В январе 1791 года Ушаков назначается руководителем Черноморского морского правления. Ушаков с головой уходит в дела флота. Его деятельность этого периода крайне разнообразна. Наряду с боевой учебой и строительством флота он улучшает санитарное состояние Севастополя, организует загородные гулянья моряков, заботится о питании команд.
Но, к сожалению, Ушакову недолго пришлось возглавлять Черноморский флот. После смерти Потемкина председателем Черноморского морского правления Екатерина снова назначает лично известного ей Мордвинова. За Ушаковым остается командование действующим флотом.
Завистники и враги Ушакова пытаются скомпрометировать его военные успехи, пускают сплетни о совершенных якобы им ошибках, о том, что другой на его месте сделал бы значительно больше. Все это огорчает Ушакова, отравляет ему жизнь, отнимает у него массу времени на никому ненужную переписку.
Европа в это время жила бурной политической жизнью. Во Франции революция, король Людовик XVI казнен. Екатерина II борьбу с буржуазной революцией во Франции считала своей главной задачей. Лишь внезапная смерть в 1796 году помешала ей начать войну с буржуазной Францией. Ее преемник Павел не меньше «просвещенной» императрицы боялся революционной «заразы». Деятельный организатор войны против революционной франции, Павел послал для борьбы с ней Суворова в Итальянский поход, Ушакова — в Средиземное море.
Павел давно с тревогой следил за развитием французской революции, за продвижением по Европе французских войск. После захвата французами Ионических островов у России на Ближнем Востоке появился опасный соперник. Возникли опасения, как бы Турция, соединившись со своей соседкой, не попыталась вернуть себе черноморское побережье. Ходили кроме того слухи о намерении Франции восстановить Польшу как самостоятельное государство.
Египетский поход Наполеона превращает Турцию из союзника в противника Франции. Наполеон, вместо того чтобы следовать через турецкие земли в Индию — золотое дно Британской империи, — принялся покорять Египет. Огорошенная такой неожиданностью Турция заключает наступательный союз с Россией. Павел давно ждал этого союза. Арест на Ионических островах русского консула, наконец, захват французами Мальты — были ближайшими поводами к войне России с Францией. К коалиции присоединилась веками враждовавшая с Францией Англия, а затем Австрия.
Ушакову предписывается, соединившись с турецким флотом, действовать против французов.
Это повеление Ушаков получил в море. Выполнить его оказалось далеко не легким делом: кораблей, годных к длительным походам, по существу, не было.
«Корабли и фрегаты в прошлую войну строились с великой поспешностью, только чтобы поспевали на военное дело; от такого поспешного строения не так крепки, а часто и многие хилости уже в членах оказываются. Артиллерия на всех судах тяжелая; посему, когда выхожу в море, стараюсь для сбережения судов избегать крепких ветров и уходить в закрытие к берегам» — писал на следующий день Ушаков морскому министру Кушелеву.
Эскадра стала готовиться к дальнему походу, к боям с сильным и опытным противником.
Оставив наиболее неблагонадежные суда в Севастополе, приняв на эскадру запасы и пополнив личный состав, Ушаков в середине августа вышел в море. Шестнадцать русских кораблей взяли курс на дружественный теперь Константинополь.
У входа в Босфор эскадра получила сообщение русского посланника об объявлении Турцией войны Франции и желании турок как можно быстрее видеть эскадру Ушакова в Константинополе.
В Дарданеллах произошло соединение с турецкой эскадрой, состоявшей из 28 различных судов. Командовал их эскадрой опытный моряк Кадыр-Абдул-Бей.
20 сентября соединенный флот под флагом Ушакова покинул Дарданеллы.
Не успел еще русско-турецкий флот выйти в море, как другие союзники — Англия и Австрия — начали тайными происками подрывать мощь коалиции.
Австрия послала на Ионические острова (уступленные ею же Франции после уничтожения в 1797 году Венецианской республики) эмиссаров с предложением своего покровительства, предлагала жителям островов поднять австрийский флаг.
Честолюбивый английский адмирал Нельсон сам хотел захватить Ионические острова. Видя в Ушакове серьезного конкурента и поэтому стремясь задержать отплытие русского флота, он писал английскому посланнику в Константинополе: «Я намерен обратиться к Мальте, Корфу и прочим островам этим; почему надеюсь, что русскому флоту назначено будет находиться на Востоке; если же допустят их утверждение в Средиземном море, то Порта будет иметь порядочную занозу в боку».