Рейд адмирала Хэлси в Южно-Китайское море в середине января 1945 почти полностью остановил японское судоходство в этих водах. Но контр-адмирал Джеймс Файф, который только что сменил адмирала Кристи на посту командующего подводными лодками юго-западной части Тихого океана, не упускал ни малейшего шанса. Он развернул вокруг Борнео примерно 20 лодок. 24 января 1945 отличилась одна из них. «Блэкфин» капитана 2 ранга У.Л. Китча перехватила конвой и атаковала его из надводного положения. Был потоплен эсминец «Сигурэ», который чудом выходил без единой царапины из множества боев, в том числе боя в проливе Суригао.
Успех «Блэкфина» развила «Парго» (капитан 2 ранга Д.Б. Белл). Ночью 19 февраля у побережья Индокитая она торпедировала идущий зигзагом эсминец. Страшный взрыв разнес японца на куски. Таков был конец «Нокадзэ», 39 и последнего эсминца, потопленного американским лодками. «Флэшер» (капитаны 2 ранга Р.И. Уиттекер и Г.У. Гридер) в том же месяце завершила шестой поход, установив новый рекорд среди американских лодок — 21 судно водоизмещением более 100000 тонн.
О последних операциях подводных лодок юго-запада Тихого океана можно сказать немного. Они были переведены в бухту Субик на Лусоне. Однако количество целей быстро сокращалось, как и для подводных лодок Тихоокеанского флота, которые сейчас действовали с Гуама. Мелкие эскортные корабли, каботажные пароходики стали обычными жертвами. Однако «Балао» (капитан 2 ранга Р.К.Р. Уоррингтон), действуя в Желтом море, сумела 19 марта отличиться, потопив большой транспорт в 10413 тонн.
Одной из самых успешных и тщательно спланированных операций подводных лодок стала операция «Барни», набег в Японское море. К тому времени это был единственный клочок воды, где японские транспорты ходили свободно. Это проект адмирала Локвуда должен был замкнуть кольцо вокруг Японии и полностью отрезать ее от Азиатского материка. Волчья стая капитана 2 ранга Э.Т. Хейдемана на «Си Дог», прозванная «Адские коты Хайдемана» (Hydeman's Hellcats), была выбрана для первого рейда в Японское море. Эти 9 лодок вышли с Гуама 27 мая и прошли Цусимским проливом. По пути «Тиноса» подобрала 10 человек экипажа «Сверхкрепости», которые болтались в море южнее Кюсю. Когда спасенные летчики узнали, куда направляется лодка, они высказали неожиданное пожелание вернуться на свою резиновую лодку и подождать других спасателей! 5 — 6 июня «Тиноса» и 8 ее подруг прошли Цусимский пролив. 9 июня лодки вышли в намеченные районы патрулирования. В течение 11 дней они потопили 27 торговых судов водоизмещением 57000 тонн. «Адские коты» ушли через пролив Ла Перуза между Хоккайдо и Сахалином. Однако при этом без вести пропала «Боунфиш». Адмирала Локвуда вдохновил успех этой операции, и теперь до самого дня победы 6 подводных лодок действовали в Японском море.
В последние месяцы войны деятельность подводных лодок по спасению сбитых летчиков была более важным вкладом в победу, чем уничтожение вражеского тоннажа. Эта система, впервые опробованная на Гильбертовых островах в ноябре 1943, имела целью спасение сбитых летчиков авианосных самолетов. До конца 1944 таким образом было спасено не менее 224 летчиков. К концу этого года такая деятельность стала одной из важных составляющих воздушного наступления на Японию. В-29 начали налеты на японскую метрополию, и было необходимо наладить работу спасательной службы. Не меньше 3 подводных лодок располагались вдоль маршрутов полета и невдалеке от цели, чтобы спасать летчиков, выполняющих вынужденную посадку на воду. В первые 8 месяцев 1945 таким образом 86 различных лодок спали 380 летчиков. Лодки не были единственными работниками спасательной службы. К концу войны в любой точке на маршруте В-29 спасательный самолет «Дамбо» мог появиться не позднее, чем через полчаса, либо подводная лодка или эсминец не позднее, чем через 3 часа. Когда 14 августа В-29 выполнили последний налет на Японию, спасательная команда состояла из 14 подводных лодок, 21 гидросамолета, 9 «Дамбо» и 5 кораблей.
Торговый тоннаж, имевшийся в распоряжении Японии, сократился с 6 миллионов тонн в начале войны до 2,5 миллионов тонн на 1 декабря 1944, несмотря на захват у союзников в начале войны 800000 тонн и постройку 3,3 миллионов тонн новых судов. К концу войны от японского торгового флота сохранилось только 1,8 миллионов тонн. В основном это были деревянные суда, плавающие во Внутреннем море. Вооруженные силы Соединенных Штатов уничтожили за всю войну 2117 японских торговых судов общим водоизмещением 8 миллионов тонн. Из этого количества подводные лодки потопили 60 %, самолеты 30 %, мины и корабли 10 %. Остальные союзники, в основном голландские и британские подводные лодки, потопили еще 73 судна водоизмещением 211664 тонны. Кроме того за время войны американские подводные лодки потопили 686 японских военных кораблей.