В этой войне Ушаков прибегнул к созданной им новой маневренной тактике, принципиально отличавшейся от принятой в то время линейной. Основными чертами тактики Ушакова были: применение единых походно-боевых порядков, выделение резерва («эскадры кайзер-флага»), решительное сближение с противником на короткую дистанцию без перестроения боевого порядка, сосредоточение основных усилий против флагманских кораблей противника, сочетание прицельного артиллерийского огня и маневра, преследование противника до полного его уничтожения или взятия в плен. Придавая большое значение морской и огневой выучке личного состава, Ушаков был сторонником суворовских принципов воспитания подчиненных. Не потеряв в морских сражениях ни одного судна, Ушаков нанес турецкому флоту невосполнимый урон более чем в 50 судов, отвоевав для России целый Черноморский регион. Турки были напутаны победами Ф. Ушакова до такой степени, что их флот не решался выходить из Босфорского пролива, боясь встретиться с грозным для них адмиралом, получившим прозвище Ушак-паша.
Барельеф флотоводца на станции «Адмиралтейская» петербургского метро
Наряду с боевыми подвигами Ф. Ушаков показал высокие административные способности. В 1783 г. он успешно борется с чумой в Херсоне, причем в принятых им мерах против распространения заразы предусмотрены средства борьбы с чумой, разработанные наукой много десятков лет позднее. Благоустраивает военный порт и город Севастополь. После войны с Турцией немедленно приступает к приведению в порядок кораблей Черноморского флота: их ремонту, постройке новых кораблей, пристаней, казарм для экипажей кораблей, госпиталя. По отзыву историков, административные способности Ф. Ф. Ушакова и умение взяться за всякое дело способствовали тому, что за 15 лет его пребывания в Севастополе не только новый черноморский порт сделался надежным убежищем для флота, но и сам город достиг внушительных размеров.
Ушаков Ф. Ф. Икона «Святой праведный воин Феодор Ушаков»
13 сентября 1793 г. Ф. Ушаков был произведен в вице-адмиралы (контр-адмиралом он стал еще 25 апреля 1789 г.).
С ростом завоевательных устремлений Франции и созданием антифранцузской коалиции европейских государств с участием России Федор Федорович оказался в эпицентре событий, происходивших в Средиземноморье. В 1798 г. Павел I вступил в союз с недавним противником — Турцией, и Черноморскому флоту было поручено действовать вместе с турками в Средиземном море против французов. При этом полный адмирал Кадыр-бей получил от своего султана приказ не только быть в подчинении у русского вице-адмирала, но и учиться у него. Приняв в Константинополе под свое командование присоединившуюся к Черноморскому флоту турецкую эскадру, Ушаков направился в Архипелаг. Силою оружия он освободил из-под власти французов острова Цериго, Занте, Кефалонию, Святой Мавры и в октябре осадил важнейшую стратегическую базу Франции в Ионическом море — остров Корфу.
Схема штурма Корфу 18 февраля 1799 г.
Атаковать Корфу с моря и взять крепость штурмом было чрезвычайно трудно, так как противник располагал большими силами и мощными укреплениями, а у Ушакова недоставало сухопутных войск, не было осадной артиллерии. Но четыре месяца блокадных действий у Корфу убедили русского флотоводца в необходимости штурма, и он организовал его блестяще. Овладение сильной крепостью и островом в короткие сроки (18–20 февраля 1799 г.) стало образцом смелых, хорошо спланированных и согласованных действий кораблей и десантов союзников при решающей роли русской эскадры и ее экспедиционного отряда, проявивших себя исключительно доблестно.
Узнав о победе Ушакова, Суворов воскликнул: «Зачем я не был при Корфу хотя бы мичманом!»
За взятие крепости и острова Корфу Федор Федорович был произведен в адмиралы, кроме того, получил награды от турецкого султана и неаполитанского короля.
Орден Ушакова I степени
С выходом в апреле 1799 г. армии Суворова в Северную Италию Ушаков перенес свои операции к берегам Южной Италии, где его экспедиционные силы заняли ряд городов, включая Неаполь, и дезорганизовали коммуникации противника. Но вскоре отношения России с союзниками ухудшились, и Федор Федорович получил от Павла I приказ о возвращении эскадры на родину (одновременно в Россию был отозван Суворов). В октябре 1800 г. флотоводец привел корабли в Севастополь. В результате действий Ушакова в Средиземноморье Франция лишилась господства в Адриатике, утратила Ионические острова, а приобретение Россией военно-морской базы Корфу помогло союзникам в последующих войнах с Францией в 1805–1807 гг.