После публикации указа пошли письма. Люди больше знали Нахимова и не понимали, почему орден Ушакова имеет более высокий статус. В годы войны попробовали разъяснить заслуги Ф.Ф. Ушакова через газеты и радио. А после Победы сняли фильм «Адмирал Ушаков», который консультировал И.С. Исаков. Появление фильма на экранах сразу прекратило поток писем.
В 1944 году Николаю Герасимовичу удалось решить важнейший вопрос взаимодействия родов войск в операциях. В послевоенных воспоминаниях он писал: «Мы не имели единого взгляда на доктрину ведения войны… Доктрина, как нечто плохо осязаемое для нас, скрывалась в голове Сталина, а он неохотно делился своими мыслями и намерениями… И не случайно сейчас нельзя привести в пример ни одного документа за его подписью, в котором излагались бы взгляды на ведение войны, ее характер и взаимоотношения наркоматов». До войны считали, что Ставка Главнокомандования будет ставить задачи флотам на кампанию, а оперативные задачи в ходе кампании – нарком ВМФ и командующие объединениями, в подчинении которых окажутся флоты. Фактически, как известно, война пошла иначе, чем ее планировали. Общее руководство фронтами и подчиненными им флотами оказалось в руках Генерального штаба. Однако Генеральный штаб за два года войны ни разу не ориентировал Главный морской штаб по вопросам дальнейшего хода военных действий, что затрудняло постановку соответствующих задач флотам. Так как наладить обмен информацией между Генеральным и Главным морским штабами Кузнецову не удалось, он в декабре 1943 года доложил непосредственно Сталину, что командующие фронтами и армиями даже не ставят в известность подчиненные им морские силы о намеченных операциях. Нарком предложил, чтобы оперативные директивы флотам исходили только из Ставки Верховного Главнокомандования и чтобы Генеральный и Главный морской штабы объединили усилия при подготовке оперативных директив флотам и флотилиям. Для лучшего взаимодействия было предложено при штабах фронтов (армий) создать морские отделы, подчиненные соответствующим начальникам штабов. Сталин согласился. Но лишь 31 марта 1944 года вышла директива Ставки, в которой были сформулированы основные принципы управления силами флота и их взаимодействия с другими силами. Флоты и флотилии стали подчиняться наркому, как главнокомандующему ВМФ. 5 апреля Кузнецов подписал приказ о формировании морских отделов и морских групп. Вскоре начальники Генерального и Главного морского штабов утвердили положение о морских отделах. После этого проекты оперативных директив Верховного главнокомандующего для флотов разрабатывали в Главном морском штабе. Затем их согласовывали с начальником Генерального штаба. 8 июня было введено в действие Положение о морском представительстве при фронтах, отдельных армиях и военных округах Красной Армии, подготовленное Главным морским штабом по опыту первых наступательных операций 1944 года. Благодаря принятым мерам ВМФ сыграл значительную роль в проведении наступательных операций. Тем не менее лишь 2 февраля 1945 года Н.Г. Кузнецова ввели в состав Ставки Верховного Главнокомандования[100].
В 1944 году и на Северном флоте появилась эскадра. После капитуляции Италии в конце июля 1943 года союзники получили в качестве трофеев весь итальянский флот. Ставка потребовала от Кузнецова сведения о составе этого флота. На конференции министров иностранных дел СССР, Англии и США советская делегация предложила передать Советскому Союзу треть флота, то есть линкор, крейсер, 8 эсминцев и 4 подводные лодки. После длительных переговоров только 7 февраля 1944 года союзники обещали предоставить все эти корабли. Однако, чтобы не настроить против себя итальянцев, англичане и американцы на время войны выделили старые линейный корабль «Ройял Соверин», крейсер «Милуоки», 8 эсминцев и 4 подводные лодки из состава своих флотов. Доложив Сталину о том, что союзники предлагают старые корабли, Кузнецов предложил направить их на Северный флот для охранения конвоев, противолодочной борьбы и охраны побережья. Сталин согласился. Для приемки и доставки кораблей назначили вице-адмирала Г.И. Левченко, спешно собрали в Архангельске экипажи для кораблей. Ответственным за комплектование назначили Кузнецова, который срочно выехал на Север[101].