В период двухнедельного конфликта на озере Хасан, когда возникла опасность для Владивостока, Кузнецов изыскивал способы действия сил флота во взаимодействии с наземными войсками. На позициях были развернуты подводные лодки; на север, где баз не было, отправили подводные минные заградители серии «Л» с плавбазой «Саратов». Малые суда перевозили войска, грузы для армии, участвовали в боевых действиях.
В ходе боевых действий, ожидая воздушный налет на Владивосток, командующий организовал полномасштабные учения по затемнению, которые выявили недостатки готовности базы и флота. Вопрос готовности к нападению надолго стал важнейшим для Кузнецова. Так как флот – это не только корабли, но и многочисленные береговые организации, верфи и т. п., потребовалось обеспечить всеобщую их готовность на случай войны. Уже с начала 1938 года Кузнецов организовал тренировки «Тыловое обеспечение боевых операций». В штабе флота начальник штаба Б.Л. Богденко и начальник оперативного отдела М.С. Клевенский разрабатывали систему ступенчатой готовности флота, которая со временем приобрела общефлотский характер[23].
На Тихом океане отрабатывали первые подледные плавания, подводники осваивали прием погружения лодок от налета авиации на стоянке.
Как командующий, Кузнецов стал членом Главного военного совета ВМФ, но редко ездил в Москву, чтобы не терять месяц на дорогу. Контр-адмирал привык к Тихоокеанскому флоту, привез жену во Владивосток. Однако весной 1939 года он получил новое назначение.
Умение Кузнецова наладить боевую подготовку флота и управлять его силами в трудных условиях было замечено в столице. 28 марта И.В. Сталин предложил флагману 2-го ранга работу в Москве. На следующий день Главный военный совет РК ВМФ решил освободить наркома ВМФ М.П. Фриновского (не моряка, бывшего заместителя наркома НКВД) от должности и сменить его первого заместителя флагмана 2-го ранга П.И. Смирнова Н.Г. Кузнецовым. С марта 1939 года Кузнецов был заместителем наркома ВМФ. С апреля 1939 года он уже оказался на посту наркома. Так как и Смирнова, и Фриновского арестовали, принимать дела было не у кого. Сразу пришлось действовать самостоятельно[24].
Уже в первый день руководства наркоматом Кузнецов потребовал от подчиненных жить жизнью флота и знать все о нем в своей сфере деятельности, уменьшить бюрократическую переписку. Флагман не стеснялся делать выговор опытному моряку H.H. Несвицкому за то, что на учениях Балтийского флота осенью 1939 года линейные корабли шли без противолодочного зигзага. Он ограничил число отпускников и кораблей в ремонте зимой; остальным следовало плавать и учиться. На всех флотах развернулась борьба за первый залп. Кузнецов распорядился воссоздать на кораблях кают-компании как место отдыха и воспитания командиров. На совещаниях он поддерживал дух свободного обсуждения. Нарком записал как-то, что объединяет людей не здание, а единство цели, стремление каждого внести свой вклад[25].
Так получилось, что моряку досталась нелегкая ноша подготовки к войне с Германией, которую он считал неизбежной, и руководство флотом в ходе самой тяжелой из войн истории.
Не хватало специалистов после репрессий 30-х годов. Не существовало документа, регламентировавшего взаимоотношения Наркоматов обороны и ВМФ. Строили немало кораблей, однако основные средства шли на линкоры и крейсера, тогда как мало уделяли внимания противолодочным и тральным силам, зенитной обороне кораблей. Система базирования и организация флота отставали от роста его численности. Потому 25 июля 1940 года, представляя трехлетний план кораблестроения (1940–1942), Кузнецов направил И.В. Сталину, В.М. Молотову, А.А. Жданову и К.Е. Ворошилову доклад, в котором отметил несбалансированность в развитии сил флота. Лишь 19 октября 1940 года ЦК ВКП(б) и СНК СССР решили пересмотреть программу в пользу легких сил. Однако до начала войны устранить диспропорции не удалось[26].