В январе-феврале 1942 года германская авиация наносила такие удары по транспортам, идущим в Севастополь, что пришлось доставлять грузы и пополнения в осажденный город на боевых кораблях. К этому времени возникли проблемы с управлением действиями флота, ибо штаб находился на Кавказе, а командующий Черноморским флотом – в Севастополе. В начале марта Н.Г. Кузнецов доложил лично Сталину о необходимости назначить руководителем обороны Главной базы человека, знакомого со спецификой флота, и предложил направить командующим Севастопольским оборонительным районом генерала С.И. Кабанова, ранее руководившего обороной Ханко. Верховный главнокомандующий уклонился от ответа. В начале апреля начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников предложил кандидатуру И.Е. Петрова. В конце апреля Ф.С. Октябрьский на вопрос Кузнецова, согласен ли он, что во главе СОР должен быть моряк, после раздумий ответил отрицательно. И позднее этот вопрос вызывал споры. В воспоминаниях Н.Г. Кузнецов отмечал, что общевойсковой начальник может командовать обороной морской базы, если большая часть действий происходит на суше. Так было на Ханко. В Одессе руководство оставалось за моряками. Кузнецов делал вывод, что успех зависел от личных качеств военачальника, а не от рода войск, к которому он принадлежал[67].
23 апреля 1942 года Кузнецов вылетел в Краснодар с С.М. Буденным, которого назначили главкомом Северо-Кавказского направления. Прибывший на следующий день Ф.С. Октябрьский доложил о состоянии Черноморского флота. По его мнению, Севастополь должен был устоять, и командующий просил лишь не отвлекать значительные силы Приморской армии для наступления на Симферополь. Побывав в Новороссийске, нарком с Буденным 27 апреля вылетел на Керченский полуостров. Командовавший войсками генерал-лейтенант Д.Т. Козлов доложил о состоянии дел, но вскоре в разговор вмешался представитель Ставки Л.3. Мехлис. Он полностью отрицал возможность успешного наступления немцев и отхода наших войск. К этому времени уже дважды была изменена дата наступления в Крыму. Не хватало транспортных средств, медленно шла разгрузка[68].
Пока продолжалась подготовка, противник сам перешел в наступление на Керченском полуострове. Кузнецов узнал об этом 8 мая в Поти. Немедленно нарком вылетел на гидросамолете в Новороссийск, затем выехал в Краснодар. Член Военного совета Северо-Кавказского направления адмирал И.С. Исаков сообщил ему, что части 11-й германской армии стараются ликвидировать Керченский плацдарм, чтобы повернуть все силы на Севастополь. Сталин 11 мая через Шапошникова вызвал Кузнецова в Москву. Он приказал Буденному и Исакову выехать на Керченский полуостров. Подступы к плацдарму не были укреплены так, как в Севастополе, и штабу пришлось укрыться в каменоломнях. Так как войска не имели резервов, они не смогли долго сопротивляться натиску противника. Сразу же после прибытия в Керчь после совещания с командующим фронтом Д.Т. Козловым, Мехлисом и другими было принято решение прекратить перевозки грузов для Крымского фронта, весь свободный тоннаж с конвоем из катеров и тральщиков направить в Керчь, немедленно начать эвакуацию тяжелой артиллерии. Исаков распорядился выслать все суда, находившиеся поблизости, вне зависимости от ведомственной принадлежности. 19 мая через Керченский пролив переправили последние части из 120 тысяч эвакуированных войск. Однако в Аджимушкайских каменоломнях до октября 1942 года продолжали сражаться тысячи бойцов[69].