В марте-апреле 1919 года В. И. Ленин намечает мероприятия по укреплению флотов и флотилий, удовлетворяет ряд запросов моряков. В одной из телеграмм Ленин требует от командования Балтийского флота срочно выслать в Астрахань для флотилии 10 шестидюймовых орудий, 2500 снарядов, 10 дальномеров, 10 прожекторов, радиостанцию, грузовые и легковые машины, 100 мин заграждения морских и 100 мин для рек. Уже к началу мая 1919 года Волжская военная флотилия состояла из 51 корабля, десантного отряда (1439 человек), воздушного дивизиона (172 человека) и обслуживающих береговых частей.
Во время выполнения ленинско-сталинского плана разгрома колчаковских армий (апрель — май 1919 года) на Волжскую флотилию были возложены ответственные задачи, которые моряки выполнили с честью. Отзыв о боевых действиях 5-го дивизиона речных канонерских лодок в мае 1919 года сухо рассказывает: «Он действовал с неустрашимой отвагой, неоднократно заставлял огнем своих орудий замолчать неприятельские прибрежные батареи и все время мешал противнику в исполнении его стремлений устроить на левом фланге второй армии десант» (ЦГВМА, фонд № 143, д. № 27, л. 39).
Особенно отличался в боях десантный отряд моряков. Он наводил страх на колчаковские офицерские части; разбил наголову полк Иисуса (сформированный из монахов) и провел ряд успешных операций совместно с кораблями флотилии и частями 28-й стрелковой дивизии.
Астрахано-Каспийская флотилия под руководством С. М. Кирова в течение мая — июня 1919 года вела операции на Каспии и в устье Волги. Сосредоточив большое количество сил, Деникин 30 июня 1919 года, несмотря на упорное сопротивление красных войск, занял г. Царицын. Корабли Астрахано-Каспийской военной флотилии и десантный отряд моряков с беззаветной храбростью сражались с деникинцами, несколько раз врывались в Царицын, наносили им серьезные удары. Эвакуация всего ценного имущества из Царицына была проведена под прикрытием боевых кораблей флотилии. Был выведен весь паровой флот, свыше 100 барж, 5 буксиров, вывезено около 1,5 миллиона пудов нефтепродуктов и пр. Большая работа, проделанная водниками и моряками флотилии, была специально отмечена В. И. Лениным.
Летом 1919 года моряки Балтики под руководством товарища Сталина успешно отразили все попытки английского флота прорваться к Петрограду.
Летом, когда по Советской стране раздался призыв Ленина: «Все на борьбу с Деникиным», моряки заняли боевые места на бронепоездах, в технических частях. Отряды моряков устремились на Южный фронт. Бронепоезда Железнякова и Алексеева метко разили врага. Первый экспедиционный отряд сражался в рядах 42-й стрелковой дивизии как ударная часть. Днепровская военная флотилия, созданная товарищем Сталиным, в бою у Печек наголову разбила деникинскую флотилию и взяла в плен бронепароход «Доброволец». Моряки многочисленных отрядов, действовавших на Южном фронте, помня ленинские наказы, сражались с исключительной отвагой.
Осенью 1919 года, сконцентрировав свежие силы, Юденич вторично двинул их на Петроград. Враг оказался у самых ворот города. Красный Балтийский флот стальной стеной стоял на подходе к Петрограду с моря, отбивая успешно атаки английского флота. Несколько тысяч балтийцев было брошено на сухопутный фронт, на самые опасные участки. 17 октября 1919 года В. И. Ленин обратился к защитникам Петрограда с воззванием, которое заканчивалось словами: «Мы гораздо сильнее врага. Бейтесь до последней капли крови, товарищи, держитесь за каждую пядь земли, будьте стойки до конца, победа недалека! Победа будет за нами!»
Моряки Балтийского флота на собраниях и митингах клялись: «Умрем, но славного революционного города Питера не отдадим». Моряки дрались до последней капли крови, держались за каждую пядь земли. Вместе с рабочими и красноармейцами они город отстояли. Свыше тысячи балтийцев погибло смертью героев.
В начале 1920 года Ленин перед моряками Каспийского флота поставил задачу обеспечить срочный вывоз нефти из занятых нефтеносных районов. Страна испытывала острый недостаток нефти, поэтому выполнение ленинского задания имело первостепенное политическое и народнохозяйственное значение. Под руководством С. М. Кирова моряки-каспийцы с большим воодушевлением решили задачу разгрома англо-деникинского флота. В конце марта 1920 года после ряда боев XI армия и Волжско-Каспийская флотилия занимают город Петровск — базу флота противника. 5―6 апреля 1920 года красная флотилия с боем занимает форт Александровский. Под прикрытием кораблей Волжско-Каспийской военной флотилии начался организованный вывоз нефти в Астрахань.