Хотя воздушные атаки были довольно неприятными, настоящей опасностью в первые месяцы войны оказались мины, поставленные кораблями, подводными лодками и самолетами противника. И здесь немцы добились несомненного технического и тактического успеха. В самом начале войны гибель нескольких судов у восточного побережья вызвала подозрение, что противник использует неконтактные донные мины. В середине сентября мы получили точное этому подтверждение. Это открытие вызвало подлинный испуг, хотя мы сами создали и использовали первые магнитные мины еще в 1918. Однако прошло 20 лет, а мы так и не разработали эффективного способа борьбы с ними. Все британские тральные силы были ориентированы только на борьбу с якорными контактными минами. К счастью, в ноябре одна из германских мин упала на берег. Исключительно смелый офицер капитан-лейтенант Дж. Г.Д. Уври, рискуя жизнью, обезвредил ее. Мы наконец точно узнали, с какими минами имеем дело, и сумели начать спешную разработку и производство эффективного магнитного трала. Однако ноябрь 1939 был очень тревожным месяцем, так как противник сумел почти полностью остановить наше судоходство у восточного побережья. Какое-то время был открыт единственный проход в Темзу, и мы потеряли на минах 27 судов (120958 тонн) за месяц. В ожидании появления новых тралов были приняты временные меры. В целом нам удалось сохранить судоходство у восточного побережья. Хотя и после Нового года потери оставались опасно высокими, мы больше не сталкивались с таким серьезным кризисом, как осенью 1939. Всего за первые 7 месяцев войны на минах погибли 128 судов водоизмещением 429899 тонн. Так началась битва умов между немецкими конструкторами мин и британскими конструкторами тралов. Она продолжалась до самого конца войны и родила много оригинальных технических новинок. Появление акустических мин и механизмов кратности, использование минных защитников имело далеко идущее влияние на морскую войну. На тральщики рухнула огромная нагрузка, а тральная служба приобрела исключительно важное значение в составе флота. Фарватеры приходилось тралить по несколько раз от различных типов мин. Экипажи тральщиков теперь постоянно ждали, что какая-то новая дьявольская штучка вознесет их на небеса. Ежедневные выходы в море на встречу с притаившейся опасностью требовали огромного терпения и совершенно особого рода хладнокровной отваги. Но их работа была внешне незаметной, и потому деятельность тральщиков была мало известна.
Теперь мы обратимся к деятельности главных сил Флота Метрополии, который адмирал Форбс перевел в Скапа Флоу в конце августа. Главнокомандующий не стал терять ни одного дня, чтобы показать всему миру, кто командует в Северном море. Сразу после начала войны была проведена серия походов линейных кораблей к берегам Норвегии. Другие корабли начали патрулирование северных проливов, через которые вражеские рейдеры могли попытаться выйти в Атлантику. Однако эти обычные демонстраций морской мощи не привели к столкновению с вражеским флотом. В первый же день войны разведывательный самолет сообщил, что германские корабли готовятся выйти в море из Вильгельмсхафена. КВВС решило на практике испробовать свои теории относительно бомбовых атак кораблей и отправило на поиск 54 бомбардировщика. Они не нашли противника. На следующий день Береговое Командование попыталось атаковать вражеские корабли, стоящие на якоре в Шиллинг Роудз возле Вильгельмсхафена и в Брюнсбюттеле на западном входе в Кильский канал. На сей раз бомбардировщики, имеющие на борту флотских наблюдателей, нашли противника. Карманный линкор «Адмирал Шеер» получил попадания 3 или 4 бомб, но ни одна из них не взорвалась. Противник не получил практически никаких повреждений, а из 29 бомбардировщиков пятая часть была уничтожена. Эти провалы серьезно подорвали позиции тех, кто до войны утверждал, что бомбардировщики покончат с крупными кораблями. К счастью, немцы практически ничего не сделали, чтобы атаковать авиацией корабли Флота Метрополии. Однако Адмиралтейство очень опасалось мощных воздушных налетов на Скапа Флоу, который в то время не имел никакой ПВО. Адмиралы сильно преувеличивали силы Люфтваффе. Поэтому 7 сентября Адмиралтейство приказало Форбсу увести корабли в секретную базу на западе Шотландии. К 12 сентября большинство кораблей перешло в Лох Ю. Но эта якорная стоянка была защищена еще слабее, чем Скапа Флоу, и секретной она оставалась совсем недолго. Последовали жаркие споры относительно главной базы флота, так как Форбс хотел вернуться в Скапа Флоу как можно раньше. Однако мгновенно привести в порядок оборонительные сооружения Скапа Флоу было просто невозможно, поэтому он согласился оставаться в Клайде, пока выбранная им база не сможет обеспечить кораблям относительную безопасность. Таким образом, Флот Метрополии оказался на несколько сот миль дальше от северных вод, которые должен был контролировать, и где его присутствие могло потребоваться в любой момент.