Предполагали создать в 40-х годах сбалансированный флот, но не успели. Об этом Кузнецов писал в статье, вышедшей уже после смерти: «Главный морской штаб… считал тогда, что война начнется не так скоро, и документы готовил с расчетом на «большой флот», понимая под этим готовность многих военно-морских баз, окончание строительства береговой обороны и наличие на театрах сбалансированных флотов (то есть на рациональное соотношение разных кораблей – вплоть до авианосцев, подводных лодок, тральщиков»[27].
Лучше получилось с повышением боевой готовности флотов. Еще на Тихом океане флагман продумывал систему, позволяющую флоту всегда быть в готовности к нападению. Уже через несколько месяцев после вступления в должность он ввел в действие трехстепенную систему оперативной готовности флота[28]. По этой системе готовность № 3 предусматривала поддержание обычной службы при готовности к войне. При готовности № 2 корабли принимали все запасы, увольнение сокращали до минимума. По готовности № 1 все корабли и части были готовы немедленно действовать.
Позднее Кузнецов сам признавался, что основной трудностью на первом этапе работы наркомом явился трепет перед авторитетами. Не всегда удавалось отстоять свои взгляды. В частности, не удалось доказать, что приграничная Либава годится лишь как операционная база. Тем не менее нарком добился разрешения перевести оттуда линкор, а затем, за месяц до войны, и весь отряд легких сил в Рижский залив. Слишком поздно руководство страны пришло к выводу, что необходимо, прекратив постройку линейных кораблей, направить средства на более нужные легкие силы. Со временем, получив опыт, Кузнецов все чаще спорил по кардинальным вопросам развития флота, даже если его возражения вызывали недовольство самого И.В. Сталина.
Кузнецов в качестве наркома ВМФ участвовал в переговорах с представителями Англии и Франции. Он был искренне уверен, что при конструктивном подходе государства могли выступить единым фронтом против фашизма. Заключенный с Германией договор о ненападении он считал только средством получить отсрочку, необходимую для перевооружения, и был уверен, что Гитлер непременно нападет на Советский Союз. К этому он и готовил флот.
В конце 1940 года вступило в силу Временное наставление по ведению морских операций. В декабре 1940 года под руководством Кузнецова были проведены сборы высшего комсостава ВМФ, посвященные изучению опыта первого года мировой войны в Европе и войны с Финляндией. В результате были определены недостатки и выработаны пути их исправления.
На расширенном Главном военном совете ВМФ под председательством Кузнецова выступил с анализом современного состояния военно-морского дела по опыту первого года мировой войны адмирал И.С. Исаков. Он сменил на посту начальника Главного морского штаба Л.М. Галлера. Кузнецов, считая себя из-за особенностей прохождения службы недостаточно подготовленным штабистом, полагал необходимым в качестве поддержки опираться на теоретически подготовленного начальника ГМШ[29].
В феврале 1941 года Кузнецов приказал увеличить состав боевого ядра флота и издал директиву о разработке оперативного плана войны против Германии и ее союзников. В апреле-июне 1941 года проводили учения и проверки хода ремонта кораблей, постройки новых баз, аэродромов, фактической готовности флота к переходу на оперативную готовность № 1. Любые недостатки в оперативной готовности кораблей, частей и соединений флота нарком считал чрезвычайным происшествием и приказывал сурово наказывать виновных. Приказ этот вышел 5 июня 1941 года. В ближайшие дни обстановка еще более обострилась. Исходя из поступавших сведений о сосредоточении неприятельских войск у границ, нарком ВМФ по собственной инициативе перевел флоты 18–19 июня на оперативную готовность № 2, а в ночь на 22 июня – на оперативную готовность № 1[30]. Командующих флотами конфиденциально предупредили о возможности войны.
В 1.12 22 июня узел связи Наркомата ВМФ передал следующую директиву Кузнецова Военным советам КБФ, СФ, ЧФ, командующим Пинской и Дунайской флотилиями: «В течение 22.6/23.6 возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности, встретить возможный удар немцев и их союзников. Приказываю: перейдя на оперативную готовность № 1, тщательно маскировать повышенную боевую готовность. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить»[31].