен Епишев, высылая в 1674 году коллекцию трав царю Алексею Михайловичу, в своей челобитной писал: «А около, государь, Якутского (острога) лекарственные травы: бронец черный и красный и воронец, изгоны, излюдены, жабные и разные травы по Лене не близко, и посторонним рекам, на Собачьей, у моря многие; а таких, великий государь, лекарственных трав, которые растут по тем местам Сибири, в твоих государевых русских городах нет».
Вызывают большой интерес страницы истории российских аптекарских огородов. Как отмечет исследователь С.А. Коротков (2019), в 1702 году русский посол в Голландии Андрей Артамонович Матвеев по приказу Петра I пригласил на русскую службу в качестве лейб-медика Николая Ламбертовича Бидлоо. Он стал одним из основателей Московского госпиталя. В 1710 году на территории госпиталя был организован ботанический сад и аптекарский огород, предназначенный для выращивания лекарственных растений. Аптекарский огород «разбит был по горе, начинавшейся отложно подъемом от Яузы на всем том месте, которое теперь занято главным корпусом госпиталя». Повинность по его разведению и поддержанию надлежащего порядка несли крестьяне синодальных вотчин Московской губернии. Указом 1716 года ее заменили денежным налогом по 2 деньги со двора. Их расходовали «на покупку в аптеку госпиталя цветов ландышевых и сераборинового (шиповника), и в огород на саженья дерев и на наем работников и на поставку цветов» (Рихтер В.М., 1820). Помимо заготовки лекарственных растений на базе аптекарского огорода готовили и учеников аптекаря. Учиться было непросто. В 1712 году Н.Л. Бидлоо писал Петру I: «Взял я в разных годах и числах 50 человек до науки хирургической, которых 33 осталось, 6 умерли, 8 сбежали, 2 по указу взяты в школу, 1 за невоздержание отдан в солдаты». Дисциплину «Материя медика» (аптекарскую науку) в школе преподавали аптекари госпиталя Христиан Эйхлер, затем Иван Маак. В аттестате Саввы Кипчакова, который в 1737 году сдавал экзамен для получения аттестата аптекарского ученика, было написано, что он «научен отлично при московском медицинском огороде, а именно умеет гнать воды и олеи, делать экстракты и соли, и соки, полевые травы, которыя официнальные называются, сушить и ощипывать, и малое число по латыне читать и писать, и коликое число рисовать и, следовательно, способен и достоин быть учеником в полевой аптеке» (Чистович Я.Н., 1883).
Крупный знаток русских рукописных лечебников Н.А. Богоявленский, оценивая значение так называемых вертоградов, близких по содержанию к средневековым восточным фармакогнозиям, писал: «Лекарственная флора и „вертоградов“, насчитывающая более тысячи ботанических видов, представляют интерес не только для врачей и фармацевтов, но является драгоценным источником для изучения ботаники, агрономии… особенностей истории культуры Древней Руси».
В уникальном источнике медицинских знаний древности «Книга, глаголемая „Прохладный вертоград“» нередко можно найти сведения, подтверждающие определенную эффективность некоторых лекарственных растений в лечении сердечнососудистых заболеваний: «Василькова трава в воде варена и ту воду даем пити, у кого обморок находит на главу, и от того помогает». Также там говорится: «А у кого сердце бьется и болит, тогда емлем кардамону толченаго мелко един золотник, приемлет с вином или в ухах, якоже восхощет, и то велика есть польза от предреченныя болезни». «Корица сердце укрепляет и обвеселяет и растение доброй крови во удах телесных творит» (Книга, глаголемая…, 1997).
Русским словом «водка» уже в XVI веке стали называть спиртовые вытяжки целительных сборов, а также многие привозные лекарства. Довольно быстро простой народ на Руси признал в водке универсальное медицинское средство – чудодейственный бальзам. Она продавалась в аптеках и отличалась от других медицинских средств непомерно высокой стоимостью, так как еще в первой половине XVII века на Руси в Москве была всего одна аптека, отпускавшая водки исключительно по челобитным. «Вели, государь, – пишет один из просителей, – дать мне для моей головной болезни из своей государственной аптеки водок – свобориновой да финиколевой…»