Буксировка и размещение элементов 2 искусственных гаваней, названных «Малберри» и 5 укрытий для мелких судов, названных «Гусберри», была самой крупной операцией флота, предпринятой им по собственной инициативе. Одну часть волнолома должны были образовать затопленные 55 старых транспортов и военных кораблей. Но это была самая простая часть работы. Требовалось отбуксировать через пролив и разместить огромные бетонные кессоны, названные «Феникс», которые имели водоизмещение около 6000 тонн каждый. Эти кессоны должны были завершить строительство волнолома. Но эта буксировка была уже гораздо более сложной проблемой. Требовалось также соорудить многомильные плавучие пристани, названные «Уэйл», и связывающие их с сушей понтонные мостки. Это была еще одна крайне сложная задача. В целом же обе искусственные гавани состояли из 400 плавучих объектов различных типов общим водоизмещением до 1,5 миллионов тонн. Чтобы привести их в бухту Сены, требовалось примерно 160 буксиров. После завершения строительства британская гавань «Малберри» должна была служить убежищем для 7 крупнотоннажных транспортов, 20 каботажников, 400 буксиров и вспомогательных судов и 1000 мелких судов.
Особое внимание было уделено организации и подготовке групп артиллерийской поддержки. По опыту высадок в Дьеппе и Салерно мы знали, что крупные артиллерийские корабли могут сыграть решающую роль в успехе десантной операции. Каждое из 5 ударных соединений получило свою группу артиллерийской поддержки. Их главной целью были 23 германские тяжелые береговые батареи, прикрывающие подходы к берегу. Было исключительно важно подавить их до того, как первые волны десантных судов направятся к берегу, иначе они могут понести тяжелые потери. Корабли артиллерийской поддержки получили самолеты для корректировки огня, также были созданы наземные корректировочные посты. По мере продвижения войск вглубь суши они должны были следовать за ними, чтобы вызывать при необходимости огонь кораблей. Корабли могли оказывать огневую поддержку, пока фронт находился в пределах дальнобойности корабельных орудий.
В ходе подготовки операции «Нептун» ни один вопрос не обсуждался так много, как дата D-дня и время Н-часа. Нужно избежать навигационных ошибок при подходе к берегу, увеличить меткость контрбатарейной стрельбы кораблей, как можно быстрее устранить подводные заграждения, установленные немцами. Это и стало определяющими факторами. В итоге было решено проводить высадку днем, что всегда отвечало интересам флота. Однако специальные команды подрывников, двигающиеся с первыми волнами десанта, могли уничтожать подводные заграждения только при неполной воде, что еще больше ограничивало выбор даты и времени высадки. Наконец было решено использовать полнолуние, чтобы облегчить следование огромной армады вторжения к вражеским берегам. Это также позволило бы сбросить парашютные десанты вдоль течения реки Орн и у основания полуострова Котантен. Таким образом, было решено начать высадку через 40 минут после наступления «навигационного рассвета», то есть момента, когда солнце находится на 12? ниже горизонта, и за 3–4 часа до полного прилива. Эти условия соблюдались только 3 или 4 дня в каждом месяце. Если плохая погода или иная причина вызовет откладывание операции, придется ждать еще несколько недель, прежде чем выпадет следующая благоприятная возможность. Выбор таких жестких рамок мог привести к потере внезапности, но этого риска нельзя было избежать. 8 мая генерал Эйзенхауэр назначил предварительной датой высадки 5 июня. 23 мая предварительный приказ был доведен до всех флотских штабов в Британии. После этого начались тщательно спланированные предварительные перемещения кораблей и транспортов в порты, откуда им предстояло взять курс на Францию. Главной точкой сбора был назначен большой закрытый рейд между островом Уайт и самой Британией — Солент и Спитхед. Там находились якорные стоянки, откуда наши флоты и десантные экспедиции не раз отправлялись во все концы земного шара еще на заре британского морского могущества. И в мае 1944 этот рейд был забит множеством кораблей под флагами Британской Империи и Соединенных Штатов. Если моряки старых времен, глядя на стройный силуэт парусника, могли угадать его предназначение, то сегодня странные силуэты многих кораблей заставляли лишь молча удивляться. Рейды Солента и Спитхеда были поделены между британскими и американскими соединениями. По плану большинство британских кораблей и конвоев собиралось в гаванях восточнее острова Уайт, а большинство кораблей адмирала Кирка находилось в западных гаванях. Получив исполнительный сигнал «выполнять операцию «Нептун», каждый конвой должен был выйти в море в строго назначенное время, пройти через точку сбора в 15 милях юго-восточнее острова Уайт и направиться в бухту Сены.