В сентябре у Владимировки противник прорвал фронт. Красноармейцы начали отходить к Волге. Вдруг из-за поворота появились две канонерские лодки военной флотилии — «Коммунист» и «Товарищ Маркин». На одной из них находился С. М. Киров. Корабли открыли артиллерийский огонь по белобандитам. Сергей Миронович сошел на берег, собрал расстроенные красноармейские части и повел их в бой. Под давлением огня кораблей и натиском красноармейцев белые отступили.
В районе Черного Яра моряки флотилии показали себя подлинными героями. Отрезанные белыми от Астрахани, красные моряки вместе с красноармейцами отбивали все атаки противника и продержались, будучи окруженными, больше месяца. По указанию Сергея Мироновича канонерские лодки «Володарский», «Коммунист» и две пловучие батареи вместе с частями Красной армии выбили белых из Соленого Займища, дав возможность отряду кораблей, отрезанному от Астрахани, соединиться с основными силами. Когда наступающий ледостав вынудил корабли вернуться в базу — Астрахань, моряки с грустью расставались со своими боевыми товарищами. Личный состав канонерской лодки «Товарищ Маркин» писал красноармейцам:
«Мы бились с вами до последнего момента, пока лед и мороз не заставили нас с вами расстаться.
Оставляя вас, товарищи, мы надеемся, что вы удержите те позиции, которые мы отстаивали вместе с вами».
В составе Астрахано-Каспийской флотилии находилось несколько десантных отрядов численностью до 1500 человек, укомплектованных моряками Балтийского, Черноморского и других флотов. Не щадя жизни, моряки дрались на побережье, в калмыцкой степи, в пешем строю и на лихих конях. Сергей Миронович лично руководил этими отрядами.
В темную осеннюю ночь 21 ноября отряд моряков, вместе с красноармейцами, атаковал белых в селе Ганюшкино — гнезде астрахано-уральского казачества. Противник упорно сопротивлялся, поливая наступающих огнем из пулеметов, но моряки неудержимой лавой подкатывались к селу. Белые, не выдержав этой атаки, сдались. Были захвачены огромные трофеи и тысячи пленных. С захватом Ганюшкина нашими частями было ликвидировано гнездо белогвардейского казачества. Сергей Миронович спешил поделиться этой радостью с Лениным. В телеграмме Ленину он сообщал: «После основательной подготовки 18 ноября части нашей армии повели решительное наступление… Чрезвычайно тяжелая географическая обстановка не могла явиться препятствием для самоотверженных красноармейцев и военных моряков. После непрерывных боев противник в районе Ганюшкина был крепко прижат к Каспию, а сегодня ему был нанесен окончательный удар, смертельно сокрушивший белое астраханское казачество» (С. М. Киров. Статьи, речи, документы, т. I, стр. 151).
Сергей Миронович лично давал указания, где находиться, что делать и как действовать морякам десантных отрядов. Его советы были кратки и ясны. Так, в телеграмме из Енотаевска моряки просили начальника штаба армии сообщить точный маршрут их движения. На телеграмме Сергей Миронович наложил краткую резолюцию: «Оставаться в Енотаевске, а дальнейший приказ будет дан мною».
В другой раз на ходатайстве об оставлении роты военморов в станице Катановской для борьбы с дезертирами, находившимися в степи, Сергей Миронович наложил резолюцию:
«Приказать, действуя активно, уничтожить банды, а не ожидать их нападения».
Боевая деятельность Астрахано-Каспийской флотилии проходила под непосредственным руководством Сергея Мироновича Кирова. Посещая корабли, товарищ Киров проверял боевую готовность, выучку личного состава, состояние вооружения. Флотилия превратилась в грозную силу.
Сергей Миронович во всю ширь развернул свой организаторский талант на посту политического руководителя XI армии. Он сумел из расстроенных частей XI армии, прибывших в Астрахань, создать боеспособную силу.
Руководя обороной Астрахани и по существу направляя всю жизнь осажденного города, Сергей Миронович держал крепкую связь с подпольными партийными организациями, работавшими в тылу у белых. Он сумел наладить обмен взаимной информацией, снабжать коммунистов, находившихся в подполье, деньгами, инструкциями, переправлял в тыл белых целые группы людей. Сквозь непрерывный и бдительный контроль белого флота он сумел на утлых парусниках наладить доставку горючего из Баку и Астрахань.