Еще не пришла к концу операция под Одессой, а уже 11 апреля Ставка утвердила директиву на освобождение Крыма, подготовленную Главным морским штабом. Замысел операции заключался в одновременном наступлении на Симферополь и Севастополь со стороны Перекопа и с Керченского полуострова. Черноморский флот и Азовская флотилия должны были содействовать наступлению Отдельной Приморской армии на первом этапе борьбы и всему фронту – на последнем. В период решительного наступления морякам следовало блокировать с моря крымские порты и коммуникации противника, а также готовиться к перебазированию в Севастополь и созданию Дунайской флотилии[105].
Когда Кузнецов участвовал в рассмотрении директивы И.В. Сталиным, Верховный главнокомандующий дал прямое указание не рисковать крупными кораблями. Основная тяжесть действий легла на авиацию, легкие силы и подводные лодки.
Приказ наркома ВМФ предписал бригаде подводных лодок: «Во взаимодействии с авиацией уничтожать транспорты и плавсредства противника на коммуникациях в северо-западной части Черного моря». Несмотря на действия неприятельской авиации, подводники выходили к берегам Румынии, Болгарии и Крымского полуострова, топили неприятельские суда. Ночами из засад активно действовали торпедные катера, которым часто помогали самолеты-разведчики. Некоторые катера были вооружены реактивными установками. Морякам с торпедных катеров также удалось потопить несколько судов и кораблей. Особенно крупные потери противник понес при эвакуации Крыма[106].
Наступление 4-го Украинского фронта под Перекопом началось утром 8 апреля 1944 года после двух с половиной часов обработки неприятельских позиций на перешейке и у Сиваша обстрелом артиллерии и ударами с воздуха. В наступление перешла и Отдельная Приморская армия. К 13 апреля, сокрушив сопротивление противника, советские войска вышли к внешним обводам обороны Севастополя. Штурм начали 5 мая, а 9 мая город был освобожден. Большую часть войск противника в Крыму удалось уничтожить или пленить.
После тщательного обследования бухт и траления днем 5 ноября 1944 года эскадра Черноморского флота вступила в Севастополь, отметив возвращение в главную базу двадцать одним залпом из ста орудий. В начале февраля 1945 года нарком ВМФ побывал в Севастополе и видел линкор, крейсера, эсминцы, стоявшие на своих местах[107].
6 июня 1944 года союзники наконец высадили войска в Нормандии. Появился долгожданный второй фронт. Однако накал боевых действий на советско-германском фронте не ослабевал, ибо боевые действия во Франции мало оттягивали сил на запад. По-прежнему германские корабли и самолеты угрожали конвоям, продолжавшим идти из Исландии в Мурманск и Архангельск. Если на Черном море ввиду освобождения советских берегов стоял вопрос о переносе боевых действий к берегам Болгарии, Румынии и на Дунай, то на Севере противник оставался под Мурманском, а на Балтийском море германские перевозки продолжали играть большую роль для хода войны. На всех флотах оставались постоянные задачи (траление, обеспечение своих перевозок и борьба с перевозками противника). Поэтому для моряков существовало широкое поле деятельности.
Следующим этапом общего наступления стали действия на берегах Балтики. После деблокирования Ленинграда в марте 1944 года фронты перешли к обороне. Требовалось время для подготовки к последующему наступлению. В частности, чтобы придать Краснознаменному Балтийскому флоту боеспособность, потребовалось вернуть на корабли хотя бы часть специалистов, которые служили в сухопутных частях. Уже в начале марта И.В. Сталин в разговоре с Кузнецовым выяснил, каковы возможности морских сил на Балтике, и утверждал, что наступает период более активных действий на море. По вызову Верховного главнокомандующего для более обстоятельного выяснения положения дел на театре в Москву прибыл В.Ф. Трибуц. Сталин внимательно выслушал Трибуца, который заверил, что к вскрытию льдов флот будет готов выйти в море. Сталин сказал, что у моряков появляется возможность проявить себя на море, и поставил основные задачи: вести борьбу на коммуникациях противника, защищать свои морские сообщения и охранять занятое побережье. Сталин одобрил мысли Кузнецова и Трибуца о том, что следует действовать на море преимущественно авиацией, а там, где возможно, использовать и надводные корабли. Он обратил особое внимание на необходимость борьбы с минной опасностью и предупредил, что вскоре потребуется поддержка флота со стороны моря. В отличие от прежней практики, когда флоты при проведении операций оперативно подчиняли сухопутным войскам, Сталин дал указание: «Задачи по боевым действиям на море будут ставиться главнокомандующим Военно-Морским Флотом», подразумевая Николая Герасимовича. Однако только с начала февраля 1945 года по инициативе Кузнецова была опубликована директива, которая узаконила роль наркома ВМФ как главнокомандующего флотом[108].